当前蛋白身份：P03315
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DYL 9 ANGSTROM RESOLUTION CRYO-EM RECONSTRUCTION STRUCTURE OF SEMLIKI FOREST VIRUS (SFV) AND FITTING OF THE CAPSID PROTEIN STRUCTURE IN THE EM DENSITY 提交 2000-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 A
119–267（149 aa）
链 B
119–267（149 aa）
链 C
119–267（149 aa）
链 D
119–267（149 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER.
|
分辨率 9.00 Å |
| 1DYL 9 ANGSTROM RESOLUTION CRYO-EM RECONSTRUCTION STRUCTURE OF SEMLIKI FOREST VIRUS (SFV) AND FITTING OF THE CAPSID PROTEIN STRUCTURE IN THE EM DENSITY 提交 2000-02-02 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
119–267（149 aa）
链 B
119–267（149 aa）
链 C
119–267（149 aa）
链 D
119–267（149 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER.
|
分辨率 9.00 Å |
| 1DYL 9 ANGSTROM RESOLUTION CRYO-EM RECONSTRUCTION STRUCTURE OF SEMLIKI FOREST VIRUS (SFV) AND FITTING OF THE CAPSID PROTEIN STRUCTURE IN THE EM DENSITY 提交 2000-02-02 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
119–267（149 aa）
链 B
119–267（149 aa）
链 C
119–267（149 aa）
链 D
119–267（149 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER.
|
分辨率 9.00 Å |
| 1DYL 9 ANGSTROM RESOLUTION CRYO-EM RECONSTRUCTION STRUCTURE OF SEMLIKI FOREST VIRUS (SFV) AND FITTING OF THE CAPSID PROTEIN STRUCTURE IN THE EM DENSITY 提交 2000-02-02 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
119–267（149 aa）
链 B
119–267（149 aa）
链 C
119–267（149 aa）
链 D
119–267（149 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER.
|
分辨率 9.00 Å |
| 1DYL 9 ANGSTROM RESOLUTION CRYO-EM RECONSTRUCTION STRUCTURE OF SEMLIKI FOREST VIRUS (SFV) AND FITTING OF THE CAPSID PROTEIN STRUCTURE IN THE EM DENSITY 提交 2000-02-02 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
119–267（149 aa）
链 B
119–267（149 aa）
链 C
119–267（149 aa）
链 D
119–267（149 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER.
|
分辨率 9.00 Å |
| 1I9W CRYSTAL STRUCTURE OF THE FUSION GLYCOPROTEIN E1 FROM SEMLIKI FOREST VIRUS 提交 2001-03-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
816–1205（390 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；294 K；PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.344 |
| 1RER Crystal structure of the homotrimer of fusion glycoprotein E1 from Semliki Forest Virus. 提交 2003-11-07 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
816–1206（391 aa）
片段：Spike glycoprotein E1
链 B
816–1206（391 aa）
片段：Spike glycoprotein E1
链 C
816–1206（391 aa）
片段：Spike glycoprotein E1
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 3 HO HOLMIUM ATOM × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；PEG 400, NaBr, detergent DDAO, HO3+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.285 |
| 1RER Crystal structure of the homotrimer of fusion glycoprotein E1 from Semliki Forest Virus. 提交 2003-11-07 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
816–1206（391 aa）
片段：Spike glycoprotein E1
链 B
816–1206（391 aa）
片段：Spike glycoprotein E1
链 C
816–1206（391 aa）
片段：Spike glycoprotein E1
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 6 HO HOLMIUM ATOM × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；PEG 400, NaBr, detergent DDAO, HO3+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.285 |
| 1VCP SEMLIKI FOREST VIRUS CAPSID PROTEIN (CRYSTAL FORM I) 提交 1996-03-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
119–267（149 aa）
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
KHGI4 WAS REQUIRED TO OBTAIN BIG CRYSTALS. EACH OF THREE
MONOMERS OF THE SEMLIKI FOREST VIRUS CORE PROTEIN BIND
ONE MERCURY ATOM. THE HG ATOM FORMS A S-HG-S BOND WITH
CYS 119 AND CYS 134. IN THE NATIVE STRUCTURE THERE IS A
DISULFIDE BRIDGE BETWEEN CYS 119 AND CYS 134. THE S-HG
DISTANCE WAS RESTRAINED TO 2.45 ANGSTROMS WHILE THE BOND
ANGLE OF S-HG-S WAS RESTRAINED TO 180 DEGREES.
|
分辨率 3.00 Å |
| 1VCP SEMLIKI FOREST VIRUS CAPSID PROTEIN (CRYSTAL FORM I) 提交 1996-03-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
119–267（149 aa）
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
KHGI4 WAS REQUIRED TO OBTAIN BIG CRYSTALS. EACH OF THREE
MONOMERS OF THE SEMLIKI FOREST VIRUS CORE PROTEIN BIND
ONE MERCURY ATOM. THE HG ATOM FORMS A S-HG-S BOND WITH
CYS 119 AND CYS 134. IN THE NATIVE STRUCTURE THERE IS A
DISULFIDE BRIDGE BETWEEN CYS 119 AND CYS 134. THE S-HG
DISTANCE WAS RESTRAINED TO 2.45 ANGSTROMS WHILE THE BOND
ANGLE OF S-HG-S WAS RESTRAINED TO 180 DEGREES.
|
分辨率 3.00 Å |
| 1VCP SEMLIKI FOREST VIRUS CAPSID PROTEIN (CRYSTAL FORM I) 提交 1996-03-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
119–267（149 aa）
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
KHGI4 WAS REQUIRED TO OBTAIN BIG CRYSTALS. EACH OF THREE
MONOMERS OF THE SEMLIKI FOREST VIRUS CORE PROTEIN BIND
ONE MERCURY ATOM. THE HG ATOM FORMS A S-HG-S BOND WITH
CYS 119 AND CYS 134. IN THE NATIVE STRUCTURE THERE IS A
DISULFIDE BRIDGE BETWEEN CYS 119 AND CYS 134. THE S-HG
DISTANCE WAS RESTRAINED TO 2.45 ANGSTROMS WHILE THE BOND
ANGLE OF S-HG-S WAS RESTRAINED TO 180 DEGREES.
|
分辨率 3.00 Å |
| 1VCQ SEMLIKI FOREST VIRUS CAPSID PROTEIN (CRYSTAL FORM II) 提交 1996-03-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
119–267（149 aa）
链 B
119–267（149 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.10 Å |
| 2ALA Crystal structure of the Semliki Forest Virus envelope protein E1 in its monomeric conformation. 提交 2005-08-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
816–1206（391 aa）
片段：Spike glycoprotein E1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.1；293 K；PEG 8K, pH 8.1, EVAPORATION, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.319 |
| 2V33 High resolution crystal structure of domain III of E1 fusion glycoprotein of Semliki Forest Virus 提交 2007-06-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1107–1197（91 aa）
片段：DOMAIN III OF SPIKE GLYCOPROTEIN E1, RESIDUES 1107-1197
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；25% PEG 8K, 0.2M NA ACETATE, 0.1M CACO PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.226 |
| 2V33 High resolution crystal structure of domain III of E1 fusion glycoprotein of Semliki Forest Virus 提交 2007-06-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1107–1197（91 aa）
片段：DOMAIN III OF SPIKE GLYCOPROTEIN E1, RESIDUES 1107-1197
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；25% PEG 8K, 0.2M NA ACETATE, 0.1M CACO PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.226 |
| 8D87 Fitted crystal structure of the homotrimer of fusion glycoprotein E1 from SFV into subtomogram averaged CHIKV E1 glycoprotein density 提交 2022-06-08 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
816–1206（391 aa）
片段：SPIKE GLYCOPROTEIN E1
链 B
816–1206（391 aa）
片段：SPIKE GLYCOPROTEIN E1
链 C
816–1206（391 aa）
片段：SPIKE GLYCOPROTEIN E1
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 3 HO HOLMIUM ATOM × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.1；Hepes Buffer Saline
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 7-8 seconds
X-ray结晶条件
pH 4；PEG 400, NABR, DETERGENT DDAO, HO3+,
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, PH 4, TEMPERATURE 277.0K
|
分辨率 27.20 Å R-free 0.285 |
| 8IHP Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with the receptor VLDLR-LA3 提交 2023-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
334–755（422 aa）
链 B
816–1253（438 aa）
链 C
106–267（162 aa）
链 D
334–755（422 aa）
链 E
816–1253（438 aa）
链 F
106–267（162 aa）
链 G
334–755（422 aa）
链 H
816–1253（438 aa）
链 I
106–267（162 aa）
链 J
334–755（422 aa）
链 K
816–1253（438 aa）
链 L
106–267（162 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8UA8 Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with VLDLR LA2 提交 2023-09-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 C
273–326（54 aa）
链 D
115–267（153 aa）
链 G
273–326（54 aa）
链 H
115–267（153 aa）
链 K
273–326（54 aa）
链 L
115–267（153 aa）
链 O
273–326（54 aa）
链 P
115–267（153 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8X0K Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(2-fold) 提交 2023-11-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16） 与蛋白数一致 |
链 A
106–267（162 aa）
链 E
106–267（162 aa）
链 I
106–267（162 aa）
链 M
106–267（162 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8X0L Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(3-fold) 提交 2023-11-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
106–267（162 aa）
链 E
106–267（162 aa）
链 I
106–267（162 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8X0M Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(5-fold) 提交 2023-11-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric（11） 与蛋白数一致 |
链 A
106–267（162 aa）
链 E
106–267（162 aa）
链 I
106–267（162 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9KQR Cryo-EM Structure of Mature Semliki Forest Virus 提交 2024-11-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 a
816–1253（438 aa）
链 d
816–1253（438 aa）
链 g
816–1253（438 aa）
链 j
816–1253（438 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |