当前蛋白身份：Q00534
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BI7 MECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUCTURE OF THE CDK6-P16INK4A TUMOR SUPPRESSOR COMPLEX 提交 1998-06-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–326（326 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.40 Å R-free 0.330 |
| 1BI8 MECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUCTURES CDK6-P19INK4D INHIBITOR COMPLEX 提交 1998-06-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–326（326 aa）
链 C
1–326（326 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.308 |
| 1BLX P19INK4D/CDK6 COMPLEX 提交 1998-07-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–326（326 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.253 |
| 1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–326（326 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.262 |
| 1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–326（326 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.262 |
| 1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–326（326 aa）
链 E
1–326（326 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.262 |
| 1G3N STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX 提交 2000-10-24 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–326（326 aa）
链 E
1–326（326 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；(NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.262 |
| 1JOW Crystal structure of a complex of human CDK6 and a viral cyclin 提交 2001-07-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–308（308 aa）
片段：residues 1-308
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris/HCL, sodium chloride, PEG 3350, calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.323 |
| 1XO2 Crystal structure of a human cyclin-dependent kinase 6 complex with a flavonol inhibitor, fisetin 提交 2004-10-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–308（308 aa）
|
未记录 | FSE 3,7,3',4'-TETRAHYDROXYFLAVONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å R-free 0.313 |
| 2EUF X-ray structure of human CDK6-Vcyclin in complex with the inhibitor PD0332991 提交 2005-10-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–308（308 aa）
片段：fragment 1-308
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 LQQ 6-ACETYL-8-CYCLOPENTYL-5-METHYL-2-[(5-PIPERAZIN-1-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；50 mM Tris/HCl pH 8.0, 0.1 M CaAcetate, 10% PEG3350, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.306 |
| 2F2C X-ray structure of human CDK6-Vcyclinwith the inhibitor aminopurvalanol 提交 2005-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–308（308 aa）
片段：fragment 1-308
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 AP9 (2S)-2-({6-[(3-AMINO-5-CHLOROPHENYL)AMINO]-9-ISOPROPYL-9H-PURIN-2-YL}AMINO)-3-METHYLBUTAN-1-OL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；50 mM Tris/HCl pH 8.0, 0.1 M CaOAc, 13% PEG 3350, 10 mM DTT, 0.1M sulfobetaine, 1mM inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.301 |
| 3NUP CDK6 (monomeric) in complex with inhibitor 提交 2010-07-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
片段：UNP residues 1-301
|
未记录 | 3NU 4-[3-(1-methylethyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrimidin-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；298 K；0.1M MES pH 6.0, 12% PEG3350, 0.1M NH4NO3, EVAPORATION, temperature 298K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.264 |
| 3NUX CDK6 (monomeric) in complex with inhibitor 提交 2010-07-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
片段：UNP residues 1-301
|
未记录 | 3NV 4-[5-chloro-3-(1-methylethyl)-1H-pyrazol-4-yl]-N-(5-piperazin-1-ylpyridin-2-yl)pyrimidin-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES pH 6.0, 12% PEG3350, 0.1M NH4NO3 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.266 |
| 4AUA Liganded X-ray crystal structure of cyclin dependent kinase 6 (CDK6) 提交 2012-05-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-301
|
未记录 | 4AU 1H-benzimidazol-2-yl(1H-pyrrol-2-yl)methanone × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.7；287 K；5MG/ML 0.1 M MES/NAOH PH 5.7,, 4.5% W/V PEG 3350, 25 MM SODIUM NITRATE, 10% V/V GLYCEROL, 10 DEGREES CELSIUS
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.277 |
| 4EZ5 CDK6 (monomeric) in complex with inhibitor 提交 2012-05-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
片段：UNP residues 1-301
|
未记录 | 0RS {5-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl}[2-(isoquinolin-4-yl)pyridin-4-yl]methanone × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES pH 6.0, 12% PEG-3350, 0.1M NH4NO3, EVAPORATION, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.287 |
| 4TTH Crystal structure of a CDK6/Vcyclin complex with inhibitor bound 提交 2014-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–326（326 aa）
|
未记录 | 24V 9-cyclopentyl-N-(5-piperazin-1-ylpyridin-2-yl)pyrido[4,5]pyrrolo[1,2-d]pyrimidin-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10 mM TRIS pH 7.9, 100 mM calcium acetate, 10 mM DTT, 8-12% PEG 3350, 100 mM NDSB-201
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.337 |
| 5L2I The X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Palbociclib. 提交 2016-08-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
片段：UNP residues 1-301
|
未记录 | LQQ 6-ACETYL-8-CYCLOPENTYL-5-METHYL-2-[(5-PIPERAZIN-1-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；1:1 (protein to well buffer) with well buffer containing: 0.1 M MES pH 6.0, 70 - 80 mM NH4NO3, 10 - 15% polyethyleneglycol 3350.
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.304 |
| 5L2S The X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Abemaciclib. 提交 2016-08-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
片段：UNP residues 1-301
|
未记录 | 6ZV N-{5-[(4-ethylpiperazin-1-yl)methyl]pyridin-2-yl}-5-fluoro-4-[4-fluoro-2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-benzimidazol-6-yl]py rimidin-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；1:1 (protein to well buffer) with well buffer containing: 0.1 M MES pH 6.0, 70 - 80 mM NH4NO3, 10 - 15% polyethyleneglycol 3350
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.249 |
| 5L2T The X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Ribociclib. 提交 2016-08-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
片段：UNP residues 1-301
|
未记录 | 6ZZ 7-cyclopentyl-N,N-dimethyl-2-{[5-(piperazin-1-yl)pyridin-2-yl]amino}-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；1:1 (protein to well buffer) with well buffer containing: 0.1 M MES pH 6.0, 70 - 80 mM NH4NO3, 10 - 15% polyethyleneglycol 3350
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.258 |
| 6OQL CDK6 in complex with Cpd13 (R)-5-fluoro-4-(4-methyl-5,6,7,8-tetrahydro-4H-pyrazolo[1,5-a]azepin-3-yl)-N-(5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-2-yl)pyrimidin-2-amine 提交 2019-04-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
11–301（291 aa）
片段：kinase domain
|
未记录 | N1A 5-fluoro-N-[5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-2-yl]-4-[(4R)-4-methyl-5,6,7,8-tetrahydro-4H-pyrazolo[1,5-a]azepin-3-yl]pyrimidin-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；292 K；13-17% PEG 3350, 80 mM NH4NO3, 100 mM MES pH 6.0
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.253 |
| 6OQO CDK6 in complex with Cpd24 N-(5-(6-ethyl-2,6-diazaspiro[3.3]heptan-2-yl)pyridin-2-yl)-5-fluoro-4-(4-methyl-5,6,7,8-tetrahydro-4H-pyrazolo[1,5-a]azepin-3-yl)pyrimidin-2-amine 提交 2019-04-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
11–301（291 aa）
片段：kinase domain
|
未记录 | N1J N-[5-(6-ethyl-2,6-diazaspiro[3.3]heptan-2-yl)pyridin-2-yl]-5-fluoro-4-[(4R)-4-methyl-5,6,7,8-tetrahydro-4H-pyrazolo[1,5-a]azepin-3-yl]pyrimidin-2-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；292 K；17 % w/v PEG 3,350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM NaCl, 20 mM L-Glutathione
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.264 |
| 8I0M Structure of CDK6 in complex with inhibitor 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
|
未记录 | NJ6 2-[(4-azanylcyclohexyl)amino]-7-cyclopentyl-~{N},~{N}-dimethyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.2 M BIS-TRIS pH 7.0, 20% PEG 4,000
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.282 |
| 9D8U Crystal structure of CDK6 in complex with atirmociclib 提交 2024-08-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
|
未记录 | A1AZ4 Atirmociclib × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；286.15 K；Well Ingredients:
Salt: 0.133 M Ammonium Nitrate
Precipitant: 5.09 %w/v PEG 3350
Buffer: 0.1 M MES (pH 6.00)
Plate setup temperature: 21 C
Plate incubation temperature: 13 C
Drop volume from well: 0.3 uL
Drop protein volume: 0.3 uL
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.253 |
| 9PE7 CDK6 to CDK4 active site surrogate in complex with compound 6 提交 2025-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
|
突变：E21V, K26T, T106R, Q149E | A1CIF (3R,4R)-4-({(4M)-5-fluoro-4-[4-fluoro-2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-1,3-benzimidazol-6-yl]pyrimidin-2-yl}amino)-1-(methanesulfonyl)piperidin-3-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；Well volume: 100.0 uL
Well Ingredients:
Precipitant: 4.0 %w/v (8.0 uL of stock 50.0 %w/v) PEG 3350
Salt: 5.0 mM (5.0 uL of stock 100.0 mM) Calcium chloride dihydrate
Salt: 0.0928571429 M (9.2857142857 uL of stock 1.0 M) Ammonium Nitrate
Plate setup temperature: 21 C
Plate incubation temperature: 13 C
Drop volume from well: 1.0 uL
Drop protein volume: 1.0 uL
Protein formulation name: LJIC-3730A1 + PF-6825089 b
Protein Formulation Composition:
Protein: CDK6 mutated to look like CDK4 (6.87 mg/mL)
Compound: PF-6825089 (1.00 mM)
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.267 |
| 9PE8 CDK6 to CDK4 active site surrogate in complex with PF-07220060 提交 2025-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–301（301 aa）
|
突变：E21V, K26T, T106R, Q149E | A1AZ4 Atirmociclib × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；Well volume: 50.0 uL
Well Ingredients:
Salt: 0.2714285714 M (1.357142857 uL of stock 10.0 M) Ammonium Nitrate
Precipitant: 9.4545454545 %w/v (9.4545454545 uL of stock 50.0 %w/v) PEG 3350
Buffer: 0.1 M (5.0 uL of stock 1.0 M) MES (pH 6.00)
Plate setup temperature: 21 C
Plate incubation temperature: 13 C
Drop volume from well: 0.3 uL
Drop protein volume: 0.3 uL
Protein Formulation Composition:
Protein: quad mutant (6.80 mg/mL) (0.20 mM)
Ligand: PF-7220060 (1.00 mM)
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分辨率 1.80 Å R-free 0.252 |