当前蛋白身份：G0SEG2
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4GMN Structural basis of Rpl5 recognition by Syo1 提交 2012-08-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–45（45 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M succinic acid pH 7.0, 20% (v/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.259 |
| 5AFF Symportin 1 chaperones 5S RNP assembly during ribosome biogenesis by occupying an essential rRNA binding site 提交 2015-01-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–41（41 aa）
片段：N-TERMINUS LINEAR MOTIF, UNP RESIDUES 1-41
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M SODIUM ACETATE, 8% (V/V) PEG 4000
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分辨率 3.40 Å R-free 0.300 |
| 7OLC Thermophilic eukaryotic 80S ribosome at idle POST state 提交 2021-05-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 571 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OLD Thermophilic eukaryotic 80S ribosome at pe/E (TI)-POST state 提交 2021-05-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OZS Structure of the hexameric 5S RNP from C. thermophilum 提交 2021-06-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–304（304 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7Z3N Cryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 80S ribosome - RAC-1 conformation 提交 2022-03-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 455 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7Z3O Cryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 80S ribosome - RAC-2 conformation 提交 2022-03-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 472 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8I9R Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State 5S RNP 提交 2023-02-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric（49） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8OO0 Chaetomium thermophilum Methionine Aminopeptidase 2 autoproteolysis product at the 80S ribosome 提交 2023-04-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8PV1 Chaetomium thermophilum pre-60S State 6 - pre-5S rotation - L1 intermediate - composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 8PV2 Chaetomium thermophilum pre-60S State 10 - pre-5S rotation with Ytm1-Erb1 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |
| 8PV3 Chaetomium thermophilum pre-60S State 9 - pre-5S rotation - immature H68/H69 - composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8PV4 Chaetomium thermophilum pre-60S State 2 - pre-5S rotation with Rix1 complex - composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8PV5 Chaetomium thermophilum pre-60S State 8 - pre-5S rotation without Foot - composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 8PV6 Chaetomium thermophilum pre-60S State 3 - post-5S rotation with Rix1 complex with Foot - composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：64-meric（64） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 8PV7 Chaetomium thermophilum pre-60S State 1 - pre-5S rotation (Arx1/Nog2 state) - Composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.12 Å |
| 8PV8 Chaetomium thermophilum pre-60S State 4 - post-5S rotation with Rix1 complex without Foot - composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8PVK Chaetomium thermophilum pre-60S State 5 - pre-5S rotation - L1 inward - composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.55 Å |
| 8PVL Chaetomium thermophilum pre-60S State 7 - pre-5S rotation lacking Utp30/ITS2 - composite structure 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.19 Å |
| 9I1W High resolution structure of the thermophilic 60S ribosomal subunit of Chaetomium thermophilum 提交 2025-01-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 2 SPM SPERMINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 239 K POTASSIUM ION × 188 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.38 Å |
| 9I78 Cryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon 提交 2025-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 LD
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 379 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；waiting time: 15 s
blot force: 0
|
分辨率 2.20 Å |