当前蛋白身份：P01050
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AD8 COMPLEX OF THROMBIN WITH AND INHIBITOR CONTAINING A NOVEL P1 MOIETY 提交 1997-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 MDL [DEHYDROXY-N-METHYL-TYROSYL-PROLINYL]-[4,4,5,5,5-PENTAFLUORO-3-OXY-1-[3-INDOLYL]-PENT-2-YL]AMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；A DROP WITH 1.62 MG/ML PROTEIN, 0.375 M NACL, 0.09 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), 0.5 MM AZIDE, 4.9 MM INHIBITOR AND 15% (W/V) PEG8000 WAS EQUILIBRATED AGAINST 30% (W/V)PEG8000 IN 0.08 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), USING A HANGING DROP SETUP., vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.00 Å |
| 1AY6 THROMBIN INHIBITOR FROM THEONALLA, CYCLOTHEANAMIDE-BASED MACROCYCLIC TRIPEPTIDE MOTIF 提交 1997-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
片段：residues 55-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 1ZV amino({3-[(3R,5R,14S,16S,21aR)-5,14-dihydroxy-1,4,17-trioxo-16-(2-phenylethyl)icosahydro-1H-pyrrolo[1,2-d][1,4,7,11]tetraazacyclononadecin-3-yl]propyl}amino)methaniminium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8K, 0.1M SOD. PHOSPHATE BUFFER PH 7.5. MACROSEEDED TO MAKE LARGER CRYSTALS
|
分辨率 1.80 Å |
| 1BCU ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND PROFLAVIN 提交 1998-05-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–65（12 aa）
片段：RESIDUES 54-65 OF HIRUDIN
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PRL PROFLAVIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.212 |
| 1H8D X-ray structure of the human alpha-thrombin complex with a tripeptide phosphonate inhibitor. 提交 2001-02-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
片段：RESIDUES 55 TO 64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PHW N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-{(1S,3E)-1-[dihydroxy(diphenoxy)-lambda~5~-phosphanyl]-4-methoxybut-3-en-1-yl}-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.2；20% PEG 8K, 0.05MM NAHPO4, 0.1M NACL, PH 7.20
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.220 |
| 1H8I X-ray crystal structure of human alpha-thrombin with a tripeptide phosphonate inhibitor. 提交 2001-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
片段：RESIDUES 55 TO 64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PHV N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-[(1S)-4-methoxy-1-phosphonobutyl]-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.2；PH 7.20
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.235 |
| 1HIC THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF HIRUDIN(1-51) AND COMPARISON WITH CORRESPONDING THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES DETERMINED USING THE COMPLETE 65-RESIDUE HIRUDIN POLYPEPTIDE CHAIN 提交 1992-04-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–51（51 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1HRT THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINANT HIRUDIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
1–65（65 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1HXE SERINE PROTEASE 提交 1995-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
|
未记录 | RB RUBIDIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 1HXF HUMAN THROMBIN COMPLEX WITH HIRUDIN VARIANT 提交 1996-09-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 2HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1988-12-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–65（65 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 2JOO The NMR Solution Structure of Recombinant RGD-hirudin 提交 2007-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–65（65 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
5 mM RGD-hirudin, 0.02mol/L Na2HPO4/NaH2PO4 buffer, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2PW8 Crystal structure of sulfo-hirudin complexed to thrombin 提交 2007-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
3–65（63 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NI NICKEL (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris, 20% PEG2K, 0.01M Nickel Chloride. , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.233 |
| 2V3O Thrombin with 3-cycle with F 提交 2007-06-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
56–65（10 aa）
片段：C-TERMINUS, RESIDUES 56-65
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | I26 (2R)-[(4-CARBAMIMIDOYLPHENYL)AMINO]{3-[3-(DIMETHYLAMINO)-2,2-DIMETHYLPROPOXY]-5-ETHYL-2-FLUOROPHENYL}ETHANOIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.79 Å R-free 0.212 |
| 2ZC9 Thrombin in complex with Inhibitor 提交 2007-11-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 22U D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.233 |
| 2ZDA Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 32U D-phenylalanyl-N-{4-[amino(iminio)methyl]benzyl}-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.228 |
| 2ZDV Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 37U D-phenylalanyl-N-(3-fluorobenzyl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.243 |
| 2ZF0 Exploring Thrombin S1 Pocket 提交 2007-12-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 51U D-phenylalanyl-N-(3-methylbenzyl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.267 |
| 2ZFF Exploring Thrombin S1-pocket 提交 2008-01-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 53U D-phenylalanyl-N-benzyl-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.203 |
| 2ZFP Thrombin Inibition 提交 2008-01-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 19U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.298 |
| 2ZGB Thrombin Inhibition 提交 2008-01-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 21U D-leucyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.231 |
| 2ZGX Thrombin Inhibition 提交 2008-01-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 29U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.229 |
| 2ZHQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 27U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(3-phenylpropanoyl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.272 |
| 2ZI2 Thrombin Inhibition 提交 2008-02-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 24U 1-butanoyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.225 |
| 2ZIQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 26U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.225 |
| 2ZNK Thrombin Inhibition 提交 2008-04-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 31U D-leucyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.229 |
| 2ZO3 Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 33U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.250 |
| 3D49 Thrombin Inhibition 提交 2008-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000
, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.237 |
| 3DHK Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 23U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.249 |
| 3DT0 Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 16U N-(3-chlorobenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.286 |
| 3DUX Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 64U 3-cyclohexyl-D-alanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.247 |
| 3EGK KNOBLE Inhibitor 提交 2008-09-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | M18 {(2S)-1-[N-(tert-butoxycarbonyl)glycyl]pyrrolidin-2-yl}methyl (3-chlorophenyl)acetate × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.312 |
| 3EQ0 Thrombin Inhibitor 提交 2008-09-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：Residues 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 2TS (2S)-N-[[2-(aminomethyl)-5-chloro-phenyl]methyl]-1-[(2R)-5-carbamimidamido-2-(phenylmethylsulfonylamino)pentanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.249 |
| 3LDX Discovery and Clinical Evaluation of RWJ-671818, a Thrombin Inhibitor with an Oxyguanidine P1 Motif 提交 2010-01-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–65（11 aa）
片段：residues 55-65
|
未记录 | NLI N-[2-(carbamimidamidooxy)ethyl]-2-{3-[(2,2-difluoro-2-phenylethyl)amino]-6-methyl-2-oxopyrazin-1(2H)-yl}acetamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.25 Å R-free 0.224 |
| 3UTU High affinity inhibitor of human thrombin 提交 2011-11-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
54–64（11 aa）
片段：UNP RESIDUES 54-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 1TS (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2S)-2-[(3-chloro-4-methoxybenzene)sulfonamido]-3-{[(4-cyanophenyl)methyl]carbamoyl}propanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PHOSPHATE BUFFER, SODIUM CHLORIDE, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.271 |
| 4AX9 Human thrombin complexed with Napsagatran, RO0466240 提交 2012-06-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–65（11 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 55-65
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 N5N 2-[[(2S)-4-[[(3S)-1-carbamimidoylpiperidin-3-yl]methylamino]-2-(naphthalen-2-ylsulfonylamino)-4-oxidanylidene-butanoyl] -cyclopropyl-amino]ethanoic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.196 |
| 4BAH Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
53–64（12 aa）
片段：RESIDUES 62-71
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MEL [((1R)-2-{(2S)-2-[({4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}AMINO)CARBONYL]AZETIDINYL}-1-CYCLOHEXYL-2-OXOETHYL)AMINO]ACETIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.94 Å R-free 0.194 |
| 4BAK Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
53–64（12 aa）
片段：RESIDUES 62-71
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M67 (2S)-N-(4-CARBAMIMIDOYLBENZYL)-1-[(2R)-2-CYCLOHEXYL-2-{[2-OXO-2-(PROPYLAMINO)ETHYL]AMINO}ACETYL]AZETIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.94 Å R-free 0.203 |
| 4BAM Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
53–64（12 aa）
片段：RESIDUES 53-64
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MM9 (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.88 Å R-free 0.195 |
| 4BAN Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
53–64（12 aa）
片段：RESIDUES 53-64
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M6S (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.87 Å R-free 0.203 |
| 4BAQ Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
53–64（12 aa）
片段：RESIDUES 53-64
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M4Z (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(ethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.89 Å R-free 0.221 |
| 4HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1988-12-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–65（65 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 4LXB Crystal Structure Analysis of thrombin in complex with compound D58 提交 2013-07-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
53–65（13 aa）
片段：unp residues 53-65
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.1 M SODIUM PHASPHATE PH=7.3, 20% PEG8000, 5MG/ML THROMBIN, 0.2 M NACL, 1 mM INHIBNITOR, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.61 Å R-free 0.228 |
| 4MLF Crystal structure for the complex of thrombin mutant D102N and hirudin 提交 2013-09-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–65（65 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Ca acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 4YES Thrombin in complex with (S)-(4-chloro-2-((1-(5-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)pyrrolidine-2-carboxamido)methyl)phenyl)methanaminium 提交 2015-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
54–65（12 aa）
片段：UNP residues 54-65
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 45S N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-1-[(5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；28 % PEG 2000 MMe, 100mM BisTris
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分辨率 1.50 Å R-free 0.234 |
| 5HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1990-01-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–65（65 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 6HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1990-01-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–65（65 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 7A0D The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C16U/C28U) at 1.6 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 III
1–65（65 aa）
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突变：C16U/C28U | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.2 M NaCl
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分辨率 1.60 Å R-free 0.215 |
| 7A0E The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C6U/C14U) at 1.9 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 III
1–65（65 aa）
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突变：C6U/C14U | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), and 0.2 M NaCl
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分辨率 1.90 Å R-free 0.263 |
| 7A0F The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C22U/C39U) at 2.7 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 III
1–65（65 aa）
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突变：C22U/C39U | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.3 M NaCl
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分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |