当前蛋白身份：P39476
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BBX NON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1998-04-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–63（63 aa）
链 D
1–63（63 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 1
NMR样品组成
H2O:D2O 9:1
|
分辨率未提供 |
| 1C8C CRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA CONTAINING T-G MISMATCHED BASE PAIRS 提交 2000-05-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3MM SSO7D,
1.3MM DUPLEX DNA, 2.5 MM TRIS (PH 6.5),
2.5% PEG 400, EQUILIBRATED AGAINST 15% PEG 400 at
pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.287 |
| 1JIC SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SSO7D WITH RNASE ACTIVITY, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-07-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–62（62 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；300 K
NMR样品组成
H2O
|
分辨率未提供 |
| 5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.218 |
| 5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.218 |
| 5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.239 |
| 5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.239 |
| 5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.229 |
| 5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.229 |
| 5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.238 |
| 5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.238 |
| 5B0K Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside 提交 2015-10-30 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.248 |
| 5B0K Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside 提交 2015-10-30 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.248 |
| 5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.232 |
| 5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.232 |
| 5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–64（64 aa）
链 F
1–64（64 aa）
|
未记录 | BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.232 |
| 5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 | Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–64（64 aa）
链 H
1–64（64 aa）
|
未记录 | BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.232 |
| 5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.249 |
| 5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.249 |
| 5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–64（64 aa）
链 F
1–64（64 aa）
|
未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.249 |
| 5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 | Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–64（64 aa）
链 H
1–64（64 aa）
|
未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.249 |
| 5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2
Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350
Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.216 |
| 5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | 78S (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2
Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350
Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.216 |
| 5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2
reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350
cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | 7B5 methyl (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2
reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350
cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.225 |
| 6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | FAR FARNESYL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.225 |
| 6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.225 |
| 6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | C0X (2S)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.225 |
| 6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.536 |
| 6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.536 |
| 6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.536 |
| 6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 KLQ Bictegravir × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.534 |
| 6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.534 |
| 6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.534 |
| 6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.516 |
| 6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.516 |
| 6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.516 |
| 6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.535 |
| 6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.535 |
| 6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.535 |
| 6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.555 |
| 6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.555 |
| 6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.555 |
| 6VOY Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome 提交 2020-02-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–64（64 aa）
链 B
1–64（64 aa）
链 C
1–64（64 aa）
链 D
1–64（64 aa）
|
突变：W24A 突变：W24A 突变：W24A 突变：W24A | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.70 Å |