当前蛋白身份：P55072
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10QQ Structure of human VCP/p97 dodecamer bound to ADP (DMSO control) 提交 2026-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 24 MG MAGNESIUM ION × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES-KOH pH 7.4, 100 mM KOAc, 10mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.13 Å |
| 10QR Structure of human VCP/p97 hexamer bound to ADP (DMSO control) 提交 2026-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES-KOH pH 7.4, 100mM KOAc, 10mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 11TA Cryo-EM structure of substrate engaged p97-Ufd1-NPL4-Faf1 complex (motor focused) 提交 2026-03-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；50 mM HEPES, pH 7.6, 150 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 11VE Cryo-EM structure of substrate engaged p97-Ufd1-NPL4-Faf1 complex (State1) 提交 2026-03-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 3EBB PLAP/P97 complex 提交 2008-08-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
797–806（10 aa）
片段：C-TERMINAL PEPTIDE, residues 797-806
链 F
797–806（10 aa）
片段：C-TERMINAL PEPTIDE, residues 797-806
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 4000, 0.1 M TRIS, PH 8.50, 0.2 M MGCL2, , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.248 |
| 3EBB PLAP/P97 complex 提交 2008-08-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
797–806（10 aa）
片段：C-TERMINAL PEPTIDE, residues 797-806
链 H
797–806（10 aa）
片段：C-TERMINAL PEPTIDE, residues 797-806
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 4000, 0.1 M TRIS, PH 8.50, 0.2 M MGCL2, , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.248 |
| 3HU1 Structure of p97 N-D1 R95G mutant in complex with ATPgS 提交 2009-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 B
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 C
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 D
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 E
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 F
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
|
突变：R95G 突变：R95G 突变：R95G 突变：R95G 突变：R95G 突变：R95G | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；288 K；100mM NaCl, 4% benzamidine, 100mM citrate, pH 5.8, 16.5% PEG3350 and 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.271 |
| 3HU2 Structure of p97 N-D1 R86A mutant in complex with ATPgS 提交 2009-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 B
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 C
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 D
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 E
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 F
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
|
突变：R86G 突变：R86G 突变：R86G 突变：R86G 突变：R86G 突变：R86G | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；288 K；100mM NaCl, 4% benzamidine, 100mM citrate, pH 5.8, 16.5% PEG3350 and 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.290 |
| 3HU3 Structure of p97 N-D1 R155H mutant in complex with ATPgS 提交 2009-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
链 B
1–481（481 aa）
片段：residues 1-481
|
突变：R155H 突变：R155H | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；288 K；100mM citrate buffer pH 5.6, 6% benzamidine, 7% PEG3350, and 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.193 |
| 3QC8 Crystal Structure of FAF1 UBX Domain In Complex with p97/VCP N Domain Reveals The Conserved FcisP Touch-Turn Motif of UBX Domain Suffering Conformational Change 提交 2011-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–196（176 aa）
片段：N domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；25%(w/v) PEG3350, 0.2M MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.250 |
| 3QQ7 Crystal Structure of the p97 N-terminal domain 提交 2011-02-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–187（186 aa）
片段：unp residues 2-187
|
未记录 | HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 CO COBALT (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；1 M Hexanediol, 0.1 M Na-acetate, 0.01 M CoCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.235 |
| 3QQ8 Crystal structure of p97-N in complex with FAF1-UBX 提交 2011-02-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–187（186 aa）
片段：unp residues 2-187
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；16-20% PEG MME 2000, 0.2 M Trimethyl-N-oxide, 0.1 M Tris, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.210 |
| 3QWZ Crystal structure of FAF1 UBX-p97N-domain complex 提交 2011-02-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–208（208 aa）
片段：UNP residues 1-208
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；295 K；30% PEG 3000, 0.1M sodium acetate, 1M lithium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.249 |
| 3QWZ Crystal structure of FAF1 UBX-p97N-domain complex 提交 2011-02-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–208（208 aa）
片段：UNP residues 1-208
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；295 K；30% PEG 3000, 0.1M sodium acetate, 1M lithium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.249 |
| 3TIW Crystal structure of p97N in complex with the C-terminus of gp78 提交 2011-08-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–187（187 aa）
片段：unp residues 1-187
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；18-22% (w/v) polyethylene glycol 3000, 0.2 M NaCl and 100 mM Tris pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.171 |
| 3TIW Crystal structure of p97N in complex with the C-terminus of gp78 提交 2011-08-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–187（187 aa）
片段：unp residues 1-187
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；18-22% (w/v) polyethylene glycol 3000, 0.2 M NaCl and 100 mM Tris pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.171 |
| 4KDI Crystal structure of p97/VCP N in complex with OTU1 UBXL 提交 2013-04-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–196（176 aa）
片段：N domain (Residues 21-185)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；20% PEG 2000, 10% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.257 |
| 4KDI Crystal structure of p97/VCP N in complex with OTU1 UBXL 提交 2013-04-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
21–196（176 aa）
片段：N domain (Residues 21-185)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；20% PEG 2000, 10% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.257 |
| 4KDL Crystal structure of p97/VCP N in complex with OTU1 UBXL 提交 2013-04-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
21–196（176 aa）
片段：N domain (Residues 23-196)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；14% PEG 4000, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.213 |
| 4KDL Crystal structure of p97/VCP N in complex with OTU1 UBXL 提交 2013-04-25 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–196（176 aa）
片段：N domain (Residues 23-196)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；14% PEG 4000, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.213 |
| 4KLN Structure of p97 N-D1 A232E mutant in complex with ATPgS 提交 2013-05-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 B
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 C
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 D
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 E
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 F
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
|
突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；288 K；0.1M citrate, pH 5.8, 0.3M NaCl, 13.6% PEG 3350, 20% glycerol, 0.525% benzamidine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.289 |
| 4KO8 Structure of p97 N-D1 R155H mutant in complex with ATPgS 提交 2013-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 B
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
|
突变：R155H 突变：R155H | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；288 K；100mM citrate buffer pH 5.6, 6% benzamidine, 7% PEG3350, and 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.205 |
| 4KOD Structure of p97 N-D1 R155H mutant in complex with ADP 提交 2013-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 B
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 C
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 D
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 E
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 F
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
|
突变：R155HH 突变：R155HH 突变：R155HH 突变：R155HH 突变：R155HH 突变：R155HH | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；288 K；0.1M citrate, pH 5.8, 0.3M NaCl, 13.6% EPG 3350, 20% glycerol, 0.625% benzamidine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.291 |
| 4KOD Structure of p97 N-D1 R155H mutant in complex with ADP 提交 2013-05-11 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 H
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 I
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 J
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 K
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
链 L
1–481（481 aa）
片段：UNP residue 1-481
|
突变：R155HH 突变：R155HH 突变：R155HH 突变：R155HH 突变：R155HH 突变：R155HH | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；288 K；0.1M citrate, pH 5.8, 0.3M NaCl, 13.6% EPG 3350, 20% glycerol, 0.625% benzamidine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.291 |
| 4P0A Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with p97 PIM 提交 2014-02-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
797–806（10 aa）
片段：UNP Residues 797-806
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0,1M Tris, 20% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% Polyethyleneglycol 3350, pH 6.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.249 |
| 4P0A Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with p97 PIM 提交 2014-02-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
797–806（10 aa）
片段：UNP Residues 797-806
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0,1M Tris, 20% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% Polyethyleneglycol 3350, pH 6.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.249 |
| 5B6C Structural Details of Ufd1 binding to p97 提交 2016-05-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–191（171 aa）
片段：UNP residues 21-191
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；21%(w/v) PEG 8000, 2.9mM n-nonyl-beta-thiomaltoside, 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.200 |
| 5C18 p97-delta709-728 in complex with ATP-gamma-S 提交 2015-06-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 CL CHLORIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；6.5-7% PEG 4000, 0.4-0.6 M potassium acetate, 0.1 M MES pH 5.75
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.249 |
| 5C19 p97 variant 2 in the apo state 提交 2015-06-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D | SO4 SULFATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；12% PEG 4000, 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.302 |
| 5C1A p97-N750D/R753D/M757D/Q760D in complex with ATP-gamma-S 提交 2015-06-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；9-9.5% PEG 4000, 0.4-0.5 M magnesium acetate, 0.1 M sodium-citrate pH 5.6
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.254 |
| 5C1A p97-N750D/R753D/M757D/Q760D in complex with ATP-gamma-S 提交 2015-06-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
2–806（805 aa）
链 H
2–806（805 aa）
链 I
2–806（805 aa）
链 J
2–806（805 aa）
链 K
2–806（805 aa）
链 L
2–806（805 aa）
|
突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D 突变：N750D, R753D, M757D, Q760D | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；9-9.5% PEG 4000, 0.4-0.5 M magnesium acetate, 0.1 M sodium-citrate pH 5.6
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.254 |
| 5C1B p97-delta709-728 in complex with a UFD1-SHP peptide 提交 2015-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion 突变：709-728 deletion | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 CL CHLORIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；6.5-7% PEG 4000, 0.4-0.6 M potassium acetate, 0.1 M MES pH 5.75
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.240 |
| 5DYG Structure of p97 N-D1 L198W mutant in complex with ADP 提交 2015-09-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–460（460 aa）
片段：UNP residues 1-460
|
突变：L198W | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；3.7 M sodium formate, pH 6.0, 8 % glycerol
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.258 |
| 5DYI Structure of p97 N-D1 wild-type in complex with ADP 提交 2015-09-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 B
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 C
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 D
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 E
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 F
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；0.1 M sodium citrate, pH 6.0, 0.3 M NaCl, 15.2 % PEG3350, 20 % glycerol, 2 % benzamidine
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 5DYI Structure of p97 N-D1 wild-type in complex with ADP 提交 2015-09-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 H
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 I
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 J
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 K
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
链 L
1–481（481 aa）
片段：UNP residues 1-481
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；0.1 M sodium citrate, pH 6.0, 0.3 M NaCl, 15.2 % PEG3350, 20 % glycerol, 2 % benzamidine
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 5EPP Structural Insights into the Interaction of p97 N-terminus Domain and VBM Motif in Rhomboid Protease, RHBDL4 提交 2015-11-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–199（179 aa）
片段：UNP RESIDUES 21-199
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 6.5, 0.2 M Sodium Acetate
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.209 |
| 5FTJ Cryo-EM structure of human p97 bound to UPCDC30245 inhibitor 提交 2016-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 OJA 1-(3-(5-FLUORO-1H-INDOL-2-YL)PHENYL)PIPERIDIN-4-YL)(2-(4-ISOPROPYL-PIPERAZIN1-YL)ETHYL)-CARBAMATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP；pH 8；25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90.15, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING.
|
分辨率 2.30 Å |
| 5FTK Cryo-EM structure of human p97 bound to ADP 提交 2016-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP；pH 8；25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90.15, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING.
|
分辨率 2.40 Å |
| 5FTL Cryo-EM structure of human p97 bound to ATPgS (Conformation I) 提交 2016-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP；pH 8；25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90.15, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING.
|
分辨率 3.30 Å |
| 5FTM Cryo-EM structure of human p97 bound to ATPgS (Conformation II) 提交 2016-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP；pH 8；25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90.15, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING.
|
分辨率 3.20 Å |
| 5FTN Cryo-EM structure of human p97 bound to ATPgS (Conformation III) 提交 2016-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP；pH 8；25 MM TRIS, 150 MM NACL, 1 MM MGCL2, 1.0 MM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90.15, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING.
|
分辨率 3.30 Å |
| 5GLF Structural insights into the interaction of p97 N-terminal domain and SHP motif in Derlin-1 rhomboid pseudoprotease 提交 2016-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
21–199（179 aa）
片段：P97 N-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 21-199)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M
MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.230 |
| 5GLF Structural insights into the interaction of p97 N-terminal domain and SHP motif in Derlin-1 rhomboid pseudoprotease 提交 2016-07-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
21–199（179 aa）
片段：P97 N-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 21-199)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M
MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.230 |
| 5GLF Structural insights into the interaction of p97 N-terminal domain and SHP motif in Derlin-1 rhomboid pseudoprotease 提交 2016-07-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
21–199（179 aa）
片段：P97 N-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 21-199)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M
MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.230 |
| 5GLF Structural insights into the interaction of p97 N-terminal domain and SHP motif in Derlin-1 rhomboid pseudoprotease 提交 2016-07-11 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
21–199（179 aa）
片段：P97 N-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 21-199)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M
MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.230 |
| 5IFS Quantitative interaction mapping reveals an extended ubiquitin regulatory domain in ASPL that disrupts functional p97 hexamers and induces cell death 提交 2016-02-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–481（481 aa）
链 D
1–481（481 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；23% PEG3350, 0.3M LiSO4, 0.1M Hepes pH 7.0
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.251 |
| 5IFW Quantitative interaction mapping reveals an extended ubiquitin regulatory domain in ASPL that disrupts functional p97 hexamers and induces cell death 提交 2016-02-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
2–806（805 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.261 |
| 5KIW p97 ND1-L198W in complex with VIMP 提交 2016-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–460（460 aa）
片段：N-terminal residues 1-460
链 B
1–460（460 aa）
片段：N-terminal residues 1-460
|
突变：L198W 突变：L198W | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris, pH 8, 15 % ethanol, 100 mM NaCl, 7 % MPD
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.294 |
| 5KIY p97 ND1-A232E in complex with VIMP 提交 2016-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–460（460 aa）
片段：N-terminal residues 1-460
|
突变：A232E | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.1 M Tris, pH 8, 6-7 % ethanol, 100 mM NaCl, 3.6-4.2 % MPD
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.256 |
| 5X4L Crystal structure of the UBX domain of human UBXD7 in complex with p97 N domain 提交 2017-02-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–196（174 aa）
片段：UNP residues 23-196
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；289 K；0.2M Calcium acetate hydrate pH7.5, 20% v/v PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 5X4L Crystal structure of the UBX domain of human UBXD7 in complex with p97 N domain 提交 2017-02-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
23–196（174 aa）
片段：UNP residues 23-196
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；289 K；0.2M Calcium acetate hydrate pH7.5, 20% v/v PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.234 |
| 6G2V Crystal structure of the p97 D2 domain in a helical split-washer conformation 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
462–764（303 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.08M L-Na-Glutamate; 0.08M Alanine (racemic); 0.08M Glycine; 0.08M Lysine HCl (racemic); 0.08M Serine (racemic), 0.08M Tris, 0.08M BICINE, 10% v/v MPD; 10% PEG 1000; 10% w/v PEG 3350 at pH 8.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 6G2W Crystal structure of the p97 D2 domain in a helical split-washer conformation 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
462–764（303 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 AWD ~{N}-(4-fluorophenyl)-4-methyl-piperazine-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.08M L-Na-Glutamate; 0.08M Alanine (racemic); 0.08M Glycine; 0.08M Lysine HCl (racemic); 0.08M Serine (racemic), 0.08M Tris, 0.08M BICINE, 10% v/v MPD; 10% PEG 1000; 10% w/v PEG 3350 at pH 8.5
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.324 |
| 6G2X Crystal structure of the p97 D2 domain in a helical split-washer conformation 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
462–764（303 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EJQ ~{N}-(4-fluorophenyl)-2-pyrrolidin-1-yl-ethanamide × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.08M L-Na-Glutamate; 0.08M Alanine (racemic); 0.08M Glycine; 0.08M Lysine HCl (racemic); 0.08M Serine (racemic), 0.08M Tris, 0.08M BICINE, 10% v/v MPD; 10% PEG 1000; 10% w/v PEG 3350 at pH 8.5
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.245 |
| 6G2Y Crystal structure of the p97 D2 domain in a helical split-washer conformation 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
462–764（303 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 ELQ [3,4-bis(fluoranyl)phenyl]-(4-methylpiperazin-1-yl)methanone × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；0.08M L-Na-Glutamate; 0.08M Alanine (racemic); 0.08M Glycine; 0.08M Lysine HCl (racemic); 0.08M Serine (racemic), 0.08M Tris, 0.08M BICINE, 10% v/v MPD; 10% PEG 1000; 10% w/v PEG 3350 at pH 8.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.247 |
| 6G2Z Crystal structure of the p97 D2 domain in a helical split-washer conformation 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
462–764（303 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 EJW (3-phenyl-1,2-oxazol-5-yl)methylazanium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.08M L-Na-Glutamate; 0.08M Alanine (racemic); 0.08M Glycine; 0.08M Lysine HCl (racemic); 0.08M Serine (racemic), 0.08M Tris, 0.08M BICINE, 10% v/v MPD; 10% PEG 1000; 10% w/v PEG 3350 at pH 8.5
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.247 |
| 6G30 Crystal structure of the p97 D2 domain in a helical split-washer conformation 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
462–764（303 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 ELN ~{N}-(4-chlorophenyl)-2-cyano-ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.08M L-Na-Glutamate; 0.08M Alanine (racemic); 0.08M Glycine; 0.08M Lysine HCl (racemic); 0.08M Serine (racemic), 0.08M Tris, 0.08M BICINE, 10% v/v MPD; 10% PEG 1000; 10% w/v PEG 3350 at pH 8.5
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.273 |
| 6HD0 Common mode of remodeling AAA ATPases p97/CDC48 by their disassembly cofactors ASPL/PUX1 提交 2018-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–481（481 aa）
链 B
1–481（481 aa）
链 C
1–481（481 aa）
链 T
1–481（481 aa）
链 U
1–481（481 aa）
链 V
1–481（481 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；6% (v/v) PEG1500, 0.2M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.0
|
分辨率 3.73 Å R-free 0.253 |
| 6MCK p97 D1D2 with CB5083 bound 提交 2018-08-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
210–806（597 aa）
链 B
210–806（597 aa）
链 C
210–806（597 aa）
链 D
210–806（597 aa）
链 E
210–806（597 aa）
链 F
210–806（597 aa）
链 G
210–806（597 aa）
链 H
210–806（597 aa）
链 I
210–806（597 aa）
链 J
210–806（597 aa）
链 K
210–806（597 aa）
链 L
210–806（597 aa）
|
未记录 | JDP 1-[4-(benzylamino)-7,8-dihydro-5H-pyrano[4,3-d]pyrimidin-2-yl]-2-methyl-1H-indole-4-carboxamide × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；289 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.5, 250 mM Tri-sodium citrate and 15 % PEG3350
|
分辨率 3.77 Å R-free 0.265 |
| 7BP8 Human AAA+ ATPase VCP mutant - T76A, ADP-bound form 提交 2020-03-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：T76A 突变：T76A 突变：T76A 突变：T76A 突变：T76A 突变：T76A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7BP9 Human AAA+ ATPase VCP mutant - T76E, ADP-bound form 提交 2020-03-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：T76E 突变：T76E 突变：T76E 突变：T76E 突变：T76E 突变：T76E | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7BPA Human AAA+ ATPase VCP mutant - T76A, AMP-PNP-bound form, Conformation I 提交 2020-03-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：T76A 突变：T76A 突变：T76A 突变：T76A 突变：T76A 突变：T76A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7BPB Human AAA+ ATPase VCP mutant - T76E, AMP-PNP bound form, Conformation I 提交 2020-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：T76E 突变：T76E 突变：T76E 突变：T76E 突变：T76E 突变：T76E | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7JY5 Structure of human p97 in complex with ATPgammaS and Npl4/Ufd1 (masked around p97) 提交 2020-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 12 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 7K56 Structure of VCP dodecamer purified from H1299 cells 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20mM Hepes pH7.4, 150mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5ul sample was applied to a lacy carbon grid coated with graphene oxide. 7 seconds blot with filter paper was performed using Gatan Cp3.
|
分辨率 3.90 Å |
| 7K57 Structure of apo VCP dodecamer generated from bacterially recombinant VCP/p97 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20mM Hepes pH7.4, 150mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5ul sample was applied to a lacy carbon grid coated with graphene oxide. 7 seconds blot with filter paper was performed using Gatan Cp3.
|
分辨率 3.70 Å |
| 7K59 Structure of apo VCP hexamer generated from bacterially recombinant VCP/p97 提交 2020-09-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20mM Hepes pH7.4, 150mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5ul sample was applied to a lacy carbon grid coated with graphene oxide. 7 seconds blot with filter paper was performed using Gatan Cp3.
|
分辨率 4.20 Å |
| 7L5W p97-R155H mutant dodecamer I 提交 2020-12-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grid was blotted for 6 seconds.
|
分辨率 3.34 Å |
| 7L5X p97-R155H mutant dodecamer II 提交 2020-12-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grid was blotted for 6 seconds.
|
分辨率 6.10 Å |
| 7LMY Cryo-EM structure of human p97 in complex with NMS-873 in the presence of ATP, Npl4/Ufd1, and Ub6 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 Y6Y 3-[3-cyclopentylsulfanyl-5-[[3-methyl-4-(4-methylsulfonylphenyl)phenoxy]methyl]-1,2,4-triazol-4-yl]pyridine × 6 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 7LMZ Cryo-EM structure of human p97 in complex with Npl4/Ufd1 and Ub6 (Class 1) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 7LN0 Cryo-EM structure of human p97 in complex with Npl4/Ufd1 and Ub6 (Class 2) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 7LN1 Cryo-EM structure of human p97 in complex with Npl4/Ufd1 and Ub6 (Class 3) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7LN2 Cryo-EM structure of human p97 in complex with Npl4/Ufd1 and polyubiquitinated Ub-Eos (FOM, Class 1) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.63 Å |
| 7LN3 Cryo-EM structure of human p97 in complex with Npl4/Ufd1 and polyubiquitinated Ub-Eos (FOM, Class 2) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7LN4 Cryo-EM structure of human p97 in complex with Npl4/Ufd1 and polyubiquitinated Ub-Eos (FOM, Class 3) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7LN5 Cryo-EM structure of human p97 in complex with Npl4/Ufd1 and polyubiquitinated Ub-Eos (CHAPSO, Class 1, Close State) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 7LN6 Cryo-EM structure of human p97 in complex with Npl4/Ufd1 and polyubiquitinated Ub-Eos (CHAPSO, Class 2, Open State) 提交 2021-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q 突变：A232E/E578Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 7MDM Structure of human p97 ATPase L464P mutant 提交 2021-04-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.86 Å |
| 7MDO Structure of human p97 ATPase L464P mutant 提交 2021-04-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å |
| 7MHS Structure of p97 (subunits A to E) with substrate engaged 提交 2021-04-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7OAT Structural basis for targeted p97 remodelling by ASPL as prerequisite for p97 trimethylation by METTL21D 提交 2021-04-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
2–480（479 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16% PEG 8000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M MES (pH 6.5)
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.270 |
| 7PUX Structure of p97 N-D1(L198W) in complex with Fragment TROLL2 提交 2021-10-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–460（460 aa）
|
突变：L198W | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 FMT FORMIC ACID × 96 6LY (1S)-2-amino-1-(4-bromophenyl)ethan-1-ol × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 NA SODIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；Natriumformiat (pH 6.0) 4.0 M
Glycerol (v/v) 10 %
PEG 600 (v/v) 5 %
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.235 |
| 7R7S p47-bound p97-R155H mutant with ATPgammaS 提交 2021-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grid was blotted for 6 seconds.
|
分辨率 4.23 Å |
| 7R7T p47-bound p97-R155H mutant with ADP 提交 2021-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grid was blotted for 6 seconds.
|
分辨率 4.50 Å |
| 7R7U D1 and D2 domain structure of the p97(R155H)-p47 complex 提交 2021-06-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7RL6 Cryo-EM structure of human p97-R155H mutant bound to ADP. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7RL7 Cryo-EM structure of human p97-R155H mutant bound to ATPgS. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ATPgS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7RL9 Cryo-EM structure of human p97-R191Q mutant bound to ADP. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：R191Q 突变：R191Q 突变：R191Q 突变：R191Q 突变：R191Q 突变：R191Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7RLA Cryo-EM structure of human p97-R191Q mutant bound to ATPgS. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：R191Q 突变：R191Q 突变：R191Q 突变：R191Q 突变：R191Q 突变：R191Q | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ATPgS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7RLB Cryo-EM structure of human p97-A232E mutant bound to ADP 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7RLC Cryo-EM structure of human p97-A232E mutant bound to ATPgS. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E 突变：A232E | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ADP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7RLD Cryo-EM structure of human p97-E470D mutant bound to ADP. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：E470D 突变：E470D 突变：E470D 突变：E470D 突变：E470D 突变：E470D | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7RLF Cryo-EM structure of human p97-E470D mutant bound to ATPgS. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：E470D 突变：E470D 突变：E470D 突变：E470D 突变：E470D 突变：E470D | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ATPgS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7RLG Cryo-EM structure of human p97-D592N mutant bound to ADP. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
突变：D592N 突变：D592N 突变：D592N 突变：D592N 突变：D592N 突变：D592N | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7RLH Cryo-EM structure of human p97-D592N mutant bound to ATPgS. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：D592N 突变：D592N 突变：D592N 突变：D592N 突变：D592N 突变：D592N | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ATPgS.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7RLI Cryo-EM structure of human p97 bound to CB-5083 and ADP. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
链 G
2–806（805 aa）
链 H
2–806（805 aa）
链 I
2–806（805 aa）
链 J
2–806（805 aa）
链 K
2–806（805 aa）
链 L
2–806（805 aa）
|
未记录 | JDP 1-[4-(benzylamino)-7,8-dihydro-5H-pyrano[4,3-d]pyrimidin-2-yl]-2-methyl-1H-indole-4-carboxamide × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer and CB-5083
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7RLJ Cryo-EM structure of human p97 bound to CB-5083 and ATPgS. 提交 2021-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
21–775（755 aa）
链 B
21–775（755 aa）
链 C
21–775（755 aa）
链 D
21–775（755 aa）
链 E
21–775（755 aa）
链 F
21–775（755 aa）
链 G
21–775（755 aa）
链 H
21–775（755 aa）
链 I
21–775（755 aa）
链 J
21–775（755 aa）
链 K
21–775（755 aa）
链 L
21–775（755 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 JDP 1-[4-(benzylamino)-7,8-dihydro-5H-pyrano[4,3-d]pyrimidin-2-yl]-2-methyl-1H-indole-4-carboxamide × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Protein Storage Buffer with ATPgS and CB-5083.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7VCS Human p97 double hexamer conformer II with ATPgammaS bound 提交 2021-09-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 24 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 0.01% NP40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3ul sample was applied and the grids were blotted for 3.0 s under 100% humidity at 277K before being plunged into liquid ethane using a Mark IV Vitrobot (FEI).
|
分辨率 3.32 Å |
| 7VCT Human p97 single hexamer conformer III with D1-ATPgammaS and D2-ADP bound 提交 2021-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 0.01% NP40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3ul sample was applied and the grids were blotted for 3.0 s under 100% humidity at 277K before being plunged into liquid ethane using a Mark IV Vitrobot (FEI).
|
分辨率 3.21 Å |
| 7VCU Human p97 double hexamer conformer I with D1-ATPgammaS and D2-ADP bound 提交 2021-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 0.01% NP40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3ul sample was applied and the grids were blotted for 3.0 s under 100% humidity at 277K before being plunged into liquid ethane using a Mark IV Vitrobot (FEI).
|
分辨率 3.15 Å |
| 7VCV Human p97 single hexamer conformer I with ATPgammaS bound 提交 2021-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 0.01% NP40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3ul sample was applied and the grids were blotted for 3.0 s under 100% humidity at 277K before being plunged into liquid ethane using a Mark IV Vitrobot (FEI).
|
分辨率 3.21 Å |
| 7VCX Human p97 single hexamer conformer II with ATPgammaS bound 提交 2021-09-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 0.01% NP40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3ul sample was applied and the grids were blotted for 3.0 s under 100% humidity at 277K before being plunged into liquid ethane using a Mark IV Vitrobot (FEI).
|
分辨率 3.24 Å |
| 7WUB Cryo-EM structure of dodecamer P97 提交 2022-02-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
21–775（755 aa）
链 B
21–775（755 aa）
链 C
200–775（576 aa）
链 D
200–775（576 aa）
链 E
21–775（755 aa）
链 F
21–775（755 aa）
链 G
21–775（755 aa）
链 H
21–775（755 aa）
链 I
21–775（755 aa）
链 J
21–775（755 aa）
链 K
21–775（755 aa）
链 L
21–775（755 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 Y6Y 3-[3-cyclopentylsulfanyl-5-[[3-methyl-4-(4-methylsulfonylphenyl)phenoxy]methyl]-1,2,4-triazol-4-yl]pyridine × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7Y4W The cryo-EM structure of human ERAD retro-translocation complex 提交 2022-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
21–806（786 aa）
链 B
21–806（786 aa）
链 C
21–806（786 aa）
链 D
21–806（786 aa）
链 E
21–806（786 aa）
链 F
21–806（786 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 7Y53 The cryo-EM structure of human ERAD retro-translocation complex 提交 2022-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
21–806（786 aa）
链 B
21–806（786 aa）
链 C
21–806（786 aa）
链 D
21–806（786 aa）
链 E
21–806（786 aa）
链 F
21–806（786 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.61 Å |
| 7Y59 The cryo-EM structure of human ERAD retro-translocation complex 提交 2022-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
21–806（786 aa）
链 B
21–806（786 aa）
链 C
21–806（786 aa）
链 D
21–806（786 aa）
链 E
21–806（786 aa）
链 F
21–806（786 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.51 Å |
| 8B5R p97-p37-SPI substrate complex 提交 2022-09-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 8FCL Cryo-EM structure of p97:UBXD1 closed state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.51 Å |
| 8FCM Cryo-EM structure of p97:UBXD1 open state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.27 Å |
| 8FCN Cryo-EM structure of p97:UBXD1 VIM-only state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 2.95 Å |
| 8FCO Cryo-EM structure of p97:UBXD1 meta state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.31 Å |
| 8FCP Cryo-EM structure of p97:UBXD1 para state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.52 Å |
| 8FCQ Cryo-EM structure of p97:UBXD1 PUB-in state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.93 Å |
| 8FCR Cryo-EM structure of p97:UBXD1 H4-bound state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 4.12 Å |
| 8FCT Cryo-EM structure of p97:UBXD1 lariat mutant 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 4 sec, blot force 0
|
分辨率 3.42 Å |
| 8HL7 Crystal structure of p97 N/D1 in complex with a valosin-containing protein methyltransferase 提交 2022-11-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
23–458（436 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 FMT FORMIC ACID × 2 ACT ACETATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1M Na-HEPES (pH 7.5), 2 % (v/v) Tacsimate (pH 7.0), and 3 % (w/v) 6-aminohexanoic acid
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.261 |
| 8HRZ Crystal structure of the p97-N/D1 hexamer in complex with six p47-UBX domains 提交 2022-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
21–458（438 aa）
链 B
21–458（438 aa）
链 C
21–458（438 aa）
链 D
21–458（438 aa）
链 E
21–458（438 aa）
链 F
21–458（438 aa）
链 G
21–458（438 aa）
链 H
21–458（438 aa）
链 I
21–458（438 aa）
链 J
21–458（438 aa）
链 K
21–458（438 aa）
链 L
21–458（438 aa）
|
突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A 突变：E294A, K295A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；14% PEG 3350, 0.2M ammonium citrate tribasic (pH 7), 0.01M hexamine cobalt (III) chloride
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.256 |
| 8KG2 Crystal structure of p97-N/D1 hexamer in complex with FAF1-UBX domain 提交 2023-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
21–458（438 aa）
链 B
21–458（438 aa）
链 C
21–458（438 aa）
链 D
21–458（438 aa）
链 E
21–458（438 aa）
链 F
21–458（438 aa）
链 G
21–458（438 aa）
链 H
21–458（438 aa）
链 I
21–458（438 aa）
链 J
21–458（438 aa）
链 K
21–458（438 aa）
链 L
21–458（438 aa）
|
突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A 突变：E192A, D193A, E194A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；0.2M sodium acetate, 0.1M sodium citrate (pH 5.6), 5% polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.246 |
| 8OOI Full composite cryo-EM map of p97/VCP in ADP.Pi state 提交 2023-04-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 12 K POTASSIUM ION × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 8PQX p97 (VCP) mutant - F539A state III 提交 2023-07-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；pre-blotting incubation time of 20 seconds and blot for 2.0 seconds with -1 blot force
|
分辨率 3.30 Å |
| 8R0E p97 (VCP) mutant - F266A 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；pre-blotting incubation time of 20 secounds and blot for 3.5 seconds with -1 blot force
|
分辨率 2.70 Å |
| 8RS9 p97 (VCP) double mutant - F266A F539A 提交 2024-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；pre-blotting incubation time of 20 secounds and blot for 3.5 seconds with -1 blot force
|
分辨率 3.40 Å |
| 8RSB p97 (VCP) mutant - F539A ADP state 提交 2024-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；pre-blotting incubation time of 20 secounds and blot for 3.5 seconds with -1 blot force
|
分辨率 3.40 Å |
| 8RSC p97 (VCP) mutant - F539A 提交 2024-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；pre-blotting incubation time of 20 secounds and blot for 3.5 seconds with -1 blot force
|
分辨率 3.60 Å |
| 8UV2 Human p97/VCP structure with a triazole inhibitor (NSC799462/hexamer) 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 XKM 3-(2,6-difluoro-4-{[(4P)-5-{[(2S)-hexan-2-yl]sulfanyl}-4-(pyridin-3-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]methoxy}phenyl)prop-2-yn-1-yl (1-methylpiperidin-4-yl)carbamate × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 8UVO Human p97/VCP R155H mutant structure with a triazole inhibitor (NSC804515) 提交 2023-11-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 XNU N-[3-(2,5-difluoro-4-{[(4M)-5-(hexylsulfanyl)-4-(pyridin-3-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]methoxy}phenyl)prop-2-yn-1-yl]propanamide × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 8UVP Human p97/VCP R155H mutant structure with a triazole inhibitor (NSC819701/up) 提交 2023-11-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 XO8 2-[(4P)-4-(4-{[(4P)-5-(cyclohexylsulfanyl)-4-(pyridin-3-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]methoxy}-2,5-difluorophenyl)-2H-1,2,3-triazol-2-yl]-1-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]ethan-1-one × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8UVQ Human p97/VCP R155H mutant structure with a triazole inhibitor (NSC819701/down) 提交 2023-11-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H 突变：R155H | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 XO8 2-[(4P)-4-(4-{[(4P)-5-(cyclohexylsulfanyl)-4-(pyridin-3-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]methoxy}-2,5-difluorophenyl)-2H-1,2,3-triazol-2-yl]-1-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]ethan-1-one × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 8VKU Structure of VCP in complex with an ATPase activator (D2 domains only, hexameric form) 提交 2024-01-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | A1AC1 (3R)-N-[2-(ethylsulfanyl)phenyl]-3-(1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)butanamide × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM K.HEPES pH 7.5, 25 mM KCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM GSH, 0.5% DMSO, 0.01% FOM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VLS Structure of VCP in complex with an ATPase activator (D2 domains only, dodecameric form) 提交 2024-01-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
未记录 | A1AC1 (3R)-N-[2-(ethylsulfanyl)phenyl]-3-(1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)butanamide × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM K.HEPES pH 7.5, 25 mM KCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM GSH, 0.5% DMSO, 0.01% FOM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8VOV Structure of VCP in complex with an ATPase activator and ADP (D2 domains only, hexameric form) 提交 2024-01-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 A1AC1 (3R)-N-[2-(ethylsulfanyl)phenyl]-3-(1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)butanamide × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM K.HEPES pH 7.5, 25 mM KCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM GSH, 0.5% DMSO, 0.01% FOM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8YKA Cryo-EM structure of P97-VCPIP1 complex 提交 2024-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
12–775（764 aa）
链 B
12–775（764 aa）
链 C
12–775（764 aa）
链 D
12–775（764 aa）
链 E
12–775（764 aa）
链 F
12–775（764 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 9BOQ Human p97/VCP structure with a triazole inhibitor (NSC799462/dodecamer) 提交 2024-05-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 24 XKM 3-(2,6-difluoro-4-{[(4P)-5-{[(2S)-hexan-2-yl]sulfanyl}-4-(pyridin-3-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]methoxy}phenyl)prop-2-yn-1-yl (1-methylpiperidin-4-yl)carbamate × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 9DIL Cryo-EM structure of VCP/p97 in complex with VCPIP1 (VCIP135) 提交 2024-09-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9LLK The cryo-EM structure of the heterododecameric human Derlin-1/p97 complex 提交 2025-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
21–806（786 aa）
链 B
21–806（786 aa）
链 C
21–806（786 aa）
链 D
21–806（786 aa）
链 E
21–806（786 aa）
链 F
21–806（786 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 9MPQ Cryo-EM structure of VCP (consensus) 提交 2024-12-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 9MPR Cryo-EM structure of three VCPIP1 VCPIDs bound to VCP 提交 2024-12-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9MPS Cryo-EM structure of VCPIP1 VCPID bound to VCP D2 domain dimer (with extra D2 domain) 提交 2024-12-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9MPT Cryo-EM structure of VCPIP1 UBX domain bound to VCP N-domain (with D1 domain) 提交 2024-12-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9MPU Cryo-EM structure of p47 bound to VCP N-domain (with D1 domain) 提交 2024-12-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9MPV Cryo-EM structure of three VCPIP1 VCPIDs bound to VCP 提交 2024-12-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9MQ6 Cryo-EM structure of VCP/p97 and VCPIP1 (VCIP135) in the presence of AMPPNP 提交 2025-01-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9OHN Cryo-EM structure of human p97/VCP bound to inhibitor GND-135 提交 2025-05-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
2–806（805 aa）
链 B
2–806（805 aa）
链 C
2–806（805 aa）
链 D
2–806（805 aa）
链 E
2–806（805 aa）
链 F
2–806（805 aa）
链 G
2–806（805 aa）
链 H
2–806（805 aa）
链 I
2–806（805 aa）
链 J
2–806（805 aa）
链 K
2–806（805 aa）
链 L
2–806（805 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 A1CBF (1P)-1-{4-(benzylamino)-2-methyl-1-[2-(morpholin-4-yl)-2-oxoethyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-2-methyl-1H-indole-4-carboxamide × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.46 Å |
| 9Y03 Cryo-EM structure of human VCP/p97-R89W mutant bound to ADP 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.53 Å |
| 9Y04 Cryo-EM structure of human VCP/p97-R89W mutant bound to ATPgammaS 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.55 Å |
| 9Y05 Cryo-EM structure of human VCP/p97-R89W mutant bound to CB-5083 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W 突变：R89W | JDP 1-[4-(benzylamino)-7,8-dihydro-5H-pyrano[4,3-d]pyrimidin-2-yl]-2-methyl-1H-indole-4-carboxamide × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 9Y06 Cryo-EM structure of human VCP/p97-T122P mutant bound to ADP 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：T122P 突变：T122P 突变：T122P 突变：T122P 突变：T122P 突变：T122P | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 9Y07 Cryo-EM structure of human VCP/p97-T122P mutant bound to ATPgammaS 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：T122P 突变：T122P 突变：T122P 突变：T122P 突变：T122P 突变：T122P | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å |
| 9Y08 Cryo-EM structure of human VCP/p97-G128D mutant bound to ADP 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：G128D 突变：G128D 突变：G128D 突变：G128D 突变：G128D 突变：G128D | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9Y09 Cryo-EM structure of human VCP/p97-G128D mutant bound to ATPgS 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：G128D 突变：G128D 突变：G128D 突变：G128D 突变：G128D 突变：G128D | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.40 Å |
| 9Y0B Cryo-EM structure of human VCP/p97-G156D mutant bound to ADP 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：G156D 突变：G156D 突变：G156D 突变：G156D 突变：G156D 突变：G156D | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.61 Å |
| 9Y0C Cryo-EM structure of human VCP/p97-G156D mutant bound to ATPgammaS 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
|
突变：G156D 突变：G156D 突变：G156D 突变：G156D 突变：G156D 突变：G156D | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.61 Å |
| 9YP6 Structure of human VCP/p97 hexamer bound to ADP and UTE-156 提交 2025-10-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 A1CYL N-(3-{[(6P)-2-(methanesulfonyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrimidin-4-yl]amino}phenyl)prop-2-enamide × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；25 mM HEPES-KOH pH 7.4, 100 mM KOAc, 10mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9YP8 Structure of human VCP/p97 dodecamer bound to ADP and UTE-156 提交 2025-10-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
链 G
1–806（806 aa）
链 H
1–806（806 aa）
链 I
1–806（806 aa）
链 J
1–806（806 aa）
链 K
1–806（806 aa）
链 L
1–806（806 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 A1CYL N-(3-{[(6P)-2-(methanesulfonyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrimidin-4-yl]amino}phenyl)prop-2-enamide × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；25 mM HEPES-KOH pH 7.4, 100 mM KOAc, 10mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.40 Å |
| 9YRC p97Ufd1-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP 提交 2025-10-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
链 B
1–806（806 aa）
链 C
1–806（806 aa）
链 D
1–806（806 aa）
链 E
1–806（806 aa）
链 F
1–806（806 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.97 Å |
| 9YW2 Complex structure of human p97 bound to Faf1 and Ufd1 (NTD focused) 提交 2025-10-23 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–806（806 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.27 Å |