当前蛋白身份：P35226
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2NA1 ULD complex 提交 2015-12-17 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
121–235（115 aa）
片段：UNP B1ASA2 residues 30-64, UNP P35226 residues 121-235
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；303.2 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 % [U-2H] D2O, 50 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 100 mM TRIS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 3RPG Bmi1/Ring1b-UbcH5c complex structure 提交 2011-04-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–109（109 aa）
片段：UNP Residues 1-109
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；40% MPD, 0.1 M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.243 |
| 3RPG Bmi1/Ring1b-UbcH5c complex structure 提交 2011-04-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–109（109 aa）
片段：UNP Residues 1-109
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；40% MPD, 0.1 M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.243 |
| 4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 K
2–109（108 aa）
片段：Residues 2-109
链 M
2–109（108 aa）
片段：Residues 2-109
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
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分辨率 3.28 Å R-free 0.245 |
| 5FR6 The structure of polycomb ULD complex 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
121–235（115 aa）
片段：POLYCOMB COMPLEX, UNP RESIDUES 121-235
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；100MM MES, PH 6.5, 50MM MGCL2, 7% ISOPROPANOL, 6% PEG 4000
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分辨率 2.51 Å R-free 0.328 |
| 6WI7 RING1B-BMI1 fusion in closed conformation 提交 2020-04-08 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–104（104 aa）
片段：RING-2 (UNP residues 10-116) + BMI-1 (UNP residues 1-104)
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 20% PEG8000
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分辨率 1.70 Å R-free 0.196 |
| 6WI8 Inhibitor compound-induced confrontational change in Ring1b-Bmi1 domain structure 提交 2020-04-09 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–104（104 aa）
片段：RING-2 (UNP residues 10-116) + BMI-1 (UNP residues 1-104)
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；100 mM acetate, pH 4.5, 200 mM lithium sulfate, 2.5 M sodium chloride
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分辨率 3.09 Å R-free 0.259 |
| 6WI8 Inhibitor compound-induced confrontational change in Ring1b-Bmi1 domain structure 提交 2020-04-09 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–104（104 aa）
片段：RING-2 (UNP residues 10-116) + BMI-1 (UNP residues 1-104)
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；100 mM acetate, pH 4.5, 200 mM lithium sulfate, 2.5 M sodium chloride
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.259 |
| 7ND1 First-in-class small molecule inhibitors of Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) RING domain 提交 2021-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
4–104（101 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 U9E 3-(2-chlorophenyl)-4-ethyl-5-(1~{H}-indol-4-yl)-1~{H}-pyrrole-2-carboxylic acid × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；303.3 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
0.12 mM [U-2H; U-13C; U-15N; CH3 ILV] Ring1B-BMI1, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 8PP7 human RYBP-PRC1 bound to mononucleosome 提交 2023-07-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–326（326 aa）
链 M
1–326（326 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.91 Å |
| 9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–326（326 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.80 Å |
| 9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–326（326 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å |
| 9DGG ncPRC1RYBP bound to unmodified nucleosome 提交 2024-09-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–326（326 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.98 Å |
| 9V6Q Cryo-EM structure of two cPRC1 complexes bound to opposite faces of an endogenous 147-bp mono-nucleosome 提交 2025-05-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–326（326 aa）
链 M
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.60 Å |
| 9V6S Cryo-EM structure of a single cPRC1 complex engaged on one face of an endogenous 147-bp mononucleosome 提交 2025-05-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 9V6X Cryo-EM structure of the cPRC1 complex bound to an endogenous 184-bp mono-nucleosome 提交 2025-05-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–326（326 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.00 Å |
| 9V8L Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (loose) complex 提交 2025-05-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 6.60 Å |
| 9V9H Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex 提交 2025-05-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–326（326 aa）
链 U
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.50 Å |
| 9V9P Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex 提交 2025-06-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–326（326 aa）
链 V
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.40 Å |
| 9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–326（326 aa）
链 M
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.70 Å |
| 9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å |
| 9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–326（326 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å |
| 9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–326（326 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |