当前蛋白身份：O60462
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2QQJ Crystal Structure of the b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
275–595（321 aa）
片段：F5/8 type C 1 and C 2 domains
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.1 M Bis-Tris, 20% PEG 5000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.235 |
| 2QQK Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
23–595（573 aa）
片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 22% polyacrylic acid 5100, 0.02 M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.243 |
| 2QQK Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–595（573 aa）
片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 22% polyacrylic acid 5100, 0.02 M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.243 |
| 2QQL Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
23–595（573 aa）
片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.232 |
| 2QQL Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–595（573 aa）
片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.232 |
| 2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
145–595（451 aa）
片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
145–595（451 aa）
片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
145–595（451 aa）
片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains
链 B
145–595（451 aa）
片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 4QDQ Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
276–595（320 aa）
片段：Neuropilin-2 b1b2 domain, VEGF-C C-terminus
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M HEPES, 0.5 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.241 |
| 4QDQ Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
276–595（320 aa）
片段：Neuropilin-2 b1b2 domain, VEGF-C C-terminus
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M HEPES, 0.5 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.241 |
| 4QDR Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
276–595（320 aa）
片段：unp residues 276-595
|
突变：T319R | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES, 18% (w/v) PEG 12000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.255 |
| 4QDS Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
275–457（183 aa）
片段：Proteolytic fragment of s9Nrp2 coagulation factor domains
链 B
275–457（183 aa）
片段：Proteolytic fragment of s9Nrp2 coagulation factor domains
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.264 |
| 5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
275–429（155 aa）
片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.234 |
| 5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
275–429（155 aa）
片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429
|
未记录 | DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.234 |
| 5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
275–429（155 aa）
片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.234 |
| 5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
275–429（155 aa）
片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429
|
未记录 | DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.234 |
| 5DQ0 Structure of human neuropilin-2 b1 domain with novel and unique zinc binding site 提交 2015-09-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
275–430（156 aa）
片段：b1 domain, UNP residues 475-430
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；25 % PEG 550 MME, 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.217 |
| 6GH8 Crystal structure of GP1 domain of Lujo virus in complex with the first CUB domain of neuropilin-2 提交 2018-05-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–146（120 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.03M glycyl-glycyl-glycine, 25.9% PEG 6000, 0.09M Bis-Tris Propane pH 9.5
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.311 |
| 6GH8 Crystal structure of GP1 domain of Lujo virus in complex with the first CUB domain of neuropilin-2 提交 2018-05-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
27–146（120 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.03M glycyl-glycyl-glycine, 25.9% PEG 6000, 0.09M Bis-Tris Propane pH 9.5
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.311 |
| 6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
275–430（156 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACE ACETYL GROUP × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600
N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.250 |
| 6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
275–430（156 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACE ACETYL GROUP × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600
N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.250 |
| 6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
275–430（156 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600
N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.250 |
| 6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
275–430（156 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600
N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.250 |
| 6TJT Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFC peptide 提交 2019-11-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
275–430（156 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M NaOAc, 0.1 M HEPES pH 7.5, 12 % (w/v) PEG4000
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.179 |
| 6TJT Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFC peptide 提交 2019-11-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
275–430（156 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M NaOAc, 0.1 M HEPES pH 7.5, 12 % (w/v) PEG4000
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.179 |
| 7M22 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2 提交 2021-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 N
23–595（573 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grid was blotted with a force of -6 for 3 seconds
|
分辨率 3.65 Å |
| 7T4S CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 提交 2021-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 F
1–864（864 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.10 Å |
| 8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
25–595（571 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.294 |
| 8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
25–595（571 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.294 |
| 8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
25–595（571 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.294 |
| 8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
25–595（571 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.294 |
| 8IVX Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-14 Fab fragment 提交 2023-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
25–595（571 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；289 K；30% PEG300, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.225 |