当前蛋白身份：P21707
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BYN SOLUTION STRUCTURE OF THE CALCIUM-BOUND FIRST C2-DOMAIN OF SYNAPTOTAGMIN I 提交 1998-10-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
140–267（128 aa）
片段：C2A-DOMAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；307 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NACL
|
分辨率未提供 |
| 1K5W THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE SYNAPTOTAGMIN 1 C2B-DOMAIN: SYNAPTOTAGMIN 1 AS A PHOSPHOLIPID BINDING MACHINE 提交 2001-10-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
270–421（152 aa）
片段：Residues 270-421, C2B-Domain
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
0.0013M 15N, 13C C2B-Domain | 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O
NMR样品组成
1.3mM 15N, C2B-Domain | 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O
NMR样品组成
0.4mM 15N, C2B-Domain | 50mM Mes 2mM DTT 0.5mM EDTA 5%D2O
NMR样品组成
1mM 10% 13C, C2B-Domain | 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O
|
分辨率未提供 |
| 1RSY STRUCTURE OF THE FIRST C2-DOMAIN OF SYNAPTOTAGMIN I: A NOVEL CA2+(SLASH)PHOSPHOLIPID BINDING FOLD 提交 1995-02-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
132–266（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.249 |
| 1TJM Crystallographic Identification of Sr2+ Coordination Site in Synaptotagmin I C2B Domain 提交 2004-06-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
271–421（151 aa）
片段：C2B domain
|
未记录 | SR STRONTIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.174 |
| 1TJX Crystallographic Identification of Ca2+ Coordination Sites in Synaptotagmin I C2B Domain 提交 2004-06-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
296–446（151 aa）
片段：C2B domain, residues 296-446
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；277 K；ammonium sulfate , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.00
|
分辨率 1.04 Å R-free 0.184 |
| 1UOV Calcium binding domain C2B 提交 2003-09-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
271–421（151 aa）
片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；pH 5.00
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.196 |
| 1UOW Calcium binding domain C2B 提交 2003-09-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
271–421（151 aa）
片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；pH 5.00
|
分辨率 1.04 Å R-free 0.184 |
| 2YOA Synaptotagmin-1 C2B domain with phosphoserine 提交 2012-10-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
271–421（151 aa）
片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 SEP PHOSPHOSERINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2 M KSCN, 20 % PEG 600
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.204 |
| 2YOA Synaptotagmin-1 C2B domain with phosphoserine 提交 2012-10-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
271–421（151 aa）
片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 SEP PHOSPHOSERINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2 M KSCN, 20 % PEG 600
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.204 |
| 4WEE High-resolution structure of Synaptotagmin 1 C2A 提交 2014-09-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
140–266（127 aa）
片段：UNP residues 140-266
|
未记录 | NA SODIUM ION × 7 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；1.5M ammonium sulfate, 1% PEG400
|
分辨率 0.89 Å R-free 0.164 |
| 5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 E
141–421（281 aa）
片段：UNP residues 141-421
链 F
141–421（281 aa）
片段：UNP residues 141-421
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.352 |
| 5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 K
141–421（281 aa）
片段：UNP residues 141-421
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.352 |
| 5CCH Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 E
141–421（281 aa）
片段：UNP residues 141-421
链 F
141–421（281 aa）
片段：UNP residues 141-421
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.289 |
| 5CCI Structure of the Mg2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 E
141–421（281 aa）
片段：UNP residues 141-421
链 F
141–421（281 aa）
片段：UNP residues 141-421
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.75% v/v PEG3350, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.323 |
| 5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
271–421（151 aa）
片段：UNP residues 271-421
|
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A | GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.178 |
| 5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
271–421（151 aa）
片段：UNP residues 271-421
|
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A | GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.178 |
| 5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
271–421（151 aa）
片段：UNP residues 271-421
|
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A | GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.178 |
| 5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
271–421（151 aa）
片段：UNP residues 271-421
|
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A | GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.178 |
| 5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
271–421（151 aa）
片段：UNP residues 271-421
链 B
271–421（151 aa）
片段：UNP residues 271-421
链 C
271–421（151 aa）
片段：UNP residues 271-421
链 D
271–421（151 aa）
片段：UNP residues 271-421
|
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A | GOL GLYCEROL × 27 SO4 SULFATE ION × 22 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.178 |
| 5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
141–419（279 aa）
片段：UNP residues 141-419
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.329 |
| 5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
141–419（279 aa）
片段：UNP residues 141-419
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.329 |
| 5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 K
141–419（279 aa）
片段：UNP residues 141-419
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.329 |
| 5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
141–419（279 aa）
片段：UNP residues 141-419
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.297 |
| 5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
141–419（279 aa）
片段：UNP residues 141-419
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.297 |
| 5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 K
141–419（279 aa）
片段：UNP residues 141-419
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.297 |
| 5W5C Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2AB complex 提交 2017-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 F
140–421（282 aa）
片段：UNP residues 140-421
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM HEPES, pH7.4, 15-20% PEG3350, 200 mM ammonium formate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.232 |
| 5W5D Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2B complex 提交 2017-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 F
270–421（152 aa）
片段：UNP residues 270-421
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH7.0, 15-17% PEG3350, 240 mM sodium malonate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.231 |
| 6CXW Synaptotagmin 1 C2A beta4 chimera with enhanced PIP2 binding function 提交 2018-04-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
140–182（43 aa）
链 A
201–265（65 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；300 K；50% PEG-4000, 0.4 mM Sodium acetate, 100 mM Tris
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.211 |
| 6MTI Synaptotagmin-1 C2A, C2B domains and SNARE-pin proteins (5CCI) individually docked into Cryo-EM map of C2AB-SNARE complexes helically organized on lipid nanotube surface in presence of Mg2+ 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30） 与蛋白数一致 |
链 1
141–267（127 aa）
片段：C2A domain, residues 141-267
链 2
141–421（281 aa）
片段：C2A and C2B domains, residues 141-421
链 3
141–421（281 aa）
片段：C2A and C2B domains, residues 141-421
链 4
141–421（281 aa）
片段：C2A and C2B domains, residues 141-421
链 5
141–421（281 aa）
片段：C2A and C2B domains, residues 141-421
链 6
141–267（127 aa）
片段：C2A domain, residues 141-267
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.40 Å |
| 8C5H NbSyt1 anti-(rat Synaptotagmin-1) nanobody bound to target cytosolic domain of Synaptotagmin-1 提交 2023-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 S
142–265（124 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Di-Malic acid pH 7.0, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.222 |