当前蛋白身份：Q12046
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3TP2 Crystal Structure of the Splicing Factor Cwc2 from yeast 提交 2011-09-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–227（227 aa）
片段：UNP residues 1-227
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未记录 | NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG5000 MME, ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.256 |
| 3TP2 Crystal Structure of the Splicing Factor Cwc2 from yeast 提交 2011-09-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–227（227 aa）
片段：UNP residues 1-227
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG5000 MME, ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.256 |
| 3U1L Structure of the mRNA splicing complex component Cwc2 提交 2011-09-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–240（240 aa）
片段：UNP residues 1-240
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；pH 6.5, 21% PEG 3350, 200mM (NH4)2HCitrate, 100mM Na3Citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 1.64 Å R-free 0.189 |
| 3U1M Structure of the mRNA splicing complex component Cwc2 提交 2011-09-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–240（240 aa）
片段：UNP residues 1-240
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；pH 6.5, 21% PEG 3350, 200mM (NH4)2HCitrate, 100mM Na3Citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.191 |
| 5GM6 Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution 提交 2016-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–339（339 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 13 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å |
| 5GMK Cryo-EM structure of the Catalytic Step I spliceosome (C complex) at 3.4 angstrom resolution 提交 2016-07-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–339（339 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；The CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.40 Å |
| 5LJ5 Overall structure of the yeast spliceosome immediately after branching. 提交 2016-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–339（339 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.
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分辨率 10.00 Å |
| 5LQW yeast activated spliceosome 提交 2016-08-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–339（339 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 5MPS Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation 提交 2016-12-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–339（339 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；NP-40 is also called IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5 microlitres sample were applied to the grid, left for 25 seconds and then blotted for 3.0-3.5 seconds before plunging.
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分辨率 3.85 Å |
| 5MQ0 Structure of a spliceosome remodeled for exon ligation 提交 2016-12-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–339（339 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；NP-40 is also called IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3.5 microlitres sample were applied to the grid, left for 25 seconds and then blotted for 3.0-3.5 seconds before plunging.
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分辨率 4.17 Å |
| 5WSG Cryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* complex) at 4.0 angstrom resolution 提交 2016-12-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–339（339 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；10mM Tris-HCl, pH 8.0, 75mM NaCl, 1mM Mg(OAc)2, 1mM imidazole, 0.01% NP40, 1mM TCEP, 0.5mM EGTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.00 Å |
| 5Y88 Cryo-EM structure of the intron-lariat spliceosome ready for disassembly from S.cerevisiae at 3.5 angstrom 提交 2017-08-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：44-meric（44） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–339（339 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 5YLZ Cryo-EM Structure of the Post-catalytic Spliceosome from Saccharomyces cerevisiae at 3.6 angstrom 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–339（339 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6BK8 S. cerevisiae spliceosomal post-catalytic P complex 提交 2017-11-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6EXN Post-catalytic P complex spliceosome with 3' splice site docked 提交 2017-11-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：40-meric（40） 待复核 |
链 M
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to the grid, left for 30s, then blotted for 3s and immediately plunged into liquid ethane.
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分辨率 3.70 Å |
| 6J6G Cryo-EM structure of the yeast B*-a2 complex at an average resolution of 3.2 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–339（339 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6J6H Cryo-EM structure of the yeast B*-a1 complex at an average resolution of 3.6 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–339（339 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6J6N Cryo-EM structure of the yeast B*-b1 complex at an average resolution of 3.86 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–339（339 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.86 Å |
| 6J6Q Cryo-EM structure of the yeast B*-b2 complex at an average resolution of 3.7 angstrom 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–339（339 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9DTR Structure of the yeast post-catalytic P complex spliceosome at 2.3 Angstrom resolution 提交 2024-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.31 Å |