当前蛋白身份：P55265
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1QBJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZALPHA Z-DNA COMPLEX 提交 1999-04-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
133–209（77 aa）
片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA
链 B
133–209（77 aa）
片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION OVER 1.6 M (NH4)2SO4, 10 % GLYCEROL AT 24 DEGREES
CELSIUS, pH 5.6
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.265 |
| 1QBJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZALPHA Z-DNA COMPLEX 提交 1999-04-22 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
133–209（77 aa）
片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION OVER 1.6 M (NH4)2SO4, 10 % GLYCEROL AT 24 DEGREES
CELSIUS, pH 5.6
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.265 |
| 1QGP NMR STRUCTURE OF THE Z-ALPHA DOMAIN OF ADAR1, 15 STRUCTURES 提交 1999-05-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
125–201（77 aa）
片段：Z-ALPHA DOMAIN
|
突变：C125S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.137 M NACL；压力 1
NMR样品组成
NA-PHOSPHATE
|
分辨率未提供 |
| 1XMK The Crystal structure of the Zb domain from the RNA editing enzyme ADAR1 提交 2004-10-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
294–366（73 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 NI NICKEL (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9；312 K；PEG1000, Cadmium Chloride, Nickel Chloride, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 312K, pH 9.00
|
分辨率 0.97 Å R-free 0.183 |
| 2ACJ Crystal structure of the B/Z junction containing DNA bound to Z-DNA binding proteins 提交 2005-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain, ADAR1
链 B
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain, ADAR1
链 C
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain, ADAR1
链 D
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain, ADAR1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；22-23% MPD, 55-60mM sodium acetate, 15-16mM calsium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.285 |
| 2GXB Crystal Structure of The Za Domain bound to Z-RNA 提交 2006-05-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
140–202（63 aa）
片段：Za Domain
链 B
140–202（63 aa）
片段：Za Domain
|
未记录 | NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；292 K；40% PEG600, 100mM Sodium Acetate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 2L54 Solution structure of the Zalpha domain mutant of ADAR1 (N43A,Y47A) 提交 2010-10-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
136–198（63 aa）
片段：DRADA 1 domain, UNP residues 136-198
|
突变：N43A, Y47A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
50 mM sodium phosphate-1, 50 mM sodium chloride-2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MDR Solution structure of the third double-stranded RNA-binding domain (dsRBD3) of human adenosine-deaminase ADAR1 提交 2013-09-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
708–801（94 aa）
片段：UNP residues 708-801
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成
0.7-0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7-0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.7-0.9 mM [U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7-0.9 mM dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3F21 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CACGTG) 提交 2008-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
链 B
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.279 |
| 3F21 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CACGTG) 提交 2008-10-28 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.279 |
| 3F22 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGTACG) 提交 2008-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
链 B
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.269 |
| 3F22 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGTACG) 提交 2008-10-28 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.269 |
| 3F23 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGGCCG) 提交 2008-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
链 B
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.264 |
| 3F23 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGGCCG) 提交 2008-10-28 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
133–209（77 aa）
片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.264 |
| 3IRQ Crystal structure of a Z-Z junction 提交 2009-08-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain
链 B
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain
链 C
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain
链 D
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；17% PEG 2000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 3IRR Crystal Structure of a Z-Z junction (with HEPES intercalating) 提交 2009-08-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain
链 B
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain
链 C
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain
链 D
140–202（63 aa）
片段：Zalpha domain
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；16% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.283 |
| 5ZU1 Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
140–198（59 aa）
链 B
140–198（59 aa）
链 C
140–198（59 aa）
链 D
140–198（59 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 4.5；296 K；25% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100mM NaOAC, pH 4.5
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.280 |
| 5ZUO Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
140–202（63 aa）
链 B
140–202（63 aa）
链 C
140–202（63 aa）
链 D
140–202（63 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；296 K；20% dioxane, with microseeding of small crystals
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.301 |
| 5ZUP Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
140–202（63 aa）
链 B
140–202（63 aa）
链 C
140–202（63 aa）
链 D
140–202（63 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；296 K；25% ethylene glycol, with microseeding of small crystal
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 7C0I Crystal structure of chimeric mutant of E3L in complex with Z-DNA 提交 2020-05-01 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
169–184（16 aa）
链 A
192–193（2 aa）
链 A
195–195（1 aa）
链 B
169–184（16 aa）
链 B
192–193（2 aa）
链 B
195–195（1 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；Sodium citrate pH 4.0, Ammonium sulfate, ethylene glycol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.227 |
| 7C0I Crystal structure of chimeric mutant of E3L in complex with Z-DNA 提交 2020-05-01 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
169–184（16 aa）
链 C
192–193（2 aa）
链 C
195–195（1 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；Sodium citrate pH 4.0, Ammonium sulfate, ethylene glycol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.227 |
| 7C0J Crystal structure of chimeric mutant of GH5 in complex with Z-DNA 提交 2020-05-01 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
169–178（10 aa）
链 A
192–192（1 aa）
链 A
195–195（1 aa）
链 B
169–178（10 aa）
链 B
192–192（1 aa）
链 B
195–195（1 aa）
|
突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES pH 6.0, PEG 4000, ethylene glycol
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.248 |
| 7ZJ1 Crystal structure of ADAR1-dsRBD3 dimer 提交 2022-04-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
716–797（82 aa）
链 B
716–797（82 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；100 mM sodium citrate pH 4.0, 20% (w/v) PEG 6000, and 1.0 M LiCl
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.225 |
| 7ZLQ Crystal structure of ADAR1-dsRBD3 dimer in complex with dsRNA 提交 2022-04-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
716–797（82 aa）
链 B
716–797（82 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；50 mM sodium cacodylate, 5% (w/v) PEG 4000, 30 mM CaCl2, 230 mM KCl
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.266 |
| 8GBC Homo sapiens Zalpha mutant - N173S 提交 2023-02-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
140–202（63 aa）
|
突变：N173S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.4；277 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
2 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8GBD Homo sapiens Zalpha mutant - P193A 提交 2023-02-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
140–202（63 aa）
|
突变：P193A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.4；277 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
2 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9B83 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from human GLI1 gene 提交 2024-03-28 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
127–1226（1100 aa）
链 B
127–1226（1100 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9B84 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from HT2C gene 提交 2024-03-28 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
127–1226（1100 aa）
链 B
127–1226（1100 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9B89 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from HT2C gene in the pre-editing state 提交 2024-03-29 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
127–1226（1100 aa）
链 B
127–1226（1100 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |