当前蛋白身份：P16932
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1D7R CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH 5PA 提交 1999-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 5PA N-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-Y-LMETHYL]-1-AMINO-CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 0.15 M SODIUM PYRUVATE, 0.03 M MES-KOH, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å |
| 1D7S CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH DCS 提交 1999-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 DCS D-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-N,O-CYCLOSERYLAMIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 0.15 M SODIUM PYRUVATE, 0.03 M MES-KOH , pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.05 Å |
| 1D7U Crystal structure of the complex of 2,2-dialkylglycine decarboxylase with LCS 提交 1999-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 LCS [5-hydroxy-6-methyl-4-({[(4E)-3-oxo-1,2-oxazolidin-4-ylidene]amino}methyl)pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 1.95 Å |
| 1D7V CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH NMA 提交 1999-10-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 NMA N-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-2-METHYLALANINE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.80 Å |
| 1DGD AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 4 LI LITHIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1DGE AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
|
未记录 | RB RUBIDIUM ION × 8 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1DGE AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
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未记录 | RB RUBIDIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1DKA DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1993-06-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å |
| 1M0N Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Aminocyclopentanephosphonate 提交 2002-06-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
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未记录 | K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 HCP 1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]CYCLOPENTYLPHOSPHONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.4；15% PEG 4000, 0.2-0.4 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (PH 6.4)
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分辨率 2.20 Å R-free 0.239 |
| 1M0O Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Amino-1-methylpropanephosphonate 提交 2002-06-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
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未记录 | K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 MPM (1R)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]-1-METHYLPROPYLPHOSPHONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.4；15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
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分辨率 2.40 Å R-free 0.201 |
| 1M0P Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Amino-1-phenylethanephosphonate 提交 2002-06-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
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未记录 | K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 ELP (1R)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]-1-PHENYLETHYLPHOSPHONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.4；15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.230 |
| 1M0Q Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with S-1-aminoethanephosphonate 提交 2002-06-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
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未记录 | K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 EPC (1S)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]ETHYLPHOSPHONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.4；15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
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分辨率 2.00 Å R-free 0.240 |
| 1Z3Z The crystal structure of a DGD mutant: Q52A 提交 2005-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–432（431 aa）
|
突变：Q52A | NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.90 Å R-free 0.266 |
| 1ZC9 The crystal structure of dialkylglycine decarboxylase complex with pyridoxamine 5-phosphate 提交 2005-04-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
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未记录 | K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；MES, PEG4000, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 1ZOB Crystal structure of dialkylglycine decarboxylases bound with calcium ion 提交 2005-05-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.277 |
| 1ZOB Crystal structure of dialkylglycine decarboxylases bound with calcium ion 提交 2005-05-12 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.277 |
| 1ZOD Crystal structure of dialkylglycine decarboxylase bound with cesium ion 提交 2005-05-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
|
未记录 | CS CESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 1ZOD Crystal structure of dialkylglycine decarboxylase bound with cesium ion 提交 2005-05-12 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
|
未记录 | CS CESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 2DKB DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1994-07-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 2DKB DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1994-07-12 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 8 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |