当前蛋白身份：Q12464
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5OUN NMR solution structure of the external DII domain of Rvb2 from Saccharomyces cerevisiae 提交 2017-08-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
132–234（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] Rvb2DII, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6GEJ Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. 提交 2018-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6GEN Chromatin remodeller-nucleosome complex at 4.5 A resolution. 提交 2018-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
15–471（457 aa）
链 W
15–471（457 aa）
链 Y
15–471（457 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.04 Å |
| 8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
15–471（457 aa）
链 W
15–471（457 aa）
链 Y
15–471（457 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.80 Å |
| 8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
15–471（457 aa）
链 W
15–471（457 aa）
链 Y
15–471（457 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.64 Å |
| 8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
15–460（446 aa）
链 W
15–460（446 aa）
链 Y
15–460（446 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.48 Å |
| 8EUF Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
1–460（460 aa）
链 W
1–460（460 aa）
链 Y
1–460（460 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.41 Å |
| 8QKU SWR1-nucleosome complex in configuration 1 提交 2023-09-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8QKV SWR1-nucleosome complex in configuration 2 提交 2023-09-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 8QYV SWR1-hexasome complex 提交 2023-10-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric（19） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8QZ0 SWR1-hexasome-dimer complex 提交 2023-10-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9B1D Cryo-EM structure of native SWR1 bound to DNA (composite structure) 提交 2024-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–471（471 aa）
链 H
1–471（471 aa）
链 J
1–471（471 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES pH 7.6, 0.2 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 0.01% IGEPAL CA-630, 3.5% glycerol, and 0.25 mM TCEP, 1 mM ATP-gamma-s, 0.05% glutaraldehyde.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；6 second blot time and blot force of 12.
|
分辨率 3.30 Å |
| 9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–471（471 aa）
链 H
1–471（471 aa）
链 J
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.
|
分辨率 4.40 Å |
| 9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.91 Å |
| 9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.09 Å |
| 9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 W
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 Y
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.16 Å |
| 9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 W
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 Y
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.55 Å |
| 9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 W
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 Y
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.30 Å |
| 9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 W
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 Y
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.90 Å |
| 9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 W
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
链 Y
1–460（460 aa）
片段：residues 1-460
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.01 Å |
| 9FBW SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome 提交 2024-05-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric（18） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–471（471 aa）
链 W
1–471（471 aa）
链 Y
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.20 Å |