当前蛋白身份：Q05086
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1C4Z STRUCTURE OF AN E6AP-UBCH7 COMPLEX: INSIGHTS INTO THE UBIQUITINATION PATHWAY 提交 1999-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
518–875（358 aa）
片段：HECT CATALYTIC DOMAIN
链 B
518–875（358 aa）
片段：HECT CATALYTIC DOMAIN
链 C
518–875（358 aa）
片段：HECT CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG1500, MAGNESIUM CHLORIDE, MES-NA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.290 |
| 1D5F STRUCTURE OF E6AP: INSIGHTS INTO UBIQUITINATION PATHWAY 提交 1999-10-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
495–852（358 aa）
链 B
495–852（358 aa）
链 C
495–852（358 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG1500, AMMONIUM ACETATE,SODIUM CHLORIDE, HEPES-NA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.283 |
| 1EQX SOLUTION STRUCTURE DETERMINATION AND MUTATIONAL ANALYSIS OF THE PAPILLOMAVIRUS E6-INTERACTING PEPTIDE OF E6AP 提交 2000-04-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
401–418（18 aa）
片段：E6-INTERACTING PEPTIDE
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.2；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM Na3PO4；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM E6ap; 10 mM phosphate buffer; 40% TFE, 60% H2O | 40% TFE, 60% H2O
|
分辨率未提供 |
| 4GIZ Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein E6 in complex with LXXLL peptide of ubiquitin ligase E6AP at 2.55 A resolution 提交 2012-08-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
403–414（12 aa）
片段：unp residues 27-392/403-414
|
突变：D83A,K84A,K240A,E360A,D364A,K363A | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；10% peg8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.196 |
| 4GIZ Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein E6 in complex with LXXLL peptide of ubiquitin ligase E6AP at 2.55 A resolution 提交 2012-08-09 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
403–414（12 aa）
片段：unp residues 27-392/403-414
|
突变：D83A,K84A,K240A,E360A,D364A,K363A | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；10% peg8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.196 |
| 6SJV Structure of HPV18 E6 oncoprotein in complex with mutant E6AP LxxLL motif 提交 2019-08-14 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
403–417（15 aa）
|
突变：;K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R ; | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；298 K；Sodium Cacodylate 100 mM pH 6.5, PEG 8000 5%, 2-methyl-2,4-pentanediol 40%
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.242 |
| 6SLM Crystal structure of full-length HPV31 E6 oncoprotein in complex with LXXLL peptide of ubiquitin ligase E6AP 提交 2019-08-20 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
403–417（15 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM tri-lithium citrate, 20% PEG 33350
protein concentration: 30mg/ml
cryo condition: 35% glycerol
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.268 |
| 6TGK Domain swapped E6AP C-lobe dimer 提交 2019-11-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
765–869（105 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M CaCl
0.1 M Sodiumacetat
30% PEG400
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.207 |
| 6U19 Solution Structure of the RAZUL domain from 26S proteasome subunit hRpn10/S5a complexed with the AZUL domain from E3 ligase E6AP/UBE3A 提交 2019-08-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
24–87（64 aa）
片段：UNP Residues 24-87
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-35% 2H] 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 0.75 mM Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-35% 2H] 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 0.75 mM Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 0.75 mM 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 0.75 mM 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7QPB Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle 提交 2022-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
741–852（112 aa）
链 C
741–852（112 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.263 |
| 7QPB Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle 提交 2022-01-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
741–852（112 aa）
链 C
741–852（112 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.263 |
| 7QPB Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle 提交 2022-01-03 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
741–852（112 aa）
链 D
741–852（112 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.263 |
| 7QPB Catalytic C-lobe of the HECT-type ubiquitin ligase E6AP in complex with a hybrid foldamer-peptide macrocycle 提交 2022-01-03 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
741–852（112 aa）
链 D
741–852（112 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；12% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate pH 5.5
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.263 |
| 8ENP UBE3A isoform 3 AZUL 提交 2022-09-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–84（84 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）450；压力 1
NMR样品组成
1.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UBE3A iso 3 AZUL, 10 mM MOPS, 450 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM zinc sulfate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8EPT UBE3A isoform 2 AZUL domain 提交 2022-10-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–87（87 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）450；压力 1
NMR样品组成
1.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UBE3A iso2 AZUL, 10 mM MOPS, 450 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM zinc sulfate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8GCR HPV16 E6-E6AP-p53 complex 提交 2023-03-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 R
1–875（875 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 8JRN Structure of E6AP-E6 complex in Att1 state 提交 2023-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–875（875 aa）
链 C
1–875（875 aa）
|
突变：C843A 突变：C843A | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8JRO Structure of E6AP-E6 complex in Att2 state 提交 2023-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–875（875 aa）
链 C
1–875（875 aa）
|
突变：C843A 突变：C843A | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 8JRP Structure of E6AP-E6 complex in Att3 state 提交 2023-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–875（875 aa）
链 C
1–875（875 aa）
|
突变：C843A 突变：C843A | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 8JRQ Structure of E6AP-E6 complex in Det1 state 提交 2023-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–875（875 aa）
链 C
1–875（875 aa）
|
突变：C843A 突变：C843A | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.15 Å |
| 8JRR Structure of E6AP-E6 complex in Det2 state 提交 2023-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–875（875 aa）
链 C
1–875（875 aa）
|
突变：T798A/D799A/C843A 突变：T798A/D799A/C843A | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.35 Å |
| 8R1F Monomeric E6AP-E6-p53 ternary complex 提交 2023-11-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–875（875 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 8R1G Dimeric ternary structure of E6AP-E6-p53 提交 2023-11-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–875（875 aa）
链 D
1–875（875 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.99 Å |
| 9CHT Human E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53 提交 2024-07-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–875（875 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 9L3L Crystal structure of the C lobe of E6AP in complex with K48-linked diUb 提交 2024-12-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
765–872（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% v/v Polyethylene glycol 400
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.269 |
| 9VG5 NMR Solution Structure of the Monomeric Catalytic C-terminal Lobe of the E6AP HECT E3 Ubiquitin Ligase 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
762–875（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT
NMR样品组成
20 mM NaPi, 100 mM NaCl, 0.15 mM DSS, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |