当前蛋白身份：P04525
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CZD CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROCESSIVITY CLAMP GP45 FROM BACTERIOPHAGE T4 提交 1999-09-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–228（228 aa）
链 B
1–228（228 aa）
链 C
1–228（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；60 mM PIPES 200 mM CASO4 0.1 % 1,4 Dioxane 15% Glycerol 15% PEG MME 5000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.259 |
| 3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–228（228 aa）
链 G
1–228（228 aa）
链 H
1–228（228 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.279 |
| 3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–228（228 aa）
链 Q
1–228（228 aa）
链 R
1–228（228 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.279 |
| 3U60 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, DNA and ATP Analog 提交 2011-10-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–228（228 aa）
链 G
1–228（228 aa）
链 H
1–228（228 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
|
分辨率 3.34 Å R-free 0.282 |
| 3U61 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp, DNA and ATP Analog and ADP 提交 2011-10-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–228（228 aa）
链 G
1–228（228 aa）
链 H
1–228（228 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.305 |
| 6DRT Crystal structure of the processivity clamp GP45 complexed with recognition peptide of ligase from bacteriophage T4 提交 2018-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–228（228 aa）
链 B
1–228（228 aa）
链 C
1–228（228 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG3350
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.240 |
| 7D7D CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex 提交 2020-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–228（228 aa）
链 H
1–228（228 aa）
链 I
1–228（228 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8UH7 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–228（228 aa）
链 G
1–228（228 aa）
链 H
1–228（228 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.244 |
| 8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–228（228 aa）
链 G
1–228（228 aa）
链 H
1–228（228 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.265 |
| 8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–228（228 aa）
链 S
1–228（228 aa）
链 T
1–228（228 aa）
|
未记录 | AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.265 |
| 8UNF Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA 提交 2023-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–228（228 aa）
链 G
1–228（228 aa）
链 H
1–228（228 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 8UNH Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp 提交 2023-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 F
1–228（228 aa）
链 G
1–228（228 aa）
链 H
1–228（228 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 9E5Y T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 1 提交 2024-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–228（228 aa）
链 D
1–228（228 aa）
链 E
1–228（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.57 Å |
| 9EA2 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 2 提交 2024-11-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–228（228 aa）
链 D
1–228（228 aa）
链 E
1–228（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9EA3 T4 bacteriophage replicative holoenzyme containing triple mutations D75R, Q430E, and K432E in the exonuclease-deficient polymerase 提交 2024-11-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–228（228 aa）
链 D
1–228（228 aa）
链 E
1–228（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.99 Å |
| 9EA6 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 3 提交 2024-11-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–228（228 aa）
链 D
1–228（228 aa）
链 E
1–228（228 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.74 Å |