当前蛋白身份：P07273
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ENW ELONGATION FACTOR TFIIS DOMAIN II 提交 2000-03-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–240（110 aa）
片段：DOMAIN II (RESIDUES 131-240)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；270 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM TFIIS; 5mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
2 mM TFIIS; 5mM phosphate buffer; 99.996% D2O | 99.996% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1EO0 CONSERVED DOMAIN COMMON TO TRANSCRIPTION FACTORS TFIIS, ELONGIN A, CRSP70 提交 2000-03-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–77（77 aa）
片段：DOMAIN I
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；273 K；离子强度（mmCIF原始值）300 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM TFIIS1-111; 10 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10%D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1PQV RNA polymerase II-TFIIS complex 提交 2003-06-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 S
1–309（309 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium-ammonium tartrate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.80 Å |
| 1Y1V Refined RNA Polymerase II-TFIIS complex 提交 2004-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 S
131–309（179 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å R-free 0.294 |
| 1Y1Y RNA Polymerase II-TFIIS-DNA/RNA complex 提交 2004-11-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 S
131–309（179 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.00 Å |
| 3GTM Co-complex of Backtracked RNA polymerase II with TFIIS 提交 2009-03-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 S
147–306（160 aa）
片段：Transcription Factor IIS E291H mutation, UNP residues 147-309
|
突变：E291H | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.289 |
| 3PO3 Arrested RNA Polymerase II reactivation intermediate 提交 2010-11-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 S
132–309（178 aa）
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突变：D290A | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4-7% PEG6000, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM AMMONIUM ACETATE, 300mM SODIUM ACETATE, 5mM TCEP
, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.189 |
| 5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex 提交 2015-11-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 2
136–309（174 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC；pH 7.6；20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,
|
分辨率 6.00 Å |
| 7FAW Structure of LW domain from Yeast 提交 2021-07-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–73（73 aa）
片段：LW domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350
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分辨率 2.44 Å R-free 0.240 |
| 7FAW Structure of LW domain from Yeast 提交 2021-07-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–73（73 aa）
片段：LW domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.240 |
| 7FAW Structure of LW domain from Yeast 提交 2021-07-07 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–73（73 aa）
片段：LW domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.240 |
| 7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 S
1–309（309 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 S
1–309（309 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 AS
1–309（309 aa）
链 BS
1–309（309 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–309（309 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–309（309 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KOAc
5 mM DTT
2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |