当前蛋白身份：P20459
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1Q46 crystal structure of the eIF2 alpha subunit from saccharomyces cerevisia 提交 2003-08-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–176（175 aa）
片段：N-terminal two thirds of eIF2a
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate (pH=4.6), 1.8-2.5 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.236 |
| 2A19 PKR kinase domain- eIF2alpha- AMP-PNP complex. 提交 2005-06-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
4–176（173 aa）
片段：eIF2alpha
|
突变：residues 4-175 | MG MAGNESIUM ION × 4 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.286 |
| 2A1A PKR kinase domain-eIF2alpha Complex 提交 2005-06-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
4–176（173 aa）
|
突变：residue 258-551 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.268 |
| 3J81 CryoEM structure of a partial yeast 48S preinitiation complex 提交 2014-08-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–300（300 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 3 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
|
分辨率 4.00 Å |
| 3JAP Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2015-06-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 4.90 Å |
| 6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 6GSM Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in open conformation. 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 j
3–265（263 aa）
|
未记录 | 7NO [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] (2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 82 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.15 Å |
| 6GSN Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 j
3–265（263 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.75 Å |
| 6I3M eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52. 提交 2018-11-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 K
1–304（304 aa）
链 L
1–304（304 aa）
|
突变：serine 52 to SEP 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：serine 52 to SEP 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging
|
分辨率 3.93 Å |
| 6I7T eIF2B:eIF2 complex 提交 2018-11-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 K
1–304（304 aa）
链 L
1–304（304 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 1 second before plunging
|
分辨率 4.61 Å |
| 6JLY eIF2a - eIF2B complex 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 L
1–304（304 aa）
链 M
1–304（304 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；sodium acetate, sodium citrate, PEG 4000, glycerol
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.260 |
| 6JLZ P-eIF2a - eIF2B complex 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 L
1–304（304 aa）
链 M
1–304（304 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；sodium acetate, sodium citrate, PEG 4000, glycerol
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.253 |
| 6QG0 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 1) 提交 2019-01-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 K
1–304（304 aa）
链 L
1–304（304 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.15 Å |
| 6QG1 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2) 提交 2019-01-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 K
1–304（304 aa）
链 L
1–304（304 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 6QG2 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model A) 提交 2019-01-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 K
1–304（304 aa）
链 L
1–304（304 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 6QG3 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model B) 提交 2019-01-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 K
1–304（304 aa）
链 L
1–304（304 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.40 Å |
| 6QG5 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model C) 提交 2019-01-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 K
1–304（304 aa）
链 L
1–304（304 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.10 Å |
| 6QG6 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model D) 提交 2019-01-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 K
1–304（304 aa）
链 L
1–304（304 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.40 Å |
| 8QEL PKR kinase domain- eIF2alpha in complex with compound 提交 2023-08-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4–176（173 aa）
|
未记录 | UH3 (3~{Z})-3-[(4-methyl-1~{H}-imidazol-5-yl)methylidene]-2-oxidanylidene-1~{H}-indole-5-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MOPS pH 7.5, 10% PEG 8000, 0.2 M magnesium acetate
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.278 |
| 8RW1 Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 8S8D Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 8S8E Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 8S8F Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.2) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 8S8G Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8S8H Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.2) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8S8I Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8S8J Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF5) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 8S8K Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in swivelled conformation (model py48S-AUC-swiv-eIF1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 j
1–304（304 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 96 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |