当前蛋白身份：P36161
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3KFO Crystal structure of the C-terminal domain from the nuclear pore complex component NUP133 from Saccharomyces cerevisiae 提交 2009-10-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
881–1157（277 aa）
片段：C-terminal domain, residues 881-1157
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% PEG 3350, 200mM Potassium Thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.245 |
| 6X02 Nup84-Nup133 (aa521-1157) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN8 提交 2020-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
521–1157（637 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6% PEG 8,000, 30% ethylene glycol, 0.1M imidazole titrated with MES pH 6.5, 15mM sodium nitrate, 15mM sodium phosphate dibasic, 15mM ammonium sulfate
|
分辨率 6.38 Å R-free 0.324 |
| 6X03 Nup84-Nup133 (aa521-1157) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN8 and VHH-SAN9 提交 2020-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
521–1157（637 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6% PEG 8,000, 30% ethylene glycol, 0.1M imidazole titrated with MES pH 6.5, 15mM sodium nitrate, 15mM sodium phosphate dibasic, 15mM ammonium sulfate
|
分辨率 7.30 Å R-free 0.353 |
| 6X04 Nup133 (aa55-481) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN5 提交 2020-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
55–481（427 aa）
链 C
55–481（427 aa）
链 E
55–481（427 aa）
链 G
55–481（427 aa）
链 I
55–481（427 aa）
链 K
55–481（427 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；15% PEG MME 2,000, 0.1M potassium chloride, 0.1M Tris/HCl pH 8
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分辨率 2.68 Å R-free 0.261 |
| 6X05 Nup133 (aa55-481) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN4 提交 2020-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
55–481（427 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 3,350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.219 |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric（136） 与蛋白数一致 |
链 g
1–1157（1157 aa）
链 r
1–1157（1157 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 g
1–1157（1157 aa）
链 r
1–1157（1157 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 g
1–1157（1157 aa）
链 r
1–1157（1157 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric（448） 与蛋白数一致 |
链 g
1–1157（1157 aa）
链 n
1–1157（1157 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 g
1–1157（1157 aa）
链 n
1–1157（1157 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 g
1–1157（1157 aa）
链 n
1–1157（1157 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |