当前蛋白身份：G1T040
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JAG Structure of a mammalian ribosomal termination complex with ABCE1, eRF1(AAQ), and the UAA stop codon 提交 2015-06-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 195 ZN ZINC ION × 8 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES, 100 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT；pH 7.4；50 mM HEPES, 100 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
After 30 second wait time, blot for 3 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；After 30 second wait time, blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 3.65 Å |
| 3JAH Structure of a mammalian ribosomal termination complex with ABCE1, eRF1(AAQ), and the UAG stop codon 提交 2015-06-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 195 ZN ZINC ION × 8 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES, 100 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT；pH 7.4；50 mM HEPES, 100 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
After 30 second wait time, blot for 3 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；After 30 second wait time, blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 3.45 Å |
| 3JAI Structure of a mammalian ribosomal termination complex with ABCE1, eRF1(AAQ), and the UGA stop codon 提交 2015-06-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 195 ZN ZINC ION × 8 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES, 100 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT；pH 7.4；50 mM HEPES, 100 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
After 30 second wait time, blot for 3 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；After 30 second wait time, blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 3.65 Å |
| 6FTG Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes 提交 2018-02-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 待复核 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot 3 seconds before plunging.
|
分辨率 9.10 Å |
| 6FTI Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric（60） 待复核 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6FTJ Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Non-programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 待复核 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 6GZ3 tRNA translocation by the eukaryotic 80S ribosome and the impact of GTP hydrolysis, Translocation-intermediate-POST-1 (TI-POST-1) 提交 2018-07-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 Ao
2–106（105 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 327 ZN ZINC ION × 5 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6MTB Rabbit 80S ribosome with P- and Z-site tRNAs (unrotated state) 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–104（103 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 297 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6MTC Rabbit 80S ribosome with Z-site tRNA and IFRD2 (unrotated state) 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–104（103 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 297 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6MTD Rabbit 80S ribosome with eEF2 and SERBP1 (unrotated state with 40S head swivel) 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–104（103 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 297 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6MTE Rabbit 80S ribosome with eEF2 and SERBP1 (rotated state) 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–104（103 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 298 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6R5Q Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex (post-state) 提交 2019-03-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 299 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6R6G Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with SRP. 提交 2019-03-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：92-meric（92） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 299 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6R6P Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex (rotated state) 提交 2019-03-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6R7Q Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61. 提交 2019-03-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–105（104 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 299 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6ZVK The Halastavi arva virus (HalV) intergenic region IRES promotes translation by the simplest possible initiation mechanism 提交 2020-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 F2
2–105（104 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 7A01 The Halastavi arva virus intergenic region IRES promotes translation by the simplest possible initiation mechanism 提交 2020-08-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 F2
2–105（104 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7UCJ Mammalian 80S translation initiation complex with mRNA and Harringtonine 提交 2022-03-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–104（103 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 296 MQ6 Harringtonine × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7UCK 80S translation initiation complex with ac4c(-1) mRNA and Harringtonine 提交 2022-03-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–104（103 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 297 MQ6 Harringtonine × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8BHF Cryo-EM structure of stalled rabbit 80S ribosomes in complex with human CCR4-NOT and CNOT4 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 b1
2–105（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 275 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VVV Mammalian ribosomes bound to Anisomycin in the nonrotated conformation 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 o
2–104（103 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 294 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9MR4 NAC: Ribosome nascent chain complex(Oxa1L) 提交 2025-01-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–111（111 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 285 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 9YPG GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the GTPase activation-like state, Structure III 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–104（104 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPO GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IIa 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–100（100 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPS GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IIb 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–100（100 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPT GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IIc 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–100（100 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9YPV GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IId 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–100（100 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPW GTPBP1*GDP*Phe-tRNA*ribosome in the post-GTP hydrolysis state, Structure IV 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–104（104 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |