当前蛋白身份：O95786
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2LWD Solution structure of second CARD of human RIG-I 提交 2012-07-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
95–190（96 aa）
片段：CARD 2 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成
300 uM [U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LWE Solution structure of mutant (T170E) second CARD of human RIG-I 提交 2012-07-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
95–190（96 aa）
片段：CARD 2 domain
|
突变：T170E | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成
300 uM [U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 J
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 H
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 | Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 I
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 J
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 H
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 | Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 I
802–925（124 aa）
片段：Regulatory domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.276 |
| 2RMJ Solution structure of RIG-I C-terminal domain 提交 2007-10-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
792–925（134 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.25
NMR样品组成
0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RIG-I, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2YKG Structural insights into RNA recognition by RIG-I 提交 2011-05-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
230–925（696 aa）
片段：RESIDUES 230-925
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9；0.1 M BICINE, PH 9.0, 22.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 6,000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.273 |
| 3LRN Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 14 bp GC 5' ppp dsRNA 提交 2010-02-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
803–923（121 aa）
片段：human RIG-I CTD
链 B
803–923（121 aa）
片段：human RIG-I CTD
|
突变：C829S 突变：C829S | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；15% PEG 3,350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.282 |
| 3LRR Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 12 bp AU rich 5' ppp dsRNA 提交 2010-02-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
803–923（121 aa）
片段：RIG-I CTD (UNP residues 803 to 923)
链 B
803–923（121 aa）
片段：RIG-I CTD (UNP residues 803 to 923)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3,350 (15%) plus ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 3NCU Structural and functional insights into pattern recognition by the innate immune receptor RIG-I 提交 2010-06-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
792–925（134 aa）
片段：residues 792-925
链 B
792–925（134 aa）
片段：residues 792-925
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；27% (v/v) polyethylene glycerol 3350 (PEG 3350), 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.1 M KCl, and 10 mM MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.229 |
| 3OG8 Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 14-bp blunt-ended dsRNA 提交 2010-08-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
802–925（124 aa）
片段：C-terminal domain
链 B
802–925（124 aa）
片段：C-terminal domain
|
突变：C829S 突变：C829S | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；27% PEG MME 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.278 |
| 3ZD6 Snapshot 1 of RIG-I scanning on RNA duplex 提交 2012-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
185–880（696 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9；pH 9
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.279 |
| 3ZD7 Snapshot 3 of RIG-I scanning on RNA duplex 提交 2012-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
185–880（696 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9；pH 9
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.288 |
| 4AY2 Capturing 5' tri-phosphorylated RNA duplex by RIG-I 提交 2012-06-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
239–925（687 aa）
片段：RESIDUES 239-925
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.286 |
| 4BPB STRUCTURAL INSIGHTS INTO RNA RECOGNITION BY RIG-I 提交 2013-05-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
230–925（696 aa）
片段：RESIDUES 230-925
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9；0.1 M BICINE, PH 9.0, 22.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 6,000
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.255 |
| 4NQK Structure of an Ubiquitin complex 提交 2013-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
1–200（200 aa）
片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200
链 B
1–200（200 aa）
片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200
链 C
1–200（200 aa）
片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200
链 D
1–200（200 aa）
片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.2 M Tri-Li Citrate, 3% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.285 |
| 4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
230–793（564 aa）
片段：UNP residues 230-793
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.258 |
| 4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
230–793（564 aa）
片段：UNP residues 230-793
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.258 |
| 4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
230–793（564 aa）
片段：UNP residues 230-793
链 B
230–793（564 aa）
片段：UNP residues 230-793
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.258 |
| 4P4H Caught-in-action signaling complex of RIG-I 2CARD domain and MAVS CARD domain 提交 2014-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 A
1–201（201 aa）
链 B
1–201（201 aa）
链 C
1–201（201 aa）
链 D
1–201（201 aa）
链 E
1–201（201 aa）
链 F
1–201（201 aa）
链 G
1–201（201 aa）
链 H
1–201（201 aa）
|
突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Tri-Li Citrate, PEG 3350, Cr(III) Cl3
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.240 |
| 5E3H Structural Basis for RNA Recognition and Activation of RIG-I 提交 2015-10-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
232–925（694 aa）
片段：UNP residues 232-925
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% w/v PEG3350, 0.25 M sodium thiocyanate, 100 mM MOPS, pH 7.8, 3% v/v 2,2,2-trifluoroethanol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.268 |
| 5F98 Crystal structure of RIG-I in complex with Cap-0 RNA 提交 2015-12-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
232–925（694 aa）
链 C
232–925（694 aa）
链 E
232–925（694 aa）
链 G
232–925（694 aa）
链 I
232–925（694 aa）
链 K
232–925（694 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8), 3.5% (v/v) 2,2,2-trifluoroethanol
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.277 |
| 5F9F Crystal structure of RIG-I helicase-RD in complex with 24-mer blunt-end hairpin RNA 提交 2015-12-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
187–880（694 aa）
链 C
187–880（694 aa）
链 E
187–880（694 aa）
链 G
187–880（694 aa）
链 I
187–880（694 aa）
链 K
187–880（694 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ETF TRIFLUOROETHANOL × 4 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 3350, 0.3 M NaSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 5F9H Crystal structure of RIG-I helicase-RD in complex with 24-mer 5' triphosphate hairpin RNA 提交 2015-12-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
232–925（694 aa）
链 C
232–925（694 aa）
链 E
232–925（694 aa）
链 G
232–925（694 aa）
链 I
232–925（694 aa）
链 K
232–925（694 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 3350, 0.25 M KSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8)
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.266 |
| 6GPG Structure of the RIG-I Singleton-Merten syndrome variant C268F 提交 2018-06-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
232–925（694 aa）
|
突变：C268F | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M MOPS pH 7.5, 17.5 % (w/v) PEG 3350, 0.25 M NaSCN, 3 % (v/v) 2,2,2 trifluoroethanol
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.260 |
| 6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
242–922（681 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 D
242–922（681 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 | Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 F
242–922（681 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 | Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 H
242–922（681 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 | Assembly 5 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 J
242–922（681 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 | Assembly 6 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 L
242–922（681 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 7BAH Structure of RIG-I CTD bound to OH-RNA 提交 2020-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
802–925（124 aa）
链 B
802–925（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；283.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0
0.2 M NaCl
18% PEG 3350
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.224 |
| 7BAI Structure of RIG-I CTD (I875A) bound to p-RNA 提交 2020-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
802–925（124 aa）
链 B
802–925（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.2 M thiocyanate pH 8.4
20% PEG 3350
10% ethylene glycol
10% MPD
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.273 |
| 7BAI Structure of RIG-I CTD (I875A) bound to p-RNA 提交 2020-12-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
802–925（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.2 M thiocyanate pH 8.4
20% PEG 3350
10% ethylene glycol
10% MPD
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.273 |
| 7JL1 Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA in complex with RIPLET PrySpry domain (monomer) 提交 2020-07-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
159–880（722 aa）
片段：UNP residues 159-880
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7JL3 Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA filament in complex with RIPLET PrySpry domain (trimer) 提交 2020-07-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
159–880（722 aa）
片段：UNP residues 159-880
链 C
159–880（722 aa）
片段：UNP residues 159-880
链 E
159–880（722 aa）
片段：UNP residues 159-880
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7MK1 Structure of a protein-modified aptamer complex 提交 2021-04-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
801–925（125 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；285.15 K；30% PEG3350, 0.01 M Na acetate pH 4.8
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.220 |
| 7MK1 Structure of a protein-modified aptamer complex 提交 2021-04-21 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
801–925（125 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；285.15 K；30% PEG3350, 0.01 M Na acetate pH 4.8
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.220 |
| 7TNX Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p3dsRNA 提交 2022-01-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 7TNY Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p2dsRNA 提交 2022-01-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7TNZ Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p1dsRNA 提交 2022-01-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 7TO0 Cryo-EM structure of RIG-I in complex with OHdsRNA 提交 2022-01-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7TO1 Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of p3SLR30 (+ATP) 提交 2022-01-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 7TO2 Cryo-EM structure of RIG-I bound to the internal sites of p3SLR30 (+ATP) 提交 2022-01-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8DVR Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of p3SLR30 (+AMPPNP) 提交 2022-07-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8DVS Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of OHSLR30 (+ATP) 提交 2022-07-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8DVU Cryo-EM structure of RIG-I bound to the internal sites of OHSLR30 (+ATP) 提交 2022-07-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8G7T Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-end) 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
链 C
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8G7U Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-semi-closed end) 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
链 C
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8G7V Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-inter) 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
链 C
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8SCZ Cryo-EM structure of 14aa-GS RIG-I in complex with p3SLR30 提交 2023-04-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8SD0 Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p3SLR14 提交 2023-04-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9KTW Cryo-EM structure of wild type RIG-I with 5'p-RNA 提交 2024-12-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–925（925 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；25mM HEPES, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9KU4 Cryo-EM structure of E373A mutant RIG-I with 5'p-RNA 提交 2024-12-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–925（925 aa）
|
突变：E373A | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；25mM HEPES, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |