当前蛋白身份：P0A6X3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1HK9 Crystal structure of the Hfq protein from Escherichia coli 提交 2003-03-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–72（72 aa）
片段：RESIDUES 1-72
链 B
1–72（72 aa）
片段：RESIDUES 1-72
链 C
1–72（72 aa）
片段：RESIDUES 1-72
链 D
1–72（72 aa）
片段：RESIDUES 1-72
链 E
1–72（72 aa）
片段：RESIDUES 1-72
链 F
1–72（72 aa）
片段：RESIDUES 1-72
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 25% PEG 4000, 0.2 M NH4-ACETATE AND 0.2 M NA-ACETATE PH 4.6. CRYSTALLIZATION WERE CARRIED OUT AT 20C.
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.262 |
| 2Y90 Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P6 space group) 提交 2011-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL HANGING DROPS AT 20C. THE RESERVOIR CONTAINED 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0.
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.226 |
| 2YHT Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group) 提交 2011-05-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 B
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 C
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 D
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 E
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 F
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.229 |
| 2YHT Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group) 提交 2011-05-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 H
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 I
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 J
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 K
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
链 L
1–72（72 aa）
片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.229 |
| 3GIB Crystal Structure of the Complex of the E. coli Hfq with Poly(A) 提交 2009-03-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–69（68 aa）
片段：N-terminal fragment (2-69)
链 B
2–69（68 aa）
片段：N-terminal fragment (2-69)
链 C
2–69（68 aa）
片段：N-terminal fragment (2-69)
|
未记录 | NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.5；298 K；40% MPD, 0.1 M CHES 9.5, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 3QHS Crystal structure of full-length Hfq from Escherichia coli 提交 2011-01-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–102（102 aa）
链 B
1–102（102 aa）
链 C
1–102（102 aa）
链 D
1–102（102 aa）
链 E
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；30% v/v PEG 550 MME, 0.05M calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 3QHS Crystal structure of full-length Hfq from Escherichia coli 提交 2011-01-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–102（102 aa）
链 H
1–102（102 aa）
链 I
1–102（102 aa）
链 J
1–102（102 aa）
链 K
1–102（102 aa）
链 L
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；30% v/v PEG 550 MME, 0.05M calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 3QO3 Crystal structure of Escherichia coli Hfq, in complex with ATP 提交 2011-02-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–65（65 aa）
片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 B
1–65（65 aa）
片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 C
1–65（65 aa）
片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 D
1–65（65 aa）
片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 E
1–65（65 aa）
片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
链 F
1–65（65 aa）
片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M Hepes, 10% (W/V) PEG 8000, 8% (V/V) Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.257 |
| 3VU3 Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex 提交 2012-06-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 C
1–102（102 aa）
链 D
1–102（102 aa）
链 E
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
链 G
1–102（102 aa）
链 H
1–102（102 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；0.1M Tris-HCl, 0.18M NaCl, 10% PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.246 |
| 4JRI Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Edge Mutant 提交 2013-03-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–69（68 aa）
片段：UNP residues 2-69
链 B
2–69（68 aa）
片段：UNP residues 2-69
|
突变：F39W 突变：F39W | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.83 Å R-free 0.257 |
| 4JRI Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Edge Mutant 提交 2013-03-21 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
2–69（68 aa）
片段：UNP residues 2-69
链 D
2–69（68 aa）
片段：UNP residues 2-69
|
突变：F39W 突变：F39W | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.83 Å R-free 0.257 |
| 4JRK Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Surface Mutant 提交 2013-03-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–69（68 aa）
片段：UNP residues 2-69
链 B
2–69（68 aa）
片段：UNP residues 2-69
链 C
2–69（68 aa）
片段：UNP residues 2-69
|
突变：F11W 突变：F11W 突变：F11W | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.89 Å R-free 0.216 |
| 4JUV Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Distal Face 1 Mutant 提交 2013-03-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–69（68 aa）
链 B
2–69（68 aa）
链 C
2–69（68 aa）
链 D
2–69（68 aa）
链 E
2–69（68 aa）
链 F
2–69（68 aa）
|
突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.19 Å |
| 4RCB Crystal structure of E Coli Hfq 提交 2014-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
5–71（67 aa）
片段：UNP RESIDUES 5-71
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；0.5M Lithium chloride, 1.6M Ammonium sulfate
, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.248 |
| 4RCC Crystal structure of E Coli Hfq 提交 2014-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
5–71（67 aa）
片段：UNP RESIDUES 5-71
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；0.1M TRIS.HCl pH 8.5, 1.5M Ammonium sulfate, 15 %(w/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.213 |
| 4V2S Crystal structure of Hfq in complex with the sRNA RydC 提交 2014-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–102（102 aa）
链 B
1–102（102 aa）
链 C
1–102（102 aa）
链 D
1–102（102 aa）
链 E
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.5), 15% ISOPROPANOL
|
分辨率 3.48 Å R-free 0.282 |
| 9GU5 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-09-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–102（102 aa）
链 B
1–102（102 aa）
链 C
1–102（102 aa）
链 D
1–102（102 aa）
链 E
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22.5 %v/v PEGSB, 0.2 M LiSO4, 0.05 M Zn Acet, 0.1 M BIS-TRIS
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.387 |
| 9GU5 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-09-18 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–102（102 aa）
链 H
1–102（102 aa）
链 I
1–102（102 aa）
链 J
1–102（102 aa）
链 K
1–102（102 aa）
链 L
1–102（102 aa）
|
突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22.5 %v/v PEGSB, 0.2 M LiSO4, 0.05 M Zn Acet, 0.1 M BIS-TRIS
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.387 |
| 9H45 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-10-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–102（102 aa）
链 B
1–102（102 aa）
链 C
1–102（102 aa）
链 D
1–102（102 aa）
链 E
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；15 %v/v PEGSH 0.15 M NH4 Acet 0.1 M Na3 Cit
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.323 |