当前蛋白身份：Q03338
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JCM Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–469（469 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 M7M N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |
| 4YHU Yeast Prp3 C-terminal fragment 296-469 提交 2015-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
296–469（174 aa）
片段：C-terminal fragment, UNP residues 296-469
|
未记录 | YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 10 % PEG 8000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 4YHU Yeast Prp3 C-terminal fragment 296-469 提交 2015-02-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
296–469（174 aa）
片段：C-terminal fragment, UNP residues 296-469
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未记录 | YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 10 % PEG 8000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 4YHU Yeast Prp3 C-terminal fragment 296-469 提交 2015-02-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
296–469（174 aa）
片段：C-terminal fragment, UNP residues 296-469
|
未记录 | YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 10 % PEG 8000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 4YHV Yeast Prp3 C-terminal fragment 325-469 提交 2015-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
325–469（145 aa）
片段：C-terminal fragment, UNP residues 325-469
|
未记录 | ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 10 % PEG 8000
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分辨率 2.00 Å R-free 0.221 |
| 4YHW Yeast Prp3 (296-469) in complex with fragment of U4/U6 di-snRNA 提交 2015-02-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
296–469（174 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium fluoride
0.18 M DL-malic acid, pH 6.8
13.2 % PEG 3350
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.299 |
| 4YHW Yeast Prp3 (296-469) in complex with fragment of U4/U6 di-snRNA 提交 2015-02-27 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
296–469（174 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium fluoride
0.18 M DL-malic acid, pH 6.8
13.2 % PEG 3350
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.299 |
| 5GAN The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–469（469 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
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分辨率 3.70 Å |
| 5GAP Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–469（469 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging.
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分辨率 3.60 Å |
| 5NRL Structure of a pre-catalytic spliceosome 提交 2017-04-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–469（469 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.
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分辨率 7.20 Å |
| 5ZWM Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.4~4.6 angstrom (tri-snRNP and U2 snRNP Part) 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–469（469 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.40 Å |
| 5ZWO Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–469（469 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |