当前蛋白身份：P0A988
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
|
突变：I272A, L273A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.308 |
| 1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–366（366 aa）
|
突变：I272A, L273A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.308 |
| 1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
突变：I272A, L273A 突变：I272A, L273A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.308 |
| 1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
|
突变：I272A, L273A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.308 |
| 1JQJ Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex 提交 2001-08-07 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–366（366 aa）
|
突变：I272A, L273A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；TRIS, Ammonium phosphate, dithiothreitol, ammonium tartartate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.308 |
| 1JQL Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of beta-delta (1-140) 提交 2001-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
|
突变：I272A, L273A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；TRIS-HCL, polyethylene glycol 4000, MgCl2, dithiothreitol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.294 |
| 1MMI E. COLI DNA POLYMERASE BETA SUBUNIT 提交 2002-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100 mM Na/H MES, 50 to 60 mM CaCl2, 30% v/v PEG 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.245 |
| 2POL THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE BETA SUBUNIT OF ESCHERICHIA COLI DNA POLYMERASE III HOLOENZYME: A SLIDING DNA CLAMP 提交 1992-11-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å |
| 2XUR The G157C mutation in the Escherichia coli sliding clamp specifically affects initiation of replication 提交 2010-10-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
突变：YES 突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.252 |
| 3BEP Structure of a sliding clamp on DNA 提交 2007-11-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 5CY 1-(3-hydroxypropyl)-2-{(1E,3E,5E)-5-[1-(3-hydroxypropyl)-3,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene]penta-1,3-dien-1-y l}-3,3-dimethyl-3H-indolium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.9；298 K；26% PEG 400, 75mM MES (pH 5.9), 75mM CaCl2, 5% glycerol, 0.5% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.268 |
| 3D1E Crystal structure of E. coli sliding clamp (beta) bound to a polymerase II peptide 提交 2008-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；295 K；27.5% PEG400, 100 mM MES pH 6.2, 100 mM calcium chloride and 1% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.261 |
| 3D1F Crystal structure of E. coli sliding clamp (beta) bound to a polymerase III peptide 提交 2008-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 323 2-[3,6-bis(dimethylamino)xanthen-9-yl]-5-methanoyl-benzoate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；295 K；27.5% PEG400, 100 mM MES pH 6.2, 100 mM calcium chloride and 1% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.255 |
| 3D1G Structure of a small molecule inhibitor bound to a DNA sliding clamp 提交 2008-05-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 322 [(5R)-5-(2,3-dibromo-5-ethoxy-4-hydroxybenzyl)-4-oxo-2-thioxo-1,3-thiazolidin-3-yl]acetic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；295 K；25% PEG400, 100 mM MES pH 6.1, 100 mM calcium chloride, and 3% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.296 |
| 3F1V E. coli Beta Sliding Clamp, 148-153 Ala Mutant 提交 2008-10-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
突变：H148A, Q149A, D150A, V151A, R152A 突变：H148A, Q149A, D150A, V151A, R152A | CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；reservior: 13% isopropanol, 100 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.282 |
| 3PWE Crystal structure of the E. coli beta clamp mutant R103C, I305C, C260S, C333S at 2.2A resolution 提交 2010-12-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
突变：R103C, I305C, C260S, C333S 突变：R103C, I305C, C260S, C333S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；296 K；100 mM MES pH 6.0, 125 mM calcium chloride, 30% PEG 400 added in a 1:1 ratio to 1.8 mg/mL protein solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.245 |
| 3Q4J Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–366（366 aa）
链 D
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.254 |
| 3Q4J Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–366（366 aa）
链 F
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.254 |
| 3Q4J Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.254 |
| 3Q4K Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400
+ 0.2% agarose in drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.294 |
| 3Q4L Structure of a small peptide ligand bound to E.coli DNA sliding clamp 提交 2010-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M MES PH 6.0, 0.1M CaCl2, 30% PEG 400, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.232 |
| 3QSB Structure of E. coli polIIIbeta with (Z)-5-(1-((4'-Fluorobiphenyl-4-yl)methoxyimino)butyl)-2,2-dimethyl-4,6-dioxocyclohexanecarbonitrile 提交 2011-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 743 (1R,5R)-5-{(1Z)-N-[(4'-fluorobiphenyl-4-yl)methoxy]butanimidoyl}-2,2-dimethyl-4,6-dioxocyclohexanecarbonitrile × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM Na MES pH 6.0, 50-60mM CaCl2, 30%(v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.317 |
| 4K3K E. Coli sliding clamp in complex with (S)-2-(4-methylpentanamido)-3-phenylpropanoic acid 提交 2013-04-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SFK N-(4-methylpentanoyl)-L-phenylalanine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.230 |
| 4K3L E. coli sliding clamp in complex with AcLF dipeptide 提交 2013-04-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | LEU LEUCINE × 2 PHE PHENYLALANINE × 2 CA CALCIUM ION × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 ACE ACETYL GROUP × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.255 |
| 4K3M E.coli sliding clamp in complex with AcALDLF peptide 提交 2013-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CA CALCIUM ION × 7 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.258 |
| 4K3O E. coli sliding clamp in complex with AcQADLF 提交 2013-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 CA CALCIUM ION × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 4K3P E. coli sliding clamp in complex with AcQLALF 提交 2013-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.273 |
| 4K3Q E. coli sliding clamp in complex with AcQLDAF 提交 2013-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 CA CALCIUM ION × 7 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.242 |
| 4K3R E. coli sliding clamp in complex with AcQLDLA 提交 2013-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CA CALCIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.264 |
| 4K3S E. coli sliding clamp in P1 crystal space group 提交 2013-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 P4C O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.229 |
| 4MJP E. coli sliding clamp in complex with (R)-Vedaprofen 提交 2013-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 27O (2R)-2-(4-cyclohexylnaphthalen-1-yl)propanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 4MJQ E. coli sliding clamp in complex with Bromfenac 提交 2013-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 27R [2-amino-3-(4-bromobenzoyl)phenyl]acetic acid × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.218 |
| 4MJR E. coli sliding clamp in complex with (S)-Carprofen 提交 2013-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 CL CHLORIDE ION × 3 0LA (2S)-2-(6-chloro-9H-carbazol-2-yl)propanoic acid × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.225 |
| 4N94 E. coli sliding clamp in complex with 3,4-difluorobenzamide 提交 2013-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 2HO 3,4-difluorobenzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.293 |
| 4N95 E. coli sliding clamp in complex with 5-chloroindoline-2,3-dione 提交 2013-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 2HQ 5-chloro-1H-indole-2,3-dione × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.224 |
| 4N96 E. coli sliding clamp in complex with 6-nitroindazole 提交 2013-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 6NI 6-NITROINDAZOLE × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.275 |
| 4N97 E. coli sliding clamp in complex with 5-nitroindole 提交 2013-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 2HU 5-nitro-1H-indole × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.306 |
| 4N98 E. coli sliding clamp in complex with 4'-fluorobiphenyl-4-carboxylic acid 提交 2013-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 4FC 4'-FLUORO-1,1'-BIPHENYL-4-CARBOXYLIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.296 |
| 4N99 E. coli sliding clamp in complex with 6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-7-carboxylic acid 提交 2013-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 2J1 6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-7-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 19 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 10 CA CALCIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.338 |
| 4N9A E. coli sliding clamp in complex with (R)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1-carboxylic acid 提交 2013-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 2J2 (1R)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.261 |
| 5FKU cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–366（366 aa）
链 C
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 8.34 Å |
| 5FKV cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–366（366 aa）
链 C
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 8.04 Å |
| 5FKW cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–366（366 aa）
链 C
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 5M1S Cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase-clamp-exonuclase-theta complex bound to DNA in the editing mode 提交 2016-10-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–366（366 aa）
链 C
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Prior to sample preparation 0.1 volumes of 0.05% Tween 20 were added to the sample 3 microliters were pipetted onto the grid and blotted for 4 seconds
|
分辨率 6.70 Å |
| 6E8E Crystal structure of the Escherichia coli sliding clamp-MutL complex. 提交 2018-07-28 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 2 M ammonium sulfate.
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.225 |
| 6FVL DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with bound P7 peptide 提交 2018-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 11 GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；MES 50mM pH 6, CaCl2 50mM PEG400 30% (1 microliter) + Hampton Research PEG Ion kit E6 (1 microliter): 0.2M sodium malonate pH6, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.233 |
| 6FVL DNA polymerase sliding clamp from Escherichia coli with bound P7 peptide 提交 2018-03-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–366（366 aa）
链 D
1–366（366 aa）
|
未记录 | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 6 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；MES 50mM pH 6, CaCl2 50mM PEG400 30% (1 microliter) + Hampton Research PEG Ion kit E6 (1 microliter): 0.2M sodium malonate pH6, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.233 |
| 8CIX DNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in complex with Griselimycin. 提交 2023-02-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 14 ACT ACETATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；293 K；0.36 M CaCl2
0.13 M MgCl2
0.24 M Na Acetate
8.3 % (v/v) Glycerol
12.2 % (w/v) PEG 3350
0.1 M HEPES/NaOH
7.7
Cryoprotection: 10 % (v/v) (2R,3R)-2,3-butanediol.
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.205 |
| 8CIY DNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in complex with Cyclohexyl-Griselimycin. 提交 2023-02-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；293 K；0.64 M CaCl2
0.5 M Li Acetate
9.4 % (w/v) PEG 8000
0.1 M HEPES/NaOH
7.7
Cryoprotection: 10 % (v/v) (2R,3R)-2,3-butanediol
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.200 |
| 8CIZ DNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in complex with Mycoplanecin A. 提交 2023-02-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–366（366 aa）
链 B
1–366（366 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.2 M CaCl2
0.15 M MgCl2
8.75 % (v/v) Glycerol
17.5 % (w/v) PEG 3350
0.1 M Tris/HCl pH 9.0
Cryoprotection: 10 % (v/v) (2R,3R)-2,3-butanediol.
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.237 |
| 8GIY E. coli clamp loader with closed clamp 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 H
1–366（366 aa）
链 I
1–366（366 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8GIZ E. coli clamp loader with open clamp 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 H
1–366（366 aa）
链 I
1–366（366 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30 mM Na.HEPES pH 7.5, 3 mM MgCl2, 2 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol, 1 mM ATPgammaS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8GJ0 E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 1) 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–366（366 aa）
链 I
1–366（366 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 2.90 Å |
| 8GJ1 E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 2) 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–366（366 aa）
链 I
1–366（366 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 3.00 Å |
| 8GJ2 E. coli clamp loader with closed clamp on primed template DNA 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–366（366 aa）
链 I
1–366（366 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane.
|
分辨率 2.60 Å |
| 8VAL Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-DNAp/t conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–366（366 aa）
链 G
1–366（366 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8VAM Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Semi-Open conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–366（366 aa）
链 G
1–366（366 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8VAP Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Fully-Open conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–366（366 aa）
链 G
1–366（366 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VAQ Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Closed-DNA1 conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–366（366 aa）
链 G
1–366（366 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8VAR Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Closed-DNA2 conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–366（366 aa）
链 G
1–366（366 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8VAS Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in an Altered-Collar conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–366（366 aa）
链 G
1–366（366 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8VAT Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-RNAp/t conformation 提交 2023-12-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–366（366 aa）
链 G
1–366（366 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |