当前蛋白身份：P03959
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5MRW Structure of the KdpFABC complex 提交 2016-12-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
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突变：Q116R | K POTASSIUM ION × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；20% (w/v) PEG3350, 0.5-1.0 M NaCl, 0.05 mM sodium citrate pH 5.5.
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 5MRW Structure of the KdpFABC complex 提交 2016-12-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–557（557 aa）
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突变：Q116R | K POTASSIUM ION × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；20% (w/v) PEG3350, 0.5-1.0 M NaCl, 0.05 mM sodium citrate pH 5.5.
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 5MRW Structure of the KdpFABC complex 提交 2016-12-27 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
1–557（557 aa）
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突变：Q116R | K POTASSIUM ION × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；20% (w/v) PEG3350, 0.5-1.0 M NaCl, 0.05 mM sodium citrate pH 5.5.
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 6HRA Cryo-EM structure of the KdpFABC complex in an E1 outward-facing state (state 1) 提交 2018-09-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.012% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6HRB Cryo-EM structure of the KdpFABC complex in an E2 inward-facing state (state 2) 提交 2018-09-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.012% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.00 Å |
| 7BGY Cryo-EM Structure of KdpFABC in E2Pi state with MgF4 提交 2021-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
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突变：Q116R | PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 1 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MF4 TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；A 10x stock solution of MgF4 was added to the protein mixture containing all other buffer components to produce final concentrations 1 mM MgCl2 and 10 mM NaF.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging.
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分辨率 2.90 Å |
| 7BH1 Cryo-EM Structure of KdpFABC in E1 state with K 提交 2021-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
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突变：Q116R | K POTASSIUM ION × 1 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging.
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分辨率 3.38 Å |
| 7BH2 Cryo-EM Structure of KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+ 提交 2021-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
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突变：Q116R | K POTASSIUM ION × 2 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；The beryllium fluoride in the buffer was added to the protein mixture containing all other buffer components in the form of a pre-incubated mixture, at a 1:10 volume, to produce the final concentrations 2.5 mM BeSO4 and 10 mM NaF.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging.
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分辨率 3.00 Å |
| 7LC3 CryoEM Structure of KdpFABC in E1-ATP state 提交 2021-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
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突变：Q116R | K POTASSIUM ION × 2 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；AMPPCP was added to the protein after size-exclusion chromatography and incubated 1 hr prior to freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 7LC6 Cryo-EM Structure of KdpFABC in E2-P state with BeF3 提交 2021-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
突变：Q116R | K POTASSIUM ION × 1 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；The beryllium fluoride in the buffer was added to the protein mixture containing all other buffer components in the form of a pre-incubated mixture with the final concentrations 2.5 mM BeSO4 and 10 mM NaF.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging.
|
分辨率 3.70 Å |
| 7ZRD Cryo-EM map of the WT KdpFABC complex in the E1-P tight conformation, stabilised with the inhibitor orthovanadate 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 9 CDL CARDIOLIPIN × 2 VO4 VANADATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7ZRE Cryo-EM map of the WT KdpFABC complex in the E1-P tight conformation, under turnover conditions 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 9 CDL CARDIOLIPIN × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ZRG Cryo-EM map of the WT KdpFABC complex in the E1_ATPearly conformation, under turnover conditions 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 7 CDL CARDIOLIPIN × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ZRH Cryo-EM structure of the KdpFABC complex in a nucleotide-free E1 conformation loaded with K+ 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 7 CDL CARDIOLIPIN × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ZRI Cryo-EM structure of the KdpFABC complex in a nucleotide-free E1 conformation loaded with K+ 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 7 CDL CARDIOLIPIN × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ZRJ Cryo-EM structure of the KdpFABC complex in a nucleotide-free E1 conformation loaded with K+ 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 7 CDL CARDIOLIPIN × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7ZRK Cryo-EM map of the WT KdpFABC complex in the E1-P_ADP conformation, under turnover conditions 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 12 CDL CARDIOLIPIN × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7ZRL Cryo-EM map of the unphosphorylated KdpFABC complex in the E2-P conformation, under turnover conditions 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ZRM Cryo-EM map of the unphosphorylated KdpFABC complex in the E1-P_ADP conformation, under turnover conditions 提交 2022-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 10 mM NaCl and 0.0125% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9OC4 High-resolution cryo-EM structure of KdpFABC in the E1P-ADP state in lipid nanodisc 提交 2025-04-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM Tris pH 7.4, 100 mM KCl, and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 9ZWK High-resolution cryo-EM structure of KdpFABC in the E1 state in lipid nanodisc 提交 2026-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 3 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM Tris pH 7.4, 100 mM KCl, and 0.5 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.34 Å |
| 9ZWL High-resolution cryo-EM structure of KdpFABC in the E1-ATP state in lipid nanodisc 提交 2026-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 3 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM Tris pH 7.4, 100 mM KCl, and 0.5 mM TCEP, 2mM MgCl2, 1mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.28 Å |
| 9ZWM High-resolution cryo-EM structure of KdpFABC in the E1P state in lipid nanodisc 提交 2026-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 3 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM Tris pH 7.4, 100 mM KCl, and 0.5 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.25 Å |
| 9ZWN High-resolution cryo-EM structure of KdpFABC in the E2P state in lipid nanodisc 提交 2026-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 3 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM Tris pH 7.4, 100 mM KCl, and 0.5 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 9ZWO High-resolution cryo-EM structure of KdpFABC in the E2 state in lipid nanodisc 提交 2026-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–557（557 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM Tris pH 7.4, 100 mM KCl, and 0.5 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |