当前蛋白身份：P43026
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1WAQ Crystal structure of human Growth and Differentiation Factor 5 (GDF-5) 提交 2004-10-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
387–501（115 aa）
片段：RESIDUES 387-501 (RESIDUES 6-120 OF MATURE GDF-5)
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
25% 2-METHLY-2,4-PENTANEDIOL, 0.1M SODIUM CITRATE PH 4.0
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.237 |
| 2BHK Crystal structure of human growth and differentiation factor 5 (GDF5) 提交 2005-01-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
382–501（120 aa）
|
未记录 | IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；100 MM SODIUM ACETATE, PH 5.0 30% ISOPROPANOL 14 MG/ML PROTEIN HANGING DROP
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.220 |
| 3EVS Crystal structure of the GDF-5:BMP receptor IB complex. 提交 2008-10-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
387–501（115 aa）
片段：UNP residues 387-501
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.25；294 K；0.1M sodium acetate, 50% PPG 400, 30mM magnesium sulfate, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.256 |
| 3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
387–501（115 aa）
片段：GDF-5, residues 387-501
|
突变：R57A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.241 |
| 3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
387–501（115 aa）
片段：GDF-5, residues 387-501
|
突变：R57A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.241 |
| 3QB4 Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex 提交 2011-01-12 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
387–501（115 aa）
片段：GDF-5, residues 387-501
链 C
387–501（115 aa）
片段：GDF-5, residues 387-501
|
突变：R57A 突变：R57A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.241 |
| 5HK5 Structure of the Grem2-GDF5 Inhibitory Complex 提交 2016-01-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
382–501（120 aa）
链 C
382–501（120 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES, ammonium chloride, ethylammonium nitrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 5HK5 Structure of the Grem2-GDF5 Inhibitory Complex 提交 2016-01-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
382–501（120 aa）
链 C
382–501（120 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES, ammonium chloride, ethylammonium nitrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 5HK5 Structure of the Grem2-GDF5 Inhibitory Complex 提交 2016-01-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
382–501（120 aa）
链 D
382–501（120 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES, ammonium chloride, ethylammonium nitrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 5HK5 Structure of the Grem2-GDF5 Inhibitory Complex 提交 2016-01-13 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
382–501（120 aa）
链 D
382–501（120 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES, ammonium chloride, ethylammonium nitrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 6Z3G Repulsive Guidance Molecule A (RGMA) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) 提交 2020-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
387–501（115 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 24% v/v polyethylene glycol (PEG) 400.
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分辨率 2.78 Å R-free 0.288 |
| 6Z3H Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 2) 提交 2020-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
387–501（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 35% w/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH; average MW 797 Da)
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.268 |
| 6Z3J Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 1) 提交 2020-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
387–501（115 aa）
链 B
387–501（115 aa）
|
突变：Y487K, Q489D 突变：Y487K, Q489D | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；294 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% v/v PEG 3350.
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.219 |
| 6Z3L Repulsive Guidance Molecule C (RGMC, Hemojuvelin, HJV, HFE2) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) 提交 2020-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
387–501（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1 M LiCl, 0.1 M citric acid pH 4.0, 8% gamma-butyrolactone.
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分辨率 2.51 Å R-free 0.267 |
| 6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
387–501（115 aa）
链 B
387–501（115 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.428 |
| 6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 G
387–501（115 aa）
链 H
387–501（115 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.428 |
| 6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 M
387–501（115 aa）
链 N
387–501（115 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.428 |
| 7ZJF R399E, a mutated form of GDF5, for disease modification of osteoarthritis 提交 2022-04-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
382–501（120 aa）
链 B
382–501（120 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.15；293 K；01 M Hepes, 32% PEG 400, 230 mM MgCl2, pH 8.15
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分辨率 1.30 Å R-free 0.222 |
| 8BWL Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation factor 5 (GDF5) and calcium 提交 2022-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
382–501（120 aa）
链 B
382–501（120 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；12.1% w/v PEG 1000, 12.1% w/v PEG 3350, 12.1% v/v MPD, 97 mM CaCl2, 0.097 M Bicine/Trizma pH 8.5
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.212 |
| 8BWM Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation factor 5 (GDF5) and calcium, long-wavelength X-ray dataset (4042 eV) 提交 2022-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
382–501（120 aa）
链 B
382–501（120 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；12.1% w/v PEG 1000, 12.1% w/v PEG 3350, 12.1% v/v MPD, 97 mM CaCl2, 0.097 M Bicine/Trizma pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.278 |
| 8BWN Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) in complex with human Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and calcium, long-wavelength X-ray dataset (4010 eV) 提交 2022-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
382–501（120 aa）
链 B
382–501（120 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 100 mM CaCl2, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5
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分辨率 2.57 Å R-free 0.283 |
| 8E3G BMP2/GDF5 heterodimer 提交 2022-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
382–501（120 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, magnesium formate
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分辨率 2.80 Å R-free 0.234 |
| 8E3G BMP2/GDF5 heterodimer 提交 2022-08-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
382–501（120 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, magnesium formate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.234 |