当前蛋白身份：P49711
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1X6H Solution structures of the C2H2 type zinc finger domain of human Transcriptional repressor CTCF 提交 2005-05-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
515–587（73 aa）
片段：C2H2 type zinc finger domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.5mM C2H2 type zinc finger domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 5mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10uM ZnCl2; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2CT1 Solution Structure of the zinc finger domain of Transcriptional repressor CTCF protein 提交 2005-05-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
399–462（64 aa）
片段：zinc finger domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成
2.46mM zinc finger domain U-13C, 15N; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5K5H Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF4-7 and DNA complex structure 提交 2016-05-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
348–464（117 aa）
片段：unp residues 348-464
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris HCl, pH 5.5
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.264 |
| 5K5I Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF5-8 and DNA complex structure in space group P65 提交 2016-05-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
378–489（112 aa）
片段：unp residues 378-489
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.245 |
| 5K5J Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF5-8 and DNA complex structure in space group P41212 提交 2016-05-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
378–489（112 aa）
片段：unp residues 378-489
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M ammonium sulfate, and 0.1 M bis-tris HCl, pH 5.5
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.254 |
| 5K5L Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF6-8 and H19 sequence DNA complex structure 提交 2016-05-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 E
405–492（88 aa）
片段：unp residues 405-492
链 F
405–492（88 aa）
片段：unp residues 405-492
链 G
405–492（88 aa）
片段：unp residues 405-492
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；289 K；20% (w/v) polyethylene glycol 8,000 0.1 M CHES-NaOH pH 9.5
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.270 |
| 5KKQ Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF3-7 and DNA complex structure 提交 2016-06-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
321–465（145 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-tris, pH 6.5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.199 |
| 5KKQ Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF3-7 and DNA complex structure 提交 2016-06-22 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
321–465（145 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-tris, pH 6.5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.199 |
| 5T00 Human CTCF ZnF3-7 and methylated DNA complex 提交 2016-08-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
321–465（145 aa）
片段：UNP residues 321-465
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.243 |
| 5T00 Human CTCF ZnF3-7 and methylated DNA complex 提交 2016-08-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
321–465（145 aa）
片段：UNP residues 321-465
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.243 |
| 5T0U CTCF ZnF2-7 and DNA complex structure 提交 2016-08-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
294–465（172 aa）
片段：UNP residues 294-465
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M Na-Citrate pH 5.6
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.266 |
| 5T0U CTCF ZnF2-7 and DNA complex structure 提交 2016-08-16 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
294–465（172 aa）
片段：UNP residues 294-465
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M Na-Citrate pH 5.6
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.266 |
| 5UND Crystal Structure of CTCF(ZnF 4-10) With 28-mer DNA 提交 2017-01-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
348–547（200 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；28% PEG 2000 MME
100mM Bis-Tris, pH 6.5
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.237 |
| 5UND Crystal Structure of CTCF(ZnF 4-10) With 28-mer DNA 提交 2017-01-30 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
348–547（200 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；28% PEG 2000 MME
100mM Bis-Tris, pH 6.5
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.237 |
| 5YEF Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE 提交 2017-09-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
292–490（199 aa）
片段：UNP residues 292-490
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.254 |
| 5YEF Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE 提交 2017-09-17 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
292–490（199 aa）
片段：UNP residues 292-490
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.254 |
| 5YEF Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE 提交 2017-09-17 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 G
292–490（199 aa）
片段：UNP residues 292-490
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.254 |
| 5YEF Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE 提交 2017-09-17 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 J
292–490（199 aa）
片段：UNP residues 292-490
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.254 |
| 5YEG Crystal structure of CTCF ZFs4-8-Hs5-1a complex 提交 2017-09-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
349–490（142 aa）
片段：UNP residues 349-490
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289.15 K；0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2M Sodium chloride, 17-24% PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.204 |
| 5YEG Crystal structure of CTCF ZFs4-8-Hs5-1a complex 提交 2017-09-17 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
349–489（141 aa）
片段：UNP residues 349-489
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289.15 K；0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2M Sodium chloride, 17-24% PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.204 |
| 5YEH Crystal structure of CTCF ZFs4-8-eCBS 提交 2017-09-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
349–490（142 aa）
片段：UNP residues 349-490
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.270 |
| 5YEH Crystal structure of CTCF ZFs4-8-eCBS 提交 2017-09-17 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
349–490（142 aa）
片段：UNP residues 349-490
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.270 |
| 5YEL Crystal structure of CTCF ZFs6-11-gb7CSE 提交 2017-09-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
405–580（176 aa）
片段：UNP residues 405-580
|
突变：C504S | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.1M Sodium chloride, 17-20% PEG3350
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.286 |
| 5YEL Crystal structure of CTCF ZFs6-11-gb7CSE 提交 2017-09-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
405–580（176 aa）
片段：UNP residues 405-580
|
突变：C504S | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.1M Sodium chloride, 17-20% PEG3350
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.286 |
| 6QNX Structure of the SA2/SCC1/CTCF complex 提交 2019-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
222–231（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K
|
分辨率 2.70 Å |
| 7W1M Cryo-EM structure of human cohesin-CTCF-DNA complex 提交 2021-11-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–727（727 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 8SSQ ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-4 提交 2023-05-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
319–606（288 aa）
片段：Zinc finger domains 3-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium malonate pH 5.0,
15-22% w/v PEG 3,350
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.271 |
| 8SSQ ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-4 提交 2023-05-08 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
319–606（288 aa）
片段：Zinc finger domains 3-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium malonate pH 5.0,
15-22% w/v PEG 3,350
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.271 |
| 8SSR ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-20 提交 2023-05-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
319–606（288 aa）
片段：Zinc finger domains 3-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20-25%% w/v PEG 3,350,
0.1 M BIS-TRIS pH 5.0-6.5,
0.05-0.20M NaCl
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.284 |
| 8SSR ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 35mer DNA 35-20 提交 2023-05-08 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
319–606（288 aa）
片段：Zinc finger domains 3-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20-25%% w/v PEG 3,350,
0.1 M BIS-TRIS pH 5.0-6.5,
0.05-0.20M NaCl
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.284 |
| 8SSS ZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 23mer 提交 2023-05-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
263–465（203 aa）
片段：Zinc finger domains 1-7
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；26.5% PEG3350,
0.26M DL-Malic acid 7.0
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.231 |
| 8SSS ZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 23mer 提交 2023-05-08 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
263–465（203 aa）
片段：Zinc finger domains 1-7
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；26.5% PEG3350,
0.26M DL-Malic acid 7.0
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.231 |
| 8SST ZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) K365T Mutant Complexed with 23mer 提交 2023-05-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
263–465（203 aa）
片段：Zinc finger domains 1-7
|
突变：K365T | ZN ZINC ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium acetate,
0.1 M BIS-TRIS pH 5.5,
25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.243 |
| 8SST ZnFs 1-7 of CCCTC-binding factor (CTCF) K365T Mutant Complexed with 23mer 提交 2023-05-08 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
263–465（203 aa）
片段：Zinc finger domains 1-7
|
突变：K365T | ZN ZINC ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium acetate,
0.1 M BIS-TRIS pH 5.5,
25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.243 |
| 8SSU ZnFs 3-11 of CCCTC-binding factor (CTCF) Complexed with 19mer DNA 提交 2023-05-08 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
320–582（263 aa）
片段：Zinc finger domains 3-11 of CTCF, Residues 195-258 of LDB1
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.04 M Citric acid,
0.06 M BIS-TRIS propane/pH 6.4,
20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.240 |