当前蛋白身份:P15919 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

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PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
1RMD RAG1 DIMERIZATION DOMAIN 提交 1997-01-10 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 265–380(116 aa) 片段:ZINC-BINDING DIMERIZATION DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5;5-10 % PEG 4K, 100MM HEPES, PH 7.5, 10% ETHYLENE GLYCOL
分辨率 2.10 Å R-free 0.257
21WB NZD domain of Mouse RAG1 提交 2025-12-31 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 89–223(135 aa)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3GNA Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 提交 2009-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物一致
链 A 389–464(76 aa) 片段:Nonamer binding domain: UNP residues 389-456
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;30% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.271
3GNB Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 提交 2009-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物一致
链 A 389–464(76 aa) 片段:Nonamer binding domain: UNP residues 389-456
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;20% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 B 392–1008(617 aa) 片段:UNP Residues 391-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl
分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 E 392–1008(617 aa) 片段:UNP Residues 391-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl
分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物一致
链 A 384–1008(625 aa) 片段:UNP residues 384-1008
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 C 384–1008(625 aa) 片段:UNP residues 384-1008
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物一致
链 A 384–1008(625 aa) 片段:UNP residues 383-1008
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.
分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 C 384–1008(625 aa) 片段:UNP residues 383-1008
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.
分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物一致
链 A 384–1008(625 aa) 片段:UNP residues 384-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 C 384–1008(625 aa) 片段:UNP residues 384-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物一致
链 A 384–1008(625 aa) 片段:UNP residues 384-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.30 Å R-free 0.237
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 C 384–1008(625 aa) 片段:UNP residues 384-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 A 265–1039(775 aa)
链 C 265–1039(775 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 A 265–1040(776 aa)
链 C 265–1040(776 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6CIK Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 384–1008(625 aa)
链 C 384–1008(625 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;277 K;12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9
分辨率 3.15 Å R-free 0.249
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 A 384–1008(625 aa)
链 C 384–1008(625 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;277 K;18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9
分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 384–1008(625 aa)
链 C 384–1008(625 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;277 K;18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9
分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
6OEP Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-NFC/23RSS-PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6OEQ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-PRC/23RSS-NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6OER Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA2) 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
6OES Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain) 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
6OET Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex 提交 2019-03-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
突变:E962Q 突变:E962Q CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6V0V Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 提交 2019-11-19 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物一致
链 A 265–1039(775 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
6XNX Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Dynamic-Form) 提交 2020-07-05 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 261–1008(748 aa)
链 C 261–1008(748 aa)
突变:R848M, E649V 突变:R848M, E649V MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6;20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6XNY Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Paired-Form) 提交 2020-07-05 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 261–1008(748 aa)
链 C 261–1008(748 aa)
突变:R848M, E649V 突变:R848M, E649V MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6;20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6XNZ Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Target Capture Complex 提交 2020-07-05 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 261–1008(748 aa)
链 C 261–1008(748 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6;20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9JPU CryoEM structure of mouse RAG SEC-PHD 提交 2024-09-26 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9JPX CryoEM structure of mouse RAG SEC-0 提交 2024-09-26 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9JQN CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA 提交 2024-09-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9JTS CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (12RSS side) 提交 2024-10-07 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9JTU CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (23RSS side) 提交 2024-10-07 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 A 1–1040(1040 aa)
链 C 1–1040(1040 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å