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Protein Structures and Oligomeric States

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Current Protein Identity：P03713 New Search
8PDB entries
16Biological assembly
163chain/assembly records
Main Difference Dimensions in This Set
Different mutation/modification Different assembly state Different experimental method Different experimental conditions Different structure-quality metrics

Difference tags compare only the current result set; every original PDB and assembly record remains separate.

Related-Structure Differences

Each row represents one biological assembly in one PDB entry; multiple monomers of the same protein are listed separately.

PDB Entry Assembly / Oligomeric State Construct Mutations and Modifications Ligands, Ions and Non-polymers Experimental Method Experimental Conditions Structure Quality
7SJ5 Bacteriophage lambda major capsid protein mutant - W308A Deposited 2021-10-15 Assembly 1 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 4 PDB declaration: tetrameric（4） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Mutation：W308A Mutation：W308A Mutation：W308A Mutation：W308A No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291.15 K；0.1 M bis-tris, 0.1 M ammonium sulfate, 5% v/v glycerol, 30% v/v PEG-3350
Resolution 2.69 Å R-free 0.230
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom Deposited 2021-09-26 Assembly 1 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 420 PDB declaration: 420-meric（420） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom Deposited 2021-09-26 Assembly 2 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 7 PDB declaration: heptameric（7） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom Deposited 2021-09-26 Assembly 3 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 35 PDB declaration: 35-meric（35） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom Deposited 2021-09-26 Assembly 4 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 42 PDB declaration: 42-meric（42） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom Deposited 2021-09-26 Assembly 5 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 7 PDB declaration: heptameric（7） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.03 Å
7VIA Focused refinement of asymmetric unit of bacteriophage lambda procapsid at 3.88 Angstrom Deposited 2021-09-26 Assembly 1 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 7 PDB declaration: heptameric（7） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 3.88 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom Deposited 2021-09-27 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 840 PDB declaration: 840-meric（840） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom Deposited 2021-09-27 Assembly 2 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 14 PDB declaration: tetradecameric（14） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom Deposited 2021-09-27 Assembly 3 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 70 PDB declaration: 70-meric（70） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom Deposited 2021-09-27 Assembly 4 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 84 PDB declaration: 84-meric（84） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom Deposited 2021-09-27 Assembly 5 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 14 PDB declaration: tetradecameric（14） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.60 Å
7VIK Asymmetric unit of cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 3.76 Angstrom Deposited 2021-09-27 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 14 PDB declaration: tetradecameric（14） Consistent with protein count
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 3.76 Å
8K39 Structure of the bacteriophage lambda portal vertex Deposited 2023-07-14 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 42 PDB declaration: 42-meric（42） Consistent with protein count
Chain 0 1–341（341 aa）
Chain 1 1–341（341 aa）
Chain 2 1–341（341 aa）
Chain 3 1–341（341 aa）
Chain 4 1–341（341 aa）
Chain 5 1–341（341 aa）
Chain 6 1–341（341 aa）
Chain 7 1–341（341 aa）
Chain A 1–341（341 aa）
Chain B 1–341（341 aa）
Chain C 1–341（341 aa）
Chain D 1–341（341 aa）
Chain E 1–341（341 aa）
Chain F 1–341（341 aa）
Chain G 1–341（341 aa）
Chain H 1–341（341 aa）
Chain I 1–341（341 aa）
Chain J 1–341（341 aa）
Chain K 1–341（341 aa）
Chain L 1–341（341 aa）
Chain M 1–341（341 aa）
Chain N 1–341（341 aa）
Chain O 1–341（341 aa）
Chain P 1–341（341 aa）
Chain Q 1–341（341 aa）
Chain R 1–341（341 aa）
Chain S 1–341（341 aa）
Chain T 1–341（341 aa）
Chain g 1–341（341 aa）
Chain h 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 4.00 Å
8XOU Prohead portal vertex of bacteriophage lambda Deposited 2024-01-02 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 42 PDB declaration: 42-meric（42） Consistent with protein count
Chain A0 1–341（341 aa）
Chain A1 1–341（341 aa）
Chain A2 1–341（341 aa）
Chain A3 1–341（341 aa）
Chain A4 1–341（341 aa）
Chain C0 1–341（341 aa）
Chain C1 1–341（341 aa）
Chain C2 1–341（341 aa）
Chain C3 1–341（341 aa）
Chain C4 1–341（341 aa）
Chain D0 1–341（341 aa）
Chain D1 1–341（341 aa）
Chain D2 1–341（341 aa）
Chain D3 1–341（341 aa）
Chain D4 1–341（341 aa）
Chain E0 1–341（341 aa）
Chain E1 1–341（341 aa）
Chain E2 1–341（341 aa）
Chain E3 1–341（341 aa）
Chain E4 1–341（341 aa）
Chain F0 1–341（341 aa）
Chain F1 1–341（341 aa）
Chain F2 1–341（341 aa）
Chain F3 1–341（341 aa）
Chain F4 1–341（341 aa）
Chain G0 1–341（341 aa）
Chain G1 1–341（341 aa）
Chain G2 1–341（341 aa）
Chain G3 1–341（341 aa）
Chain G4 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 5.58 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda Deposited 2024-01-05 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 71 PDB declaration: 71-meric（71） Consistent with protein count
Chain A0 1–341（341 aa）
Chain A1 1–341（341 aa）
Chain A2 1–341（341 aa）
Chain A3 1–341（341 aa）
Chain A4 1–341（341 aa）
Chain C0 1–341（341 aa）
Chain C1 1–341（341 aa）
Chain C2 1–341（341 aa）
Chain C3 1–341（341 aa）
Chain C4 1–341（341 aa）
Chain G0 1–341（341 aa）
Chain G1 1–341（341 aa）
Chain G2 1–341（341 aa）
Chain G3 1–341（341 aa）
Chain G4 1–341（341 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen NITROGEN
Resolution 4.07 Å

This page presents structural evidence recorded in PDB/mmCIF.“No recorded non-water small molecule” does not prove that the experimental sample was ligand-free; experimental conditions belong to the PDB experiment, while ligands and copy counts are shown for each biological assembly.