当前蛋白身份：P39111
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 6.90 Å |
| 3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 7.60 Å |
| 3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 8.30 Å |
| 4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–94（94 aa）
片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94
|
突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.212 |
| 4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–94（94 aa）
片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94
|
突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.212 |
| 4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–94（94 aa）
片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94
|
突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.212 |
| 4IX9 Crystal structure of subunit F of V-ATPase from S. cerevisiae 提交 2013-01-24 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–94（94 aa）
片段：Coupling and Regulatory Subunit F, UNP residues 1-94
|
突变：I69M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；30% PEG 4000, 0.05M MgCl2,6H2O, 0.1M Tris HCl pH 8.8, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.212 |
| 4RND Crystal Structure of the subunit DF-assembly of the eukaryotic V-ATPase. 提交 2014-10-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–118（118 aa）
链 D
1–118（118 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, 1.2 M Ammonium citrate monobasic, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 3.18 Å R-free 0.232 |
| 5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 O
1–118（118 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
|
分辨率 6.20 Å R-free 0.302 |
| 5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 o
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
|
分辨率 6.20 Å R-free 0.302 |
| 5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 8.70 Å |
| 7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 7FDE CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 提交 2021-07-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric（14） 与蛋白数一致 |
链 N
2–118（117 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å |
| 9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric（32） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
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分辨率 3.60 Å |
| 9NN1 Yeast V1-ATPase bound to Rtc5p 提交 2025-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric（32） 与蛋白数一致 |
链 N
1–118（118 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |