当前蛋白身份：P21579
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2K45 C2A domain of synaptototagmin I solution structure in the FGF-1-C2A binary complex: key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway 提交 2008-05-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–268（128 aa）
片段：UNP residues 141-268
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM (NH4)2SO4；压力 ambient
NMR样品组成
1.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C2A, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2K4A FGF-1-C2A binary complex structure: a key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway 提交 2008-06-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
141–268（128 aa）
片段：C2 domain, UNP residues 141-268
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM (NH4)2SO4；压力 ambient
NMR样品组成
1.2mM FGF-1-C2A; 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KI6 The FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure: A component in the non-classical pathway for FGF1 secretion 提交 2009-04-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
141–268（128 aa）
片段：C2A domain
链 F
141–268（128 aa）
片段：C2A domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
1.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C2A domain of Syt1-1, 1.0mM FGF1-2, 1.0mM S100A13-3, S100A13-4, 25mM sodium phosphate-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LHA Solution structure of C2B with IP6 提交 2011-08-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
271–422（152 aa）
片段：C2B domain, UNP residues 272-422
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 1.1 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE-2, 150 mM sodium chloride-3, 20 mM MES-4, 2 mM DTT-5, 2 mM Calcium Chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2N1T Dynamic binding mode of a synaptotagmin-1-SNARE complex in solution 提交 2015-04-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
272–419（148 aa）
片段：C2B domain (UNP residues 272-419)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
30 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 25 mM Tris-HCl, 125 mM KSCN, 1 mM CaCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2R83 Crystal structure analysis of human synaptotagmin 1 C2A-C2B 提交 2007-09-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
141–422（282 aa）
片段：C2A-C2B
链 B
141–422（282 aa）
片段：C2A-C2B
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；3M NACL, 75 MM SODIUM ACETATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 4.50
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 3F00 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II) 提交 2008-10-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–266（126 aa）
片段：UNP residues 141-266
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.36 Å R-free 0.244 |
| 3F01 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II) 提交 2008-10-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–266（126 aa）
片段：UNP residues 141-266
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.229 |
| 3F04 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain 提交 2008-10-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–266（126 aa）
片段：UNP residues 141-266
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.224 |
| 3F05 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Mn(II) 提交 2008-10-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–266（126 aa）
片段：UNP residues 141-266
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.228 |
| 4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
33–53（21 aa）
片段：toxin binding site (unp residues 33-53)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.220 |
| 4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
33–53（21 aa）
片段：toxin binding site (unp residues 33-53)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.220 |
| 4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
33–53（21 aa）
片段：toxin binding site (unp residues 33-53)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.220 |
| 4V11 Structure of Synaptotagmin-1 with SV2A peptide phosphorylated at Thr84 提交 2014-09-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
273–422（150 aa）
片段：C2B DOMAIN, UNP RESIDUES 273-422
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 18 % PEG 3350, 0.05 M CACL2
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.196 |
| 6G5F Crystal structure of an engineered Botulinum Neurotoxin type B mutant E1191M/S1199Y in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
33–53（21 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 MLI MALONATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；1.1 M sodium malonate dibasic monohydrate, HEPES pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2003
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.232 |
| 6G5K Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
33–53（21 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.235 |
| 6G5K Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 33
33–53（21 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.235 |
| 6QNS Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B mutant I1248W/V1249W in complex with human synaptotagmin 1 and GD1a receptors 提交 2019-02-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 S
33–53（21 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294.15 K；20% v/v PEG6000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M sodium chloride
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 6TZ3 Crystal Structure of Human Synaptotagmin 1 C2B without Ca2+ 提交 2019-08-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
272–422（151 aa）
片段：C2B domain, residues 272-422
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2M Ammonium Sulfate, 30% PEG3350
|
分辨率 1.17 Å R-free 0.175 |
| 6U41 1.7 angstrom structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (D304G) 提交 2019-08-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
272–422（151 aa）
|
突变：D304G | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.178 |
| 6U4U 1.3 A structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (I368T) 提交 2019-08-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
272–422（151 aa）
|
突变：I368T | SO4 SULFATE ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.169 |
| 6U4W 1.4 A structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (D366E) 提交 2019-08-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
272–422（151 aa）
|
突变：D366E | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Citrate
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.211 |
| 6ZVN Botulinum neurotoxin B2 binding domain in complex with human synaptotagmin I 提交 2020-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 BBB
33–53（21 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.1 M imidazole pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.283 |
| 7U4Q Human Synaptotagmin-1 C2A Y181F Ca2+ bound 提交 2022-02-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
141–267（127 aa）
片段：C2A domain
链 B
141–267（127 aa）
片段：C2A domain
|
突变：Y181F 突变：Y181F | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；100 mM HEPES, 2.3 M malonate
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.189 |
| 8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
1–60（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.298 |
| 8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 J
1–60（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.298 |
| 8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
1–60（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.298 |
| 8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–60（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.298 |
| 8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
1–60（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.298 |
| 8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 N
1–60（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.298 |
| 8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 O
1–60（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.298 |
| 8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
1–60（60 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.298 |