当前蛋白身份：P63045
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1KIL Three-dimensional structure of the complexin/SNARE complex 提交 2001-12-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
28–92（65 aa）
片段：SNARE motif (29-93)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；27%(v/v) Iso-Propanol, 200mM MgCl2, 100mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.305 |
| 1N7S High Resolution Structure of a Truncated Neuronal SNARE Complex 提交 2002-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
28–89（62 aa）
片段：SBc
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, CaCl2, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4.0K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.224 |
| 1SFC NEURONAL SYNAPTIC FUSION COMPLEX 提交 1998-08-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–96（96 aa）
片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT
|
未记录 | SR STRONTIUM ION × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；35% MPD, 5% PEG350(MME), 25MM TRIS PH 7.0,. 70MM SRCL2, 250MM UREA, 7MM SARKOSYL
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.303 |
| 1SFC NEURONAL SYNAPTIC FUSION COMPLEX 提交 1998-08-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–96（96 aa）
片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT
|
未记录 | SR STRONTIUM ION × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；35% MPD, 5% PEG350(MME), 25MM TRIS PH 7.0,. 70MM SRCL2, 250MM UREA, 7MM SARKOSYL
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.303 |
| 1SFC NEURONAL SYNAPTIC FUSION COMPLEX 提交 1998-08-24 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
1–96（96 aa）
片段：PROTEOLYTICALLY PROTECTED FRAGMENT
|
未记录 | SR STRONTIUM ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；35% MPD, 5% PEG350(MME), 25MM TRIS PH 7.0,. 70MM SRCL2, 250MM UREA, 7MM SARKOSYL
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.303 |
| 2KOG lipid-bound synaptobrevin solution NMR structure 提交 2009-09-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–116（116 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；318 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] synaptobrevin-1, 200 mM DPC-2, 20 mM MES-3, 150 mM NaCl-4, 5 mM DTT-5, 1 mM EDTA-6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2N1T Dynamic binding mode of a synaptotagmin-1-SNARE complex in solution 提交 2015-04-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
25–93（69 aa）
片段：UNP residues 25-93
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
30 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 25 mM Tris-HCl, 125 mM KSCN, 1 mM CaCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3HD7 HELICAL EXTENSION OF THE NEURONAL SNARE COMPLEX INTO THE MEMBRANE, spacegroup C 1 2 1 提交 2009-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
30–116（87 aa）
片段：C-terminal fragment, UNP residues 30-116
|
未记录 | GGG glycylglycylglycine × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；29% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium chloride, 0.03M glycylglycylglycine, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.271 |
| 3HD7 HELICAL EXTENSION OF THE NEURONAL SNARE COMPLEX INTO THE MEMBRANE, spacegroup C 1 2 1 提交 2009-05-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
30–116（87 aa）
片段：C-terminal fragment, UNP residues 30-116
|
未记录 | GGG glycylglycylglycine × 1 SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；29% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium chloride, 0.03M glycylglycylglycine, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.271 |
| 3IPD Helical extension of the neuronal SNARE complex into the membrane, spacegroup I 21 21 21 提交 2009-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
30–116（87 aa）
片段：C-terminal fragment, UNP Residues 30-116
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；16% MPD, 0.1M TRIS, 0.05M MAGNESIUM CHLORIDE, 3% SORBITOL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.80 Å R-free 0.332 |
| 3IPD Helical extension of the neuronal SNARE complex into the membrane, spacegroup I 21 21 21 提交 2009-08-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
30–116（87 aa）
片段：C-terminal fragment, UNP Residues 30-116
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；16% MPD, 0.1M TRIS, 0.05M MAGNESIUM CHLORIDE, 3% SORBITOL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.80 Å R-free 0.332 |
| 3J96 Structure of 20S supercomplex determined by single particle cryoelectron microscopy (State I) 提交 2014-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 K
28–89（62 aa）
片段：UNP residues 28-89
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40；pH 8；50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 3.5 seconds before plunging；90 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 7.60 Å R-free 0.303 |
| 3J97 Structure of 20S supercomplex determined by single particle cryoelectron microscopy (State II) 提交 2014-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 K
28–89（62 aa）
片段：UNP residues 28-89
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40；pH 8；50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 3.5 seconds before plunging；90 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 7.80 Å R-free 0.311 |
| 3J98 Structure of 20S supercomplex determined by single particle cryoelectron microscopy (State IIIa) 提交 2014-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 K
28–89（62 aa）
片段：UNP residues 28-89
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40；pH 8；50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 3.5 seconds before plunging.；90 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 8.40 Å R-free 0.328 |
| 3J99 Structure of 20S supercomplex determined by single particle cryoelectron microscopy (State IIIb) 提交 2014-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 K
28–89（62 aa）
片段：UNP residues 28-89
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40；pH 8；50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM AMPPNP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 3.5 seconds before plunging.；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 8.20 Å R-free 0.304 |
| 5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
28–89（62 aa）
片段：UNP residues 28-89
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.352 |
| 5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
28–89（62 aa）
片段：UNP residues 28-89
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.352 |
| 5CCH Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
28–89（62 aa）
片段：UNP residues 28-89
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.289 |
| 5CCI Structure of the Mg2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
28–89（62 aa）
片段：UNP residues 28-89
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.75% v/v PEG3350, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.323 |
| 5W5C Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2AB complex 提交 2017-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
28–66（39 aa）
片段：UNP residues 29-66
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM HEPES, pH7.4, 15-20% PEG3350, 200 mM ammonium formate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.232 |
| 5W5D Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2B complex 提交 2017-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
28–66（39 aa）
片段：UNP residues 29-66
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH7.0, 15-17% PEG3350, 240 mM sodium malonate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.231 |
| 6A30 Crystal Structure of Munc13-1 MUN Domain and Synaptobrevin-2 Juxtamembrane Linker Region 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
87–92（6 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；PEG 3350, magnesium nitrate, 2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid (MES)
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.239 |
| 6IP1 alpha-SNAP-SNARE subcomplex in the whole 20S complex 提交 2018-11-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–94（94 aa）
片段：UNP residues 1-94
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6MDM The 20S supercomplex engaging the SNAP-25 N-terminus (class 1) 提交 2018-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 J
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging.
|
分辨率 4.40 Å |
| 6MDN The 20S supercomplex engaging the SNAP-25 N-terminus (class 2) 提交 2018-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 J
1–72（72 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging.
|
分辨率 4.40 Å |
| 6MTI Synaptotagmin-1 C2A, C2B domains and SNARE-pin proteins (5CCI) individually docked into Cryo-EM map of C2AB-SNARE complexes helically organized on lipid nanotube surface in presence of Mg2+ 提交 2018-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30） 与蛋白数一致 |
链 A
28–89（62 aa）
片段：residues 28-89
链 E
28–89（62 aa）
片段：residues 28-89
链 I
28–89（62 aa）
片段：residues 28-89
链 M
28–89（62 aa）
片段：residues 28-89
链 Q
28–89（62 aa）
片段：residues 28-89
链 U
28–89（62 aa）
片段：residues 28-89
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.40 Å |
| 6WVW Crystal structure of the R59P-SNAP25 containing SNARE complex 提交 2020-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
28–89（62 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM MES (pH 6.0), 100 mM CaCl2, 20-25% (v/v)
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.244 |
| 6WVW Crystal structure of the R59P-SNAP25 containing SNARE complex 提交 2020-05-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
28–89（62 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM MES (pH 6.0), 100 mM CaCl2, 20-25% (v/v)
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.244 |
| 7UDB Cryo-EM structure of a synaptobrevin-Munc18-1-syntaxin-1 complex class 2 提交 2022-03-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
29–83（55 aa）
|
突变：Q36C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |