当前蛋白身份：P00669
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11BA BINDING OF A SUBSTRATE ANALOGUE TO A DOMAIN SWAPPING PROTEIN IN THE COMPLEX OF BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE WITH URIDYLYL-2',5'-ADENOSINE 提交 1999-03-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 未唯一映射
参考区间未声明
链 A
27–150（124 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 UPA URIDYLYL-2'-5'-PHOSPHO-ADENOSINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.8；pH 4.8
|
分辨率 2.06 Å |
| 1BSR BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-04-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å |
| 1BSR BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-04-28 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å |
| 1N1X Crystal Structure Analysis of the monomeric [S-carboxyamidomethyl-Cys31, S-carboxyamidomethyl-Cys32] Bovine seminal ribonuclease 提交 2002-10-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；293 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate, acetonitrile, glycerol (cryoprotectant), pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.258 |
| 1N3Z Crystal structure of the [S-carboxyamidomethyl-Cys31, S-carboxyamidomethyl-Cys32] monomeric derivative of the bovine seminal ribonuclease in the liganded state 提交 2002-10-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | U3P 3'-URIDINEMONOPHOSPHATE × 1 ADN ADENOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；293 K；PEG 4000, sodium acetate, acetonitrile, glycerol (cryoprotectant), TRIS-HCl, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.230 |
| 1QWQ Solution structure of the monomeric N67D mutant of Bovine Seminal Ribonuclease 提交 2003-09-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
|
突变：N67D | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.65；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
2.0MM MONOMERIC BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE U-97% 15N | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
2.0MM MONOMERIC BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1R3M Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease 提交 2003-10-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.4；294 K；MPD, ammonium sulfate, pH 8.4, EVAPORATION, temperature 294K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.292 |
| 1R3M Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease 提交 2003-10-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.4；294 K；MPD, ammonium sulfate, pH 8.4, EVAPORATION, temperature 294K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.292 |
| 1R5C X-ray structure of the complex of Bovine seminal ribonuclease swapping dimer with d(CpA) 提交 2003-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | CPA 2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5.4；293 K；62-64% saturation ammonium sulfate, 8-10% 2-methyl-2,4-pentandiol, dinucleotide-protein molar ratio of 8:1, pH 5.4, MICRO-BATCH, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.242 |
| 1R5D X-ray structure of bovine seminal ribonuclease swapping dimer from a new crystal form 提交 2003-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.255 |
| 1TQ9 Non-covalent swapped dimer of Bovine Seminal Ribonuclease in complex with 2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE 提交 2004-06-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CPA 2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, isopropanol, sodium acetate, cacodilate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.269 |
| 1Y92 Crystal structure of the P19A/N67D Variant Of Bovine seminal Ribonuclease 提交 2004-12-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
突变：P19A, N67D 突变：P19A, N67D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Tris-HCl, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.202 |
| 1Y94 Crystal structure of the G16S/N17T/P19A/S20A/N67D Variant Of Bovine seminal Ribonuclease 提交 2004-12-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
突变：G16S, N17T, P19A, S20A, N67D 突变：G16S, N17T, P19A, S20A, N67D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, TRIS-HCL, SODIUM ACETATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.259 |
| 2LFJ Solution structure of the monomeric derivative of BS-RNase 提交 2011-07-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
|
突变：N67D | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.8；300 K
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mBS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] mBS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3BCM Crystal Structure of The Unswapped Form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
突变：P19A, L28Q, N67D 突变：P19A, L28Q, N67D | PO4 PHOSPHATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；277 K；30% methyl pentanediol, 50mM TRIS-HCl pH 8.4, 0.1M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.252 |
| 3BCM Crystal Structure of The Unswapped Form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
突变：P19A, L28Q, N67D 突变：P19A, L28Q, N67D | PO4 PHOSPHATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；277 K；30% methyl pentanediol, 50mM TRIS-HCl pH 8.4, 0.1M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.252 |
| 3BCO Crystal Structure of The Swapped FOrm of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
突变：P19A, L28Q, N67D 突变：P19A, L28Q, N67D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；28% w/v PEG 8000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M CACODILATE pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.250 |
| 3BCP Crystal Structure of The Swapped non covalent form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；27% w/v PEG 8000, 0.1M sodium phosphate, 0.2M calcium chloride, 0.1M cacodilate pH 5.3-5.9, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.323 |
| 3BCP Crystal Structure of The Swapped non covalent form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
27–150（124 aa）
链 D
27–150（124 aa）
|
突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；27% w/v PEG 8000, 0.1M sodium phosphate, 0.2M calcium chloride, 0.1M cacodilate pH 5.3-5.9, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.323 |
| 3BCP Crystal Structure of The Swapped non covalent form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
链 C
27–150（124 aa）
链 D
27–150（124 aa）
|
突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；27% w/v PEG 8000, 0.1M sodium phosphate, 0.2M calcium chloride, 0.1M cacodilate pH 5.3-5.9, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.323 |
| 3DJO Bovine Seminal Ribonuclease uridine 2' phosphate complex 提交 2008-06-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | U2P PHOSPHORIC ACID MONO-[2-(2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-PYRIMIDIN-1-YL)-4-HYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3-YL] ESTER × 2 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.226 |
| 3DJP Bovine Seminal Ribonuclease- Uridine 3' phosphate complex 提交 2008-06-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | UA3 URACIL ARABINOSE-3'-PHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.230 |
| 3DJQ Bovine Seminal Ribonuclease- Uridine 5' diphosphate complex 提交 2008-06-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1 M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.233 |
| 3DJV Bovine Seminal Ribonuclease- cytidine 3' phosphate complex 提交 2008-06-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | C3P CYTIDINE-3'-MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.204 |
| 3DJX Bovine Seminal Ribonuclease- cytidine 5' phosphate complex 提交 2008-06-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
链 B
27–150（124 aa）
|
未记录 | C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.204 |
| 4N4C Crystal structure of the C-terminal swapped dimer of a Bovine seminal ribonuclease mutant 提交 2013-10-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–150（124 aa）
片段：UNP residues 27-150
链 B
27–150（124 aa）
片段：UNP residues 27-150
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突变：G16S, N17T, P19A, S20A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G16S, N17T, P19A, S20A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；16-20% w/v PEG35K, 0.2 M lithium chloride, 0.1 M sodium cacodylate buffer, pH 6.0, 3% v/v acetonitrile, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.186 |