当前蛋白身份：P0DTC9
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26UI Dimeric C-terminal domain of Nucleocapsid protein of SARS-CoV-2. 提交 2026-05-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
254–364（111 aa）
链 B
254–364（111 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294 K；0.2M ammonium chloride, 0.1M sodium acetate pH 5, 20% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.218 |
| 6M3M Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal RNA binding domain 提交 2020-03-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；20 mM sodium acetate, 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), 26 % PEG 8000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.293 |
| 6M3M Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal RNA binding domain 提交 2020-03-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；20 mM sodium acetate, 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), 26 % PEG 8000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.293 |
| 6M3M Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal RNA binding domain 提交 2020-03-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；20 mM sodium acetate, 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), 26 % PEG 8000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.293 |
| 6M3M Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal RNA binding domain 提交 2020-03-04 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；20 mM sodium acetate, 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), 26 % PEG 8000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.293 |
| 6VYO Crystal structure of RNA binding domain of nucleocapsid phosphoprotein from SARS coronavirus 2 提交 2020-02-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
47–173（127 aa）
片段：RNA binding domain
链 B
47–173（127 aa）
片段：RNA binding domain
链 C
47–173（127 aa）
片段：RNA binding domain
链 D
47–173（127 aa）
片段：RNA binding domain
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；20.0% PEG6000, 0.1M MES, 10.0 mM Zinc chloride
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.205 |
| 6WJI 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of C-terminal Dimerization Domain of Nucleocapsid Phosphoprotein from SARS-CoV-2 提交 2020-04-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
257–364（108 aa）
片段：C-terminal dimerization domain (UNP residues 257-364)
链 B
257–364（108 aa）
片段：C-terminal dimerization domain (UNP residues 257-364)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；20.0 mg/mL protein in 0.1 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3 against Classics II screen D8 (0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG3350)
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.228 |
| 6WJI 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of C-terminal Dimerization Domain of Nucleocapsid Phosphoprotein from SARS-CoV-2 提交 2020-04-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
257–364（108 aa）
片段：C-terminal dimerization domain (UNP residues 257-364)
链 D
257–364（108 aa）
片段：C-terminal dimerization domain (UNP residues 257-364)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；20.0 mg/mL protein in 0.1 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3 against Classics II screen D8 (0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG3350)
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.228 |
| 6WJI 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of C-terminal Dimerization Domain of Nucleocapsid Phosphoprotein from SARS-CoV-2 提交 2020-04-13 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
257–364（108 aa）
片段：C-terminal dimerization domain (UNP residues 257-364)
链 F
257–364（108 aa）
片段：C-terminal dimerization domain (UNP residues 257-364)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；20.0 mg/mL protein in 0.1 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3 against Classics II screen D8 (0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG3350)
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.228 |
| 6WKP Crystal structure of RNA-binding domain of nucleocapsid phosphoprotein from SARS CoV-2, monoclinic crystal form 提交 2020-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
47–173（127 aa）
片段：RNA-binding domain (UNP residues 47-173)
链 B
47–173（127 aa）
片段：RNA-binding domain (UNP residues 47-173)
链 C
47–173（127 aa）
片段：RNA-binding domain (UNP residues 47-173)
链 D
47–173（127 aa）
片段：RNA-binding domain (UNP residues 47-173)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MES, 30% PEG4000
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.248 |
| 6WZO Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P1 form 提交 2020-05-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–364（118 aa）
链 B
247–364（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Sodium acetate pH 4.5, 50 mM Sodium/potassium tartrate, and 34% polyethylene glycol PEG 3350
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.173 |
| 6WZO Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P1 form 提交 2020-05-14 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
247–364（118 aa）
链 D
247–364（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Sodium acetate pH 4.5, 50 mM Sodium/potassium tartrate, and 34% polyethylene glycol PEG 3350
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.173 |
| 6WZQ Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P21 form 提交 2020-05-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–364（118 aa）
链 B
247–364（118 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 50 mM Ammonium Sulfate, and 38% polyethylene glycol (PEG) 3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.180 |
| 6WZQ Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P21 form 提交 2020-05-14 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
247–364（118 aa）
链 D
247–364（118 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 50 mM Ammonium Sulfate, and 38% polyethylene glycol (PEG) 3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.180 |
| 6YI3 The N-terminal RNA-binding domain of the SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
44–180（137 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] N-NTD, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6YUN 1.45 Angstrom Resolution Crystal Structure of C-terminal Dimerization Domain of Nucleocapsid Phosphoprotein from SARS-CoV-2 提交 2020-04-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
249–364（116 aa）
链 B
249–364（116 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；277 K；31% PEG 4K
0.2 M Lithium sulfate
50 mM Tris pH 7.8
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.189 |
| 6ZCO Crystal Structure of C-terminal Dimerization Domain of Nucleocapsid Phosphoprotein from SARS-CoV-2, crystal form II 提交 2020-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–364（118 aa）
片段：Dimerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；277 K；tba
|
分辨率 1.36 Å R-free 0.196 |
| 7ACS The SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein N-terminal domain in complex with 7mer dsRNA 提交 2020-09-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
44–180（137 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1
NMR样品组成
100 uM [U-13C; U-15N] N-NTD, 100 uM RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*UP*GP*AP*C)-3'), 100 uM RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*AP*GP*UP*G)-3'), 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7ACT The SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein N-terminal domain in complex with 10mer ssRNA 提交 2020-09-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
44–180（137 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 1
NMR样品组成
100 uM [U-13C; U-15N] N-NTD, 100 uM ssRNA, 100 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7C22 Crystal structure of the C-terminal domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein 提交 2020-05-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
248–364（117 aa）
链 B
248–364（117 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium acetate,
0.1M Sodium acetate pH 4.6,
30% PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.238 |
| 7C22 Crystal structure of the C-terminal domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein 提交 2020-05-07 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
248–364（117 aa）
链 D
248–364（117 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium acetate,
0.1M Sodium acetate pH 4.6,
30% PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.238 |
| 7CDZ Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein 提交 2020-06-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
44–174（131 aa）
片段：NTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M SPG, pH6.0, 25 % w/v PEG 1500
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.227 |
| 7CDZ Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein 提交 2020-06-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
44–174（131 aa）
片段：NTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M SPG, pH6.0, 25 % w/v PEG 1500
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.227 |
| 7CDZ Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein 提交 2020-06-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
44–174（131 aa）
片段：NTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M SPG, pH6.0, 25 % w/v PEG 1500
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.227 |
| 7CDZ Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein 提交 2020-06-21 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
44–174（131 aa）
片段：NTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M SPG, pH6.0, 25 % w/v PEG 1500
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.227 |
| 7CE0 Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid C-terminal domain (CTD) protein 提交 2020-06-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
255–364（110 aa）
片段：CTD
链 D
255–364（110 aa）
片段：CTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；4M Potassium formate, 0.1M BIS-TRIS propane, pH 9.0, 2% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.190 |
| 7CE0 Crystal structure of 2019-nCoV nucleocapsid C-terminal domain (CTD) protein 提交 2020-06-21 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
255–364（110 aa）
片段：CTD
链 C
255–364（110 aa）
片段：CTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；4M Potassium formate, 0.1M BIS-TRIS propane, pH 9.0, 2% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.190 |
| 7CR5 Complex structure of a human monoclonal antibody with SARS-CoV-2 nucleocapsid protein NTD 提交 2020-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；289.15 K；0.01M Calcium chloride dihydrate, 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate (pH 7.2) ,1.675M Ammonium sulfate, 0.5mM spermine
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.222 |
| 7DE1 Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal RNA binding domain 提交 2020-11-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
250–364（115 aa）
片段：C-terminal RNA binding domain
链 B
250–364（115 aa）
片段：C-terminal RNA binding domain
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.3；289.15 K；100 mM CHES (pH 9.3) , 40% PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 7F2B Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal RNA binding domain at 2.0A resolution 提交 2021-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
257–362（106 aa）
链 B
257–362（106 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1M potassium phosphate pH 6.2, 52% v/vPEG 200
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.213 |
| 7F2E SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain (dodecamer) 提交 2021-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
255–362（108 aa）
链 B
255–362（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M phosphate citrate pH 4.5, 40% PEG 300
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 7F2E SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain (dodecamer) 提交 2021-06-10 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
255–362（108 aa）
链 D
255–362（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M phosphate citrate pH 4.5, 40% PEG 300
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 7F2E SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain (dodecamer) 提交 2021-06-10 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
255–362（108 aa）
链 F
255–362（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M phosphate citrate pH 4.5, 40% PEG 300
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 7F2E SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain (dodecamer) 提交 2021-06-10 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
255–362（108 aa）
链 H
255–362（108 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M phosphate citrate pH 4.5, 40% PEG 300
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 7F2E SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain (dodecamer) 提交 2021-06-10 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
255–362（108 aa）
链 J
255–362（108 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M phosphate citrate pH 4.5, 40% PEG 300
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 7F2E SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain (dodecamer) 提交 2021-06-10 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
255–362（108 aa）
链 L
255–362（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M phosphate citrate pH 4.5, 40% PEG 300
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 7KGO Crystal Structure of HLA-A*0201in complex with SARS-CoV-2 N351-359 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
351–359（9 aa）
片段：residues 351-359
|
未记录 | 3NI NICKEL (III) ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 CD CADMIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20% PEG3350 w/v, 0.2 M NaFormate, 1 mM CdCl2
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.229 |
| 7KGP Crystal Structure of HLA-A*0201 in complex with SARS-CoV-2 N316-324 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
316–324（9 aa）
片段：residues 316-324
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% 3350, 0.2M NaFluoride, 1 mM CdCl2
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.203 |
| 7KGQ Crystal Structure of HLA-A*0201in complex with SARS-CoV-2 N222-230 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
222–230（9 aa）
片段：residues 222-230
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20% PEG3350, 0.2M KFormate, 1mM CaCl2
|
分辨率 1.34 Å R-free 0.198 |
| 7KGR Crystal Structure of HLA-A*0201in complex with SARS-CoV-2 N159-167 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
159–167（9 aa）
片段：residues 159-167
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20% PEG3350 w/v, 0.2 M NaFormate
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.221 |
| 7KGS Crystal Structure of HLA-A*0201 in complex with SARS-CoV-2 N138-146 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
138–146（9 aa）
片段：residues 138-146
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG3350 w/v, 0.2 M NaFormate, 1 mM CdCl2
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.197 |
| 7KGT Crystal Structure of HLA-A*0201 in complex with SARS-CoV-2 N226-234 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
226–234（9 aa）
片段：residues 226-234
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20% PEG3350 w/v, 0.2M KFormate, 1mM CdCl2
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.205 |
| 7LGD HLA-B*07:02 in complex with SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113 提交 2021-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
105–113（9 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2M Ammonium Sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.269 |
| 7LGD HLA-B*07:02 in complex with SARS-CoV-2 nucleocapsid peptide N105-113 提交 2021-01-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
105–113（9 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2M Ammonium Sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.269 |
| 7LUX AALALL segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 217-222, crystal form 2 提交 2021-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
217–222（6 aa）
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；298 K；polyethylene glycol 3000, CHES, pH 9.5
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.236 |
| 7LUZ GQTVTK segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 243-248 提交 2021-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
243–248（6 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, HEPES, pH 7.5, PEG 400
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.150 |
| 7LV2 GSQASS segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 179-184 提交 2021-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 A
179–184（6 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；sodium potassium tartrate, lithium sulfate, TRIS, pH 7.0
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.242 |
| 7N0I Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2 提交 2021-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
269–364（96 aa）
片段：C-terminal domain
链 B
269–364（96 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM TCEP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 7N0I Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2 提交 2021-05-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
269–364（96 aa）
片段：C-terminal domain
链 D
269–364（96 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM TCEP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 7N0I Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2 提交 2021-05-25 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
269–364（96 aa）
片段：C-terminal domain
链 F
269–364（96 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM TCEP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 7N0I Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2 提交 2021-05-25 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
269–364（96 aa）
片段：C-terminal domain
链 H
269–364（96 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM TCEP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 7N0R Structure of the SARS-CoV-2 N protein RNA-binding domain bound to single-domain antibody C2 提交 2021-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
49–174（126 aa）
片段：RNA-binding domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M LiSO4, and 20% PEG 4000
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.166 |
| 7N0R Structure of the SARS-CoV-2 N protein RNA-binding domain bound to single-domain antibody C2 提交 2021-05-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
49–174（126 aa）
片段：RNA-binding domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M LiSO4, and 20% PEG 4000
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.166 |
| 7N3C Crystal Structure of Human Fab S24-202 in the complex with the N-terminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2 提交 2021-05-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
47–173（127 aa）
片段：CoV N NTD domain, residues 47-173
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 IOD IODIDE ION × 12 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Potassium iodide, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.210 |
| 7N3D Crystal Structure of Human Fab S24-1564 in the complex with the N-terminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2 提交 2021-05-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
47–173（127 aa）
片段：CoV N NTD domain, residues 47-173
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 CL CHLORIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.190 |
| 7O05 Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD 提交 2021-03-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–364（118 aa）
链 C
247–364（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；0.1 M tri-Sodium citrate pH 4.5; 0.1 M bisTris pH 5.5; 25% PEG 3350
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.233 |
| 7O05 Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD 提交 2021-03-25 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
247–364（118 aa）
链 D
247–364（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；0.1 M tri-Sodium citrate pH 4.5; 0.1 M bisTris pH 5.5; 25% PEG 3350
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.233 |
| 7O35 Crystal Structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GTP (I) 提交 2021-04-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–364（118 aa）
链 B
247–364（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；294 K；30% PEG 3350
0.1 M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.203 |
| 7O35 Crystal Structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GTP (I) 提交 2021-04-01 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
247–364（118 aa）
链 D
247–364（118 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；294 K；30% PEG 3350
0.1 M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.203 |
| 7O36 Crystal Structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GTP (II) 提交 2021-04-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–364（118 aa）
链 B
247–364（118 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；294 K；30% PEG 3350 and 0.1 M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.241 |
| 7O36 Crystal Structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GTP (II) 提交 2021-04-01 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
247–364（118 aa）
链 D
247–364（118 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；294 K；30% PEG 3350 and 0.1 M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.241 |
| 7R98 Structure of the SARS-CoV-2 N protein RNA-binding domain bound to single-domain antibody B6 提交 2021-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
49–174（126 aa）
片段：RNA-binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.1 M sodium-potassium tartrate, and 19% PEG 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.273 |
| 7R98 Structure of the SARS-CoV-2 N protein RNA-binding domain bound to single-domain antibody B6 提交 2021-06-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
49–174（126 aa）
片段：RNA-binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.1 M sodium-potassium tartrate, and 19% PEG 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.273 |
| 7R98 Structure of the SARS-CoV-2 N protein RNA-binding domain bound to single-domain antibody B6 提交 2021-06-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
49–174（126 aa）
片段：RNA-binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.1 M sodium-potassium tartrate, and 19% PEG 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.273 |
| 7SD4 SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (N-NTD) protein 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
40–174（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 6.2；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
30 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] N-NTD, water | water
|
分辨率未提供 |
| 7STR Crystal Structure of Human Fab S24-1063 in the Complex with the N-teminal Domain of Nucleocapsid Protein from SARS CoV-2 提交 2021-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
47–173（127 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain, residues 47-173
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Bis Tris HCl pH 5.5, 25 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.202 |
| 7STS Crystal Structure of Human Fab S24-1379 in the Complex with the N-teminal Domain of Nucleocapsid Protein from SARS CoV-2 提交 2021-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
47–173（127 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain, residues 47-173
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2 M Calcium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.209 |
| 7STS Crystal Structure of Human Fab S24-1379 in the Complex with the N-teminal Domain of Nucleocapsid Protein from SARS CoV-2 提交 2021-11-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
47–173（127 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain, residues 47-173
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2 M Calcium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.209 |
| 7SUE Crystal Structure of Human Fab S24-188 in the complex with the N-teminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2 提交 2021-11-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
47–173（127 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain, residues 47-173
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5.6, 20 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) 2-propanol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.292 |
| 7SUE Crystal Structure of Human Fab S24-188 in the complex with the N-teminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2 提交 2021-11-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 K
47–173（127 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain, residues 47-173
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5.6, 20 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) 2-propanol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.292 |
| 7SUE Crystal Structure of Human Fab S24-188 in the complex with the N-teminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2 提交 2021-11-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
47–173（127 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain, residues 47-173
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5.6, 20 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) 2-propanol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.292 |
| 7SUE Crystal Structure of Human Fab S24-188 in the complex with the N-teminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2 提交 2021-11-17 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
47–173（127 aa）
片段：N-terminal RNA binding domain, residues 47-173
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5.6, 20 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) 2-propanol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.292 |
| 7UW3 Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein N-Terminal Domain 提交 2022-05-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
40–174（135 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 40-174)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；30% PEG4000, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.299 |
| 7UW3 Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein N-Terminal Domain 提交 2022-05-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
40–174（135 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 40-174)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；30% PEG4000, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.299 |
| 7UW3 Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein N-Terminal Domain 提交 2022-05-02 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
40–174（135 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 40-174)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；30% PEG4000, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.299 |
| 7UW3 Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein N-Terminal Domain 提交 2022-05-02 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
40–174（135 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 40-174)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；30% PEG4000, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.299 |
| 7UXX Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
251–364（114 aa）
链 CCC
251–364（114 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；100 mM Tris-HCl (pH 8.3), 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.207 |
| 7UXX Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain 提交 2022-05-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 BBB
251–364（114 aa）
链 DDD
251–364（114 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；100 mM Tris-HCl (pH 8.3), 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.207 |
| 7UXX Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain 提交 2022-05-06 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 EEE
251–364（114 aa）
链 FFF
251–364（114 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；100 mM Tris-HCl (pH 8.3), 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.207 |
| 7UXZ Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain complexed with Chicoric acid 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
251–364（114 aa）
链 BBB
251–364（114 aa）
|
未记录 | GKP (2R,3R)-2,3-bis{[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}butanedioic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；100 mM Tris -HCl (pH 8.3), 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.215 |
| 7UXZ Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain complexed with Chicoric acid 提交 2022-05-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 CCC
251–364（114 aa）
链 DDD
251–364（114 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；100 mM Tris -HCl (pH 8.3), 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.215 |
| 7UXZ Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein C-terminal domain complexed with Chicoric acid 提交 2022-05-06 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 EEE
251–364（114 aa）
链 FFF
251–364（114 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；100 mM Tris -HCl (pH 8.3), 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.215 |
| 7VBD Crystal structure of SARS-Cov-2 nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein,pH8.0 提交 2021-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
48–174（127 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；pH 8.0, 0.05M Tris,38% PEG 4000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.262 |
| 7VBD Crystal structure of SARS-Cov-2 nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein,pH8.0 提交 2021-08-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
48–174（127 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；pH 8.0, 0.05M Tris,38% PEG 4000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.262 |
| 7VBD Crystal structure of SARS-Cov-2 nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein,pH8.0 提交 2021-08-31 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
48–174（127 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；pH 8.0, 0.05M Tris,38% PEG 4000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.262 |
| 7VBD Crystal structure of SARS-Cov-2 nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein,pH8.0 提交 2021-08-31 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
48–174（127 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；pH 8.0, 0.05M Tris,38% PEG 4000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.262 |
| 7VBE 1.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, pH 5.0 提交 2021-08-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
257–364（108 aa）
片段：dimerization domain
链 B
257–364（108 aa）
片段：dimerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.226 |
| 7VBF 1.3 Angstrom Resolution Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, pH 8.5 提交 2021-08-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
255–364（110 aa）
片段：dimerization domain
链 B
255–364（110 aa）
片段：dimerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.204 |
| 7VNU Crystal structure of the N-terminal domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein 提交 2021-10-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
47–174（128 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium acetate trihydrate,, 0.1M sodium cacodylate pH 7.5,
4% PEG 8000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 7VNU Crystal structure of the N-terminal domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein 提交 2021-10-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
47–174（128 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium acetate trihydrate,, 0.1M sodium cacodylate pH 7.5,
4% PEG 8000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 7VNU Crystal structure of the N-terminal domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein 提交 2021-10-12 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
47–174（128 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium acetate trihydrate,, 0.1M sodium cacodylate pH 7.5,
4% PEG 8000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 7VNU Crystal structure of the N-terminal domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein 提交 2021-10-12 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
47–174（128 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium acetate trihydrate,, 0.1M sodium cacodylate pH 7.5,
4% PEG 8000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 7WZO Crystal structure of the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal domain in complex with Ubl1 提交 2022-02-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
47–174（128 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG 8000
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.247 |
| 7XWX Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD 提交 2022-05-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
269–367（99 aa）
片段：C-terminal domain
链 E
269–367（99 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4, Tris(base), Bicine, PEG MME500, PEG 20000, 1,8-ANS
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 7XWX Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD 提交 2022-05-27 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
269–367（99 aa）
片段：C-terminal domain
链 F
269–367（99 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4, Tris(base), Bicine, PEG MME500, PEG 20000, 1,8-ANS
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 7XWX Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD 提交 2022-05-27 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
269–367（99 aa）
片段：C-terminal domain
链 D
269–367（99 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4, Tris(base), Bicine, PEG MME500, PEG 20000, 1,8-ANS
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 7XWX Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD 提交 2022-05-27 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
269–367（99 aa）
片段：C-terminal domain
链 H
269–367（99 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4, Tris(base), Bicine, PEG MME500, PEG 20000, 1,8-ANS
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 7XWZ Crystal structure of SARS-CoV-2 N-NTD and dsRNA complex 提交 2022-05-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
48–172（125 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；Malonic Acid, Imidazole, Boric Acid, PEG 1500
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.269 |
| 7XWZ Crystal structure of SARS-CoV-2 N-NTD and dsRNA complex 提交 2022-05-27 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
48–172（125 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；Malonic Acid, Imidazole, Boric Acid, PEG 1500
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.269 |
| 7XX1 Crystal structure of SARS-CoV-2 N-NTD 提交 2022-05-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
49–173（125 aa）
片段：N-terminal domain
链 B
49–173（125 aa）
片段：N-terminal domain
链 C
49–173（125 aa）
片段：N-terminal domain
链 D
49–173（125 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；Zinc chloride, MES, PEG 6000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.258 |
| 7XXK Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GMP 提交 2022-05-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
248–364（117 aa）
片段：C-terminal domain
链 B
248–364（117 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | SCN THIOCYANATE ION × 1 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15 M potassium thiocyanate, 30% w/v PEG MME 2000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 7XXK Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GMP 提交 2022-05-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
248–364（117 aa）
片段：C-terminal domain
链 D
248–364（117 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 6 GUN GUANINE × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15 M potassium thiocyanate, 30% w/v PEG MME 2000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 7XXK Crystal structure of SARS-CoV-2 N-CTD in complex with GMP 提交 2022-05-30 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
248–364（117 aa）
片段：C-terminal domain
链 F
248–364（117 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 1 GMP GUANOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15 M potassium thiocyanate, 30% w/v PEG MME 2000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 7YLB Two monobodies recognizing the conserved epitopes of SARS-CoV-2 N antigen applicable to the broad COVID-19 diagnosis 提交 2022-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
247–364（118 aa）
片段：CTD
链 D
247–364（118 aa）
片段：CTD
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M K2SO4, 18% PEG 3350
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.326 |
| 7YLB Two monobodies recognizing the conserved epitopes of SARS-CoV-2 N antigen applicable to the broad COVID-19 diagnosis 提交 2022-07-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
247–364（118 aa）
片段：CTD
链 B
247–364（118 aa）
片段：CTD
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M K2SO4, 18% PEG 3350
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.326 |
| 7YLB Two monobodies recognizing the conserved epitopes of SARS-CoV-2 N antigen applicable to the broad COVID-19 diagnosis 提交 2022-07-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
247–364（118 aa）
片段：CTD
链 H
247–364（118 aa）
片段：CTD
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M K2SO4, 18% PEG 3350
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.326 |
| 7YLB Two monobodies recognizing the conserved epitopes of SARS-CoV-2 N antigen applicable to the broad COVID-19 diagnosis 提交 2022-07-26 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
247–364（118 aa）
片段：CTD
链 K
247–364（118 aa）
片段：CTD
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M K2SO4, 18% PEG 3350
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.326 |
| 7YLD Two monobodies recognizing the conserved epitopes of SARS-CoV-2 N antigen applicable to the broad COVID-19 diagnosis 提交 2022-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
47–174（128 aa）
片段：NTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M ZnSO4, 25% (v/v) MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.343 |
| 7YLD Two monobodies recognizing the conserved epitopes of SARS-CoV-2 N antigen applicable to the broad COVID-19 diagnosis 提交 2022-07-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
47–174（128 aa）
片段：NTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M ZnSO4, 25% (v/v) MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.343 |
| 7YLD Two monobodies recognizing the conserved epitopes of SARS-CoV-2 N antigen applicable to the broad COVID-19 diagnosis 提交 2022-07-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
47–174（128 aa）
片段：NTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M ZnSO4, 25% (v/v) MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.343 |
| 7YLD Two monobodies recognizing the conserved epitopes of SARS-CoV-2 N antigen applicable to the broad COVID-19 diagnosis 提交 2022-07-26 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
47–174（128 aa）
片段：NTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293.15 K；0.2M ZnSO4, 25% (v/v) MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.343 |
| 7ZIT 14-3-3 in complex with SARS-COV2 N phospho-peptide 提交 2022-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
194–200（7 aa）
链 D
194–200（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 BEZ BENZOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；9 0.2 M Sodium acetate
0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5
30% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.205 |
| 8DNT SARS-CoV-2 specific T cell receptor 提交 2022-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
222–230（9 aa）
片段：LLL peptide from nucleocapsid protein 222-230
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；13.5% (w/v) PEG 20,000, 0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.313 |
| 8DNT SARS-CoV-2 specific T cell receptor 提交 2022-07-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
222–230（9 aa）
片段：LLL peptide from nucleocapsid protein 222-230
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；13.5% (w/v) PEG 20,000, 0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.313 |
| 8DNT SARS-CoV-2 specific T cell receptor 提交 2022-07-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 Q
222–230（9 aa）
片段：LLL peptide from nucleocapsid protein 222-230
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；13.5% (w/v) PEG 20,000, 0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.313 |
| 8DNT SARS-CoV-2 specific T cell receptor 提交 2022-07-11 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 X
222–230（9 aa）
片段：LLL peptide from nucleocapsid protein 222-230
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；13.5% (w/v) PEG 20,000, 0.1 M Tris-HCl
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.313 |
| 8IQJ Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD 提交 2023-03-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.005 M Spermine tetrahydrochloride, 0.05 M Potassium Chloride, 0.05 M Bis-Tris HCl pH 7.0, 31 % PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.289 |
| 8IQJ Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD 提交 2023-03-16 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.005 M Spermine tetrahydrochloride, 0.05 M Potassium Chloride, 0.05 M Bis-Tris HCl pH 7.0, 31 % PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.289 |
| 8IQJ Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD 提交 2023-03-16 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.005 M Spermine tetrahydrochloride, 0.05 M Potassium Chloride, 0.05 M Bis-Tris HCl pH 7.0, 31 % PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.289 |
| 8IQJ Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD 提交 2023-03-16 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.005 M Spermine tetrahydrochloride, 0.05 M Potassium Chloride, 0.05 M Bis-Tris HCl pH 7.0, 31 % PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.289 |
| 8IV3 Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD complexed with 5-Benzyloxygramine 提交 2023-03-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
链 B
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
链 C
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
链 D
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | DJU N,N-dimethyl-1-(5-phenylmethoxy-1H-indol-3-yl)methanamine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；spermine tetrahydrochlorid, potassium chloride, Bis-Tris HCl pH 7.0, PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.286 |
| 8J6X Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD complexed with 5-Benzyloxygramine derivative (P3-8) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
链 B
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
链 C
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
链 D
41–174（134 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | U2H ~{N}-methyl-~{N}-[(5-phenylmethoxy-1~{H}-indol-3-yl)methyl]propan-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；spermine tetrahydrochloride, potassium chloride, Bis-Tris HCl (pH 7.0), PEG 3350
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.279 |
| 8TFD Crystal structure of a stem-loop DNA aptamer complexed with SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA-binding domain 提交 2023-07-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
46–174（129 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M Ammonium formate,10% w/v Polyvinylpyrrolidone, 20% w/v PEG 4000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.189 |
| 8TH1 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein D3L mutant 提交 2023-07-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 E
1–25（25 aa）
链 F
1–25（25 aa）
链 G
1–25（25 aa）
链 H
1–25（25 aa）
|
突变：D3L 突变：D3L 突变：D3L 突变：D3L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2 M sodium thiocyanate, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.238 |
| 8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 K
1–25（25 aa）
链 P
1–25（25 aa）
|
突变：P13L 突变：P13L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.336 |
| 8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
1–25（25 aa）
链 O
1–25（25 aa）
|
突变：P13L 突变：P13L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.336 |
| 8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 M
1–25（25 aa）
|
突变：P13L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.336 |
| 8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 N
1–25（25 aa）
|
突变：P13L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.336 |
| 8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–25（25 aa）
|
突变：P13L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.336 |
| 8UTC HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN B*07:02 IN COMPLEX WITH SARS-COV2 EPITOPE N105-113 (Y111F mutant) 提交 2023-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
105–113（9 aa）
片段：residues 105-113 (Uniprot numbering)
|
突变：Y7F | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.240 |
| 8UTC HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN B*07:02 IN COMPLEX WITH SARS-COV2 EPITOPE N105-113 (Y111F mutant) 提交 2023-10-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
105–113（9 aa）
片段：residues 105-113 (Uniprot numbering)
|
突变：Y7F | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.240 |
| 8W6W Crystal Structure of C-terminal domain of nucleocapsid protein from SARS-CoV-2 in complex with ampicillin 提交 2023-08-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–419（173 aa）
片段：C-terminal domain
链 B
247–419（173 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 AIC (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG4000, 0.2 M Lithium sulfate, 50 mM Tris pH 8.0, Ampicillin
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.238 |
| 8X1H Crystal structure of N-terminal domain of Nucleocapsid protein of SARS-CoV-2 提交 2023-11-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
44–175（132 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；27 % PEG3350, Bicine buffer pH 9.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.278 |
| 8X1H Crystal structure of N-terminal domain of Nucleocapsid protein of SARS-CoV-2 提交 2023-11-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
44–175（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；27 % PEG3350, Bicine buffer pH 9.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.278 |
| 8X1H Crystal structure of N-terminal domain of Nucleocapsid protein of SARS-CoV-2 提交 2023-11-07 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
44–175（132 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；27 % PEG3350, Bicine buffer pH 9.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.278 |
| 8X1H Crystal structure of N-terminal domain of Nucleocapsid protein of SARS-CoV-2 提交 2023-11-07 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
44–175（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；27 % PEG3350, Bicine buffer pH 9.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.278 |
| 8ZBF Crystal structure of the A58-T10 DNA aptamer in complex with SARS-CoV-2 N-NTD 提交 2024-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
41–174（134 aa）
链 B
41–174（134 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.261 |
| 8ZBF Crystal structure of the A58-T10 DNA aptamer in complex with SARS-CoV-2 N-NTD 提交 2024-04-26 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
41–174（134 aa）
链 D
41–174（134 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.261 |
| 8ZFV Crystal Structure of C-terminal domain of nucleocapsid protein from SARS-CoV-2 in complex with ceftriaxone 提交 2024-05-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–419（173 aa）
片段：C-terminal domain
链 B
247–419（173 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 9F2 Ceftriaxone × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG4000, 0.2 M Lithium sulfate, 50 mM Tris pH 8.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 8ZFV Crystal Structure of C-terminal domain of nucleocapsid protein from SARS-CoV-2 in complex with ceftriaxone 提交 2024-05-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
247–419（173 aa）
片段：C-terminal domain
链 D
247–419（173 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 9F2 Ceftriaxone × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG4000, 0.2 M Lithium sulfate, 50 mM Tris pH 8.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 9C2H SARS-CoV-2 Nucleocapsid Dimerization Domain bound to Fab-NP1E9 and Fab-NP3B4 提交 2024-05-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
244–364（121 aa）
片段：UNP Residues 244-364
链 D
244–364（121 aa）
片段：UNP Residues 244-364
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9CJ6 Crystal Structure of SARS-CoV-2 N-NTD with part of N-arm complex with ssDNA. 提交 2024-07-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–419（419 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.2M HEPES, pH 7.4 + 20% PEG4000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.204 |
| 9EVY SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant E136D 提交 2024-04-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
突变：E136D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；100mM BICINE pH 9.3
20% PEG 3350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.236 |
| 9EVY SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant E136D 提交 2024-04-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
|
突变：E136D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；100mM BICINE pH 9.3
20% PEG 3350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.236 |
| 9EVY SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant E136D 提交 2024-04-02 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
|
突变：E136D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；100mM BICINE pH 9.3
20% PEG 3350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.236 |
| 9EVY SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant E136D 提交 2024-04-02 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
|
突变：E136D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；100mM BICINE pH 9.3
20% PEG 3350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.236 |
| 9EWH SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant Y109A 提交 2024-04-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
突变：Y109A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 3350
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.255 |
| 9EWH SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant Y109A 提交 2024-04-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
|
突变：Y109A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 3350
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.255 |
| 9EWH SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant Y109A 提交 2024-04-03 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
|
突变：Y109A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 3350
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.255 |
| 9EWH SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant Y109A 提交 2024-04-03 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
|
突变：Y109A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 3350
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.255 |
| 9EXB SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain NTD 提交 2024-04-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20% PEG 6000
100mM MES pH 6.0
10mM Zinc Chloride
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.320 |
| 9EXB SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain NTD 提交 2024-04-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20% PEG 6000
100mM MES pH 6.0
10mM Zinc Chloride
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.320 |
| 9EXB SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain NTD 提交 2024-04-06 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20% PEG 6000
100mM MES pH 6.0
10mM Zinc Chloride
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.320 |
| 9EXB SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain NTD 提交 2024-04-06 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20% PEG 6000
100mM MES pH 6.0
10mM Zinc Chloride
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.320 |
| 9EZB SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P67S 提交 2024-04-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
突变：P67S | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；150mM Sodium Chloride
28% PEG Smear Medium
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.237 |
| 9EZB SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P67S 提交 2024-04-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
|
突变：P67S | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；150mM Sodium Chloride
28% PEG Smear Medium
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.237 |
| 9EZB SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P67S 提交 2024-04-11 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
|
突变：P67S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；150mM Sodium Chloride
28% PEG Smear Medium
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.237 |
| 9EZB SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P67S 提交 2024-04-11 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
|
突变：P67S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；150mM Sodium Chloride
28% PEG Smear Medium
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.237 |
| 9F13 Crystal structure of HLA-C*12:02 in complex with KAYNVTQAF (KF9), a 9-mer epitope from SARS-CoV-2 Nucleocapsid (N266-274) 提交 2024-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
266–274（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% PEG400, 20% PEG3350
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.231 |
| 9F2G Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain (apo form) 提交 2024-04-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
256–364（109 aa）
链 B
256–364（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 37%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.229 |
| 9F2G Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain (apo form) 提交 2024-04-23 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
256–364（109 aa）
链 D
256–364（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 37%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.229 |
| 9F2G Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain (apo form) 提交 2024-04-23 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
256–364（109 aa）
链 F
256–364（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 37%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.229 |
| 9F2G Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain (apo form) 提交 2024-04-23 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
256–364（109 aa）
链 H
256–364（109 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 37%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.229 |
| 9F2H Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain in complex with riluzole 提交 2024-04-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
256–364（109 aa）
链 B
256–364（109 aa）
|
未记录 | 657 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 38%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
Soaking o/n with saturated concentration of riluzole in PEG 3350 40%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate, 1 mM InsP6 condition.
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.189 |
| 9F2H Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain in complex with riluzole 提交 2024-04-23 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
256–364（109 aa）
链 D
256–364（109 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 38%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
Soaking o/n with saturated concentration of riluzole in PEG 3350 40%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate, 1 mM InsP6 condition.
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.189 |
| 9F2I Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain in complex with 2-amino-1,3-benzothiazol-6-ol 提交 2024-04-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
256–364（109 aa）
链 B
256–364（109 aa）
|
未记录 | A1H88 2-amino-1,3-benzothiazol-6-ol × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 38%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
Soaking 2 weeks with saturated concentration of riluzole-like compound in PEG 3350 40%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate, 1 mM InsP6 condition.
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.214 |
| 9F2I Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain in complex with 2-amino-1,3-benzothiazol-6-ol 提交 2024-04-23 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
256–364（109 aa）
链 D
256–364（109 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 38%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
Soaking 2 weeks with saturated concentration of riluzole-like compound in PEG 3350 40%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate, 1 mM InsP6 condition.
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.214 |
| 9F2I Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain in complex with 2-amino-1,3-benzothiazol-6-ol 提交 2024-04-23 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
256–364（109 aa）
链 F
256–364（109 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 38%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
Soaking 2 weeks with saturated concentration of riluzole-like compound in PEG 3350 40%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate, 1 mM InsP6 condition.
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.214 |
| 9F2I Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain in complex with 2-amino-1,3-benzothiazol-6-ol 提交 2024-04-23 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
256–364（109 aa）
链 H
256–364（109 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 3350 38%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6.
Protein:precipitant ratio 1:1.
Protein concentration: 16.5 mg/ml.
Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl.
Soaking 2 weeks with saturated concentration of riluzole-like compound in PEG 3350 40%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate, 1 mM InsP6 condition.
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.214 |
| 9F5J SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant Q58I 提交 2024-04-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
44–180（137 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；200mM Ammonium sulfate
10mM Cadmium chloride
25% PEG Smear Medium
100mM HEPES pH 7.5
30mM Manganese chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.242 |
| 9F5J SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant Q58I 提交 2024-04-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
44–180（137 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；200mM Ammonium sulfate
10mM Cadmium chloride
25% PEG Smear Medium
100mM HEPES pH 7.5
30mM Manganese chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.242 |
| 9F5L SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant A119S 提交 2024-04-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
突变：A119S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200mM Sodium acetate trihydrate
100mM Tris-HCl pH 8.5
30% PEG 4000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.323 |
| 9F5L SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant A119S 提交 2024-04-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
|
突变：A119S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200mM Sodium acetate trihydrate
100mM Tris-HCl pH 8.5
30% PEG 4000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.323 |
| 9F5L SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant A119S 提交 2024-04-29 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
|
突变：A119S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200mM Sodium acetate trihydrate
100mM Tris-HCl pH 8.5
30% PEG 4000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.323 |
| 9F5L SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant A119S 提交 2024-04-29 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
|
突变：A119S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200mM Sodium acetate trihydrate
100mM Tris-HCl pH 8.5
30% PEG 4000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.323 |
| 9F7A SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P80R 提交 2024-05-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
突变：P80R | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；285 K；22% PEG 3350
200mM Zinc Acetate dihydrate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.348 |
| 9F7C SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant S105I 提交 2024-05-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
突变：S105I | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；22% PEG 3350
200mM Zinc Acetate dihydrate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.273 |
| 9F83 SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant D63G 提交 2024-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；50mM HEPES pH 6.8
150mM Sodium Chloride
24% PEG 3350
2% PEG 400
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.280 |
| 9F83 SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant D63G 提交 2024-05-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；50mM HEPES pH 6.8
150mM Sodium Chloride
24% PEG 3350
2% PEG 400
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.280 |
| 9F83 SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant D63G 提交 2024-05-06 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；50mM HEPES pH 6.8
150mM Sodium Chloride
24% PEG 3350
2% PEG 400
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.280 |
| 9F83 SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant D63G 提交 2024-05-06 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；50mM HEPES pH 6.8
150mM Sodium Chloride
24% PEG 3350
2% PEG 400
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.280 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 J
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 11 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 K
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 12 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 13 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 M
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 14 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 N
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 15 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 O
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 16 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 P
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 17 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 Q
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 18 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 R
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 H
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9FBG SARS-CoV-2 Nucleocapsid N-terminal domain (NTD) mutant P151S 提交 2024-05-13 | Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 I
41–174（134 aa）
|
突变：P151S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium HEPES pH 7.5
4.3M Sodium chloride
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.261 |
| 9HLJ Crystal structure of GV37-TCR in complex with HLA-C*12:02 with KAYNVTQAF (KF9), a 9-mer epitope from SARS-CoV-2 Nucleocapsid (N266-274) 提交 2024-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
266–274（9 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium formate dihydrate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.257 |
| 9IN1 Crystal Structure of C-terminal domain of nucleocapsid protein from SARS-CoV-2 提交 2024-07-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–364（118 aa）
片段：C-terminal domain
链 B
247–364（118 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG4000, 0.2 M Lithium sulfate, 50 mM Tris pH 8.0
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.170 |
| 9IN1 Crystal Structure of C-terminal domain of nucleocapsid protein from SARS-CoV-2 提交 2024-07-05 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
247–364（118 aa）
片段：C-terminal domain
链 D
247–364（118 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG4000, 0.2 M Lithium sulfate, 50 mM Tris pH 8.0
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.170 |
| 9J4S Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors 提交 2024-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
105–113（9 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Tris-base/hydrochloric acid (pH 7.0), 0.2 M lithium sulfate, and 1.9 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.238 |
| 9J4S Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors 提交 2024-08-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
105–113（9 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Tris-base/hydrochloric acid (pH 7.0), 0.2 M lithium sulfate, and 1.9 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.238 |
| 9J4S Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors 提交 2024-08-10 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 E
105–113（9 aa）
链 J
105–113（9 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Tris-base/hydrochloric acid (pH 7.0), 0.2 M lithium sulfate, and 1.9 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.238 |
| 9J4T Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors 提交 2024-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
105–113（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M ammonium citrate dibasic, and 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.232 |
| 9J4U Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors 提交 2024-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
222–230（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.239 |
| 9J4V Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors 提交 2024-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
105–113（9 aa）
|
未记录 | P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 HEPES (pH 7.5), 0.2 M ammonium acetate, and 24% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.243 |
| 9J4V Structural basis for recognition of SARS-CoV-2 conserved nucleocapside epitopes by dominant T cell receptors 提交 2024-08-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
105–113（9 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 HEPES (pH 7.5), 0.2 M ammonium acetate, and 24% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.243 |
| 9KN1 Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein N-terminal domain(N-NTD) in complex with UMP 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
49–173（125 aa）
片段：N-terminal domain
|
未记录 | U URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% PEG3350, 100 mM Tris-HCl pH8.0, 5 mM UMP
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.293 |
| 9KN1 Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein N-terminal domain(N-NTD) in complex with UMP 提交 2024-11-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
47–174（128 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% PEG3350, 100 mM Tris-HCl pH8.0, 5 mM UMP
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.293 |
| 9KN1 Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein N-terminal domain(N-NTD) in complex with UMP 提交 2024-11-18 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
47–173（127 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% PEG3350, 100 mM Tris-HCl pH8.0, 5 mM UMP
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.293 |
| 9KN1 Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein N-terminal domain(N-NTD) in complex with UMP 提交 2024-11-18 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
48–173（126 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% PEG3350, 100 mM Tris-HCl pH8.0, 5 mM UMP
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.293 |
| 9KUR Crystal structure of mAb nCoV400Fab with SARS-CoV-2 N-CTD Complex 提交 2024-12-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
250–365（116 aa）
片段：CoV N CTD
链 B
250–365（116 aa）
片段：CoV N CTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2 M sodium formate, 16% PEG3350
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.249 |
| 9QWI The N-terminal domain (44-180) of the SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein using an automatic assignment/modeling software 提交 2025-04-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
44–180（137 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 1
NMR样品组成
450 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] NTD (44-180) of N protein from SARS-CoV-2, 0.03 % NaN3, 150 mM KCl, 95 % H2O, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9RXL SARS-CoV-2 nucleocapsid C-terminal domain in complex with BCY00018176 提交 2025-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
247–364（118 aa）
链 D
247–364（118 aa）
|
未记录 | LFI 1-[3,5-bis(3-bromanylpropanoyl)-1,3,5-triazinan-1-yl]-3-bromanyl-propan-1-one × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Na Acet 4.6 pH,25 % w/v PEG 4K., 0.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.214 |
| 9S3N SARS-CoV-2 nucleocapsid N/C-terminal domain in complex with BCY17628 提交 2025-07-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
44–173（130 aa）
|
未记录 | KZ0 2,4,6-tris(chloromethyl)-1,3,5-triazine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；18 % w/v PEG 1000 0.1 M Sodium/potassium phosphate 6.2 0.2 M Sodium chloride
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.262 |
| 9UJ2 14-3-3 zeta chimera with the S202R peptide of SARS-CoV-2 N (residues 200-213) 提交 2025-04-16 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
200–213（14 aa）
链 B
200–213（14 aa）
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突变：S202R,S58A,E73A,K74A,K75A,K157A,K158A,E159A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S202R,S58A,E73A,K74A,K75A,K157A,K158A,E159A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；1.8M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 2% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
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分辨率 1.80 Å R-free 0.233 |
| 9WBD Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR 提交 2025-08-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
105–113（9 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris-HCl, calcium chloride, PEG 3350
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分辨率 2.75 Å R-free 0.270 |
| 9WBD Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR 提交 2025-08-13 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
105–113（9 aa）
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未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris-HCl, calcium chloride, PEG 3350
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分辨率 2.75 Å R-free 0.270 |
| 9WBD Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR 提交 2025-08-13 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 O
105–113（9 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris-HCl, calcium chloride, PEG 3350
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分辨率 2.75 Å R-free 0.270 |
| 9WBD Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR 提交 2025-08-13 | Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 T
105–113（9 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris-HCl, calcium chloride, PEG 3350
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分辨率 2.75 Å R-free 0.270 |