当前蛋白身份：O14641
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2REY Crystal structure of the PDZ domain of human dishevelled 2 (homologous to Drosophila dsh) 提交 2007-09-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
260–354（95 aa）
片段：PDZ domain: Residues 261-355
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.240 |
| 3CBX The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the C1 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
264–354（91 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)
链 B
264–354（91 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)
|
突变：C341S 突变：C341S | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.8；292 K；60% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 3CBY The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N1 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
264–354（91 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)
链 B
264–354（91 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)
|
突变：C341S 突变：C341S | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；1.6 M tri-sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.182 |
| 3CBZ The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N2 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
264–354（91 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)
|
突变：C341S | PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M Potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.166 |
| 3CC0 The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N3 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
264–354（91 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)
链 B
264–354（91 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)
链 C
264–354（91 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)
|
突变：C341S 突变：C341S 突变：C341S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；292 K；1.0 M Ammonium citrate tribasic, 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.238 |
| 4WIP DIX domain of human Dvl2 提交 2014-09-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
12–106（95 aa）
片段：UNP residues 13-105
链 B
12–106（95 aa）
片段：UNP residues 13-105
链 C
12–106（95 aa）
片段：UNP residues 13-105
|
突变：Y27D 突变：Y27D 突变：Y27D | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；grew in PEG400 (cryo condition) over night
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.248 |
| 5LNP Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic crystal form crystallised from monomeric fraction 提交 2016-08-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
416–510（95 aa）
片段：DEP domain, UNP residues 416-510
链 B
416–510（95 aa）
片段：DEP domain, UNP residues 416-510
链 C
416–510（95 aa）
片段：DEP domain, UNP residues 416-510
链 D
416–510（95 aa）
片段：DEP domain, UNP residues 416-510
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES, pH=6.5
0.1 M NaCl
0.1 M Li2SO4
23 % PEG400
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.246 |
| 5SUY Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic crystal form crystallised from dimeric fraction 提交 2016-08-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
416–510（95 aa）
片段：UNP residues 416-510
链 B
416–510（95 aa）
片段：UNP residues 416-510
链 C
416–510（95 aa）
片段：UNP residues 416-510
链 D
416–510（95 aa）
片段：UNP residues 416-510
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES
0.1 M NaCl
0.1 M Li2SO4
22-26% PEG400
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.217 |
| 5SUZ Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: C-centered monoclinic crystal form crystallised from monomeric fraction 提交 2016-08-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
416–509（94 aa）
片段：UNP residues 416-509
链 B
416–509（94 aa）
片段：UNP residues 416-509
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, pH=6.5
0.2 M CaCl2
23% PEG350 MME
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.263 |
| 6IW3 High resolution structure of Dvl2-DIX Y27W/C80S mutant 提交 2018-12-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
12–93（82 aa）
片段：DIX-domain
|
突变：Y27W, C80S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% (w/v) PEG 6000, Tris-HCl pH 8.0, 200 mM lithium chloride
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.229 |
| 6JCK Complex structure of Axin-DIX and Dvl2-DIX 提交 2019-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
12–93（82 aa）
|
突变：V67A,K68A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；25% (w/v) PEG1500, 0.1 M Malonate-Imidazole-Borate buffer pH 7.0
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.290 |
| 8WM9 Fzd4/DEP complex 提交 2023-10-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–736（736 aa）
|
未记录 | Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 8WMA Fzd4/DEP complex (local refined) 提交 2023-10-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–736（736 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 8WWR Crystal structure of apo human dishevelled 2 (Dvl2) PDZ domain 提交 2023-10-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
261–354（94 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tri-sodium citrate, pH 5.6
20% (v/v) Isopropanol
20%(w/v) PEG4000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.253 |
| 8YR7 Crystal structure of human dishevelled 2 (Dvl2) PDZ domain fused with WGEF internal peptide motif 提交 2024-03-20 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
261–353（93 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Sodium acetate (pH 4.5),
3M Sodium chloride
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.335 |