当前蛋白身份：P04925
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AG2 PRION PROTEIN DOMAIN PRP(121-231) FROM MOUSE, NMR, 2 MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-03-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
123–225（103 aa）
片段：DOMAIN 121 - 231
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；293 K
|
分辨率未提供 |
| 1XYX mouse prion protein fragment 121-231 提交 2004-11-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–231（112 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成
1mM mPrP(121-231) U-15N,13C; 10mM acetate | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1Y15 Mouse Prion Protein with mutation N174T 提交 2004-11-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–231（112 aa）
片段：C-terminal domain
|
突变：N174T | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成
1mM mPrP(121-231) U-15N,13C; 10mM acetate | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1Y16 mouse prion protein with mutations S170N and N174T 提交 2004-11-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–231（112 aa）
片段：C-terminal domain
|
突变：S170N, N174T | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成
1mM mprp(121-213) S170N,N174T U-15N,13C;10mM acetate | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2K5O Mouse Prion Protein (121-231) with Mutation S170N 提交 2008-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–231（112 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；298.2 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成
0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Prion Protein, 10% D2O, 90% H2O, 10mM [U-2H] sodium acetate, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KFM Mouse Prion Protein (121-231) with Mutations Y225A and Y226A 提交 2009-02-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–231（112 aa）
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突变：Y225A,Y226A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；293.1 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM [U-100% 2H] sodium acetate-1, 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KFO Mouse Prion Protein (121-231) with Mutation V166A 提交 2009-02-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–231（112 aa）
|
突变：V166A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；293.1 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成
1.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 10 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KU5 Mouse Prion Protein (121-231) with mutation D167S 提交 2010-02-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–231（112 aa）
片段：UNP residues 119-231
|
突变：D167S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 10；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM [U-2H] sodium acetate-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KU6 Mouse Prion Protein (121-231) with mutations D167S and N173K 提交 2010-02-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–231（112 aa）
片段：UNP residues 119-231
|
突变：D167S, N173K | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 10；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM [U-2H] sodium acetate-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3NVG MIHFGN segment 137-142 from mouse prion 提交 2010-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
137–142（6 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.205 |
| 3NVH MIHFGND segment 137-143 from mouse prion 提交 2010-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
137–143（7 aa）
|
未记录 | TFA trifluoroacetic acid × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100mM HEPES ph 7.0, 10% PEG 1200, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.197 |
| 4H88 Structure of POM1 FAB fragment complexed with mouse PrPc Fragment 120-230 提交 2012-09-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
120–230（111 aa）
片段：C-TERM FRAGMENT
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M lithium sulphate
, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.234 |
| 4J8R Structure of an octapeptide repeat of the prion protein bound to the POM2 Fab antibody fragment 提交 2013-02-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
67–82（16 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；28% PEG 1000, 0.1M HEPES, 0.2M Calcium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.257 |
| 4J8R Structure of an octapeptide repeat of the prion protein bound to the POM2 Fab antibody fragment 提交 2013-02-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
67–82（16 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；28% PEG 1000, 0.1M HEPES, 0.2M Calcium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.257 |
| 4MA7 Crystal structure of mouse prion protein complexed with Promazine 提交 2013-08-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
116–229（114 aa）
片段：UNP residues 116-229
|
未记录 | P2Z Promazine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.247 |
| 4MA8 Crystal structure of mouse prion protein complexed with Chlorpromazine 提交 2013-08-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
116–229（114 aa）
片段：UNP residues 116-229
|
未记录 | Z80 3-(2-chloro-10H-phenothiazin-10-yl)-N,N-dimethylpropan-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.236 |
| 6AQ7 Structure of POM6 FAB fragment complexed with mouse PrPc 提交 2017-08-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
127–225（99 aa）
片段：UNP residues 127-225
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 TCE 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M Sodium malonate pH 7.0, 12% PEG8000 along with 5mM TCEP, 5mM Praseodymium acetate and ethanol
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.230 |
| 6HER Mouse prion protein in complex with Nanobody 484 提交 2018-08-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
117–226（110 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris pH 8, 1.5 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.195 |
| 6HHD Mouse Prion Protein in complex with Nanobody 484 提交 2018-08-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
118–225（108 aa）
链 C
118–224（107 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.0, 15% w/v PEG 40000.
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.245 |
| 7QIG Infectious mouse-adapted RML scrapie prion fibril purified from terminally-infected mouse brains 提交 2021-12-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
94–225（132 aa）
链 B
94–225（132 aa）
链 C
94–225（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7RVD Segment from the mouse/cow prion protein 168-176 QYSNQNNFV 提交 2021-08-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
167–175（9 aa）
片段：UNP residues 167-175
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.5 M zinc acetate, 15% ethanol, 0.2 M MES, pH 6
|
分辨率 1.00 Å R-free 0.250 |
| 7TD6 aRML prion fibril 提交 2021-12-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 1
1–254（254 aa）
链 A
1–254（254 aa）
链 B
1–254（254 aa）
链 C
1–254（254 aa）
链 D
1–254（254 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8A00 Infectious mouse-adapted ME7 scrapie prion fibril purified from terminally-infected mouse brains 提交 2022-05-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
94–229（136 aa）
链 B
94–229（136 aa）
链 C
94–229（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8DJA Cryo-EM structure of mouse PrP23-144 amyloid fibrils (polymorph 1) 提交 2022-06-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
23–143（121 aa）
链 B
23–143（121 aa）
链 C
23–143（121 aa）
链 D
23–143（121 aa）
链 E
23–143（121 aa）
链 F
23–143（121 aa）
链 G
23–143（121 aa）
链 H
23–143（121 aa）
链 I
23–143（121 aa）
链 J
23–143（121 aa）
链 K
23–143（121 aa）
链 L
23–143（121 aa）
链 M
23–143（121 aa）
链 N
23–143（121 aa）
链 O
23–143（121 aa）
链 P
23–143（121 aa）
链 Q
23–143（121 aa）
链 R
23–143（121 aa）
链 S
23–143（121 aa）
链 T
23–143（121 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å |
| 8EFU a22L prion fibril 提交 2022-09-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–231（231 aa）
链 B
1–231（231 aa）
链 C
1–231（231 aa）
链 D
1–231（231 aa）
链 E
1–231（231 aa）
|
突变：S233Stop 突变：S233Stop 突变：S233Stop 突变：S233Stop 突变：S233Stop | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Sample suspended in 20 mM Tris pH 7.4, 100 mM containing 0.02% amphipol 8-35
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |