当前蛋白身份：P53165
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2LO3 Solution structure of Sgf73(59-102) zinc finger domain 提交 2012-01-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
59–102（44 aa）
片段：UNP residues 59-102
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.175；压力 ambient
NMR样品组成
0.2 mM [U-98% 15N] sgf73, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 mM TCEP, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] sgf73, 20 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM [U-98% 15N] sgf73, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 mM TCEP, 100 % D2O, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3M99 Structure of the Ubp8-Sgf11-Sgf73-Sus1 SAGA DUB module 提交 2010-03-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–104（104 aa）
片段：UNP RESIDUES: 1-104
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未记录 | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.2M ammonium citrate, 18% PEG 3,350, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.300 |
| 3MHH Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2010-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–96（96 aa）
片段：residues 1-96
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未记录 | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1 M Na Citrate (5.2),
16% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.273 |
| 3MHS Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module bound to ubiquitin aldehyde 提交 2010-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–96（96 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Hepes pH 6.5,
10% (w/v) PEG 8000,
20% (v/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.208 |
| 4FIP Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
1–96（96 aa）
片段：UNP Residues 1-96
链 H
1–96（96 aa）
片段：UNP Residues 1-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；14% PEG3350, 0.18-0.22 M Tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.264 |
| 4FJC Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
1–96（96 aa）
片段：UNP Residues 1-96
链 H
1–96（96 aa）
片段：UNP Residues 1-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；14% PEG3350, 0.18-0.22 M tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.276 |
| 4FK5 Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–96（96 aa）
片段：UNP Residues 1-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；sodium citrate pH 5.2, 16% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.212 |
| 4W4U Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution 提交 2014-08-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–96（96 aa）
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突变：Y57A | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.241 |
| 4W4U Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution 提交 2014-08-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
1–96（96 aa）
|
突变：Y57A | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.241 |
| 4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–96（96 aa）
|
突变：N59D | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.244 |
| 4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
1–96（96 aa）
|
突变：N59D | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.244 |
| 4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 E
1–96（96 aa）
链 H
1–96（96 aa）
|
突变：N59D 突变：N59D | ZN ZINC ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.244 |
| 4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–104（104 aa）
链 d
1–104（104 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.256 |
| 4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 i
1–104（104 aa）
链 n
1–104（104 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.256 |
| 6AQR SAGA DUB module Ubp8(C146A)/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to monoubiquitin 提交 2017-08-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–96（96 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0
17% PEG3350
0.1 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.249 |
| 6T9I cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA 提交 2019-10-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–657（657 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
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分辨率 3.90 Å |
| 6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–657（657 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.30 Å |
| 6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–657（657 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.60 Å |