当前蛋白身份：Q13114
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1FLK MOLECULAR BASIS FOR CD40 SIGNALING MEDIATED BY TRAF3 提交 2000-08-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
341–568（228 aa）
片段：TRAF DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；METHANOL, SODIUM CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.286 |
| 1FLK MOLECULAR BASIS FOR CD40 SIGNALING MEDIATED BY TRAF3 提交 2000-08-14 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
341–568（228 aa）
片段：TRAF DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；METHANOL, SODIUM CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.286 |
| 1FLL MOLECULAR BASIS FOR CD40 SIGNALING MEDIATED BY TRAF3 提交 2000-08-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
341–568（228 aa）
片段：TRAF DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；METHANOL, SODIUM CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.312 |
| 1FLL MOLECULAR BASIS FOR CD40 SIGNALING MEDIATED BY TRAF3 提交 2000-08-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
341–568（228 aa）
片段：TRAF DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；METHANOL, SODIUM CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.312 |
| 1FLL MOLECULAR BASIS FOR CD40 SIGNALING MEDIATED BY TRAF3 提交 2000-08-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
341–568（228 aa）
片段：TRAF DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；METHANOL, SODIUM CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.312 |
| 1KZZ DOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40 RECOGNITION SITE ON TRAF3 提交 2002-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：Residues 377-568
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；100mM MES, 15% PEG1000, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.307 |
| 1KZZ DOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40 RECOGNITION SITE ON TRAF3 提交 2002-02-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：Residues 377-568
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；100mM MES, 15% PEG1000, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.307 |
| 1L0A DOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40 RECOGNITION SITE ON TRAF3 提交 2002-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：Residues 377-568
|
突变：T195K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；100mM MES, 15% PEG1000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.295 |
| 1L0A DOWNSTREAM REGULATOR TANK BINDS TO THE CD40 RECOGNITION SITE ON TRAF3 提交 2002-02-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：Residues 377-568
|
突变：T195K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；100mM MES, 15% PEG1000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.295 |
| 1RF3 Structurally Distinct Recognition Motifs in Lymphotoxin-B Receptor and CD40 for TRAF-mediated Signaling 提交 2003-11-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：Recognition motif (residues 377-568)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；15% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.315 |
| 1ZMS LMP1 Protein binds to TRAF3 as a structural CD40 提交 2005-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：Sequence database residues 377-568
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；15% PEG 4000, 0.1 M MES, pH 6.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 1ZMS LMP1 Protein binds to TRAF3 as a structural CD40 提交 2005-05-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：Sequence database residues 377-568
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；15% PEG 4000, 0.1 M MES, pH 6.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 2ECY Solution structure of the Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)" domain of TNF receptor-associated factor 3 提交 2007-02-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
43–101（59 aa）
片段：RING-type, residues 8-66
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.10mM Protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 50uM Zncl2+1mM IDA; 10% D2O, 90% H2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2GKW Key contacts promote recongnito of BAFF-R by TRAF3 提交 2006-04-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：TRAF domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；15% PEG 4000, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.260 |
| 8T5P SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF3 TRAF domain 提交 2023-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
377–568（192 aa）
片段：TRAF domain (UNP residues 377-568)
链 B
377–568（192 aa）
片段：TRAF domain (UNP residues 377-568)
链 C
377–568（192 aa）
片段：TRAF domain (UNP residues 377-568)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；13% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.25 M ammonium sulfate
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分辨率 2.50 Å R-free 0.242 |
| 8T5P SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF3 TRAF domain 提交 2023-06-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
377–568（192 aa）
片段：TRAF domain (UNP residues 377-568)
链 E
377–568（192 aa）
片段：TRAF domain (UNP residues 377-568)
链 F
377–568（192 aa）
片段：TRAF domain (UNP residues 377-568)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；13% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.25 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.242 |
| 8ZUK Cluster structure of the BAFF-BAFFR-TRAF3 complex 提交 2024-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric（42） 与蛋白数一致 |
链 A
267–568（302 aa）
链 B
267–568（302 aa）
链 C
267–568（302 aa）
链 G
267–568（302 aa）
链 H
267–568（302 aa）
链 I
267–568（302 aa）
链 M
267–568（302 aa）
链 N
267–568（302 aa）
链 O
267–568（302 aa）
链 S
267–568（302 aa）
链 T
267–568（302 aa）
链 U
267–568（302 aa）
链 Y
267–568（302 aa）
链 Z
267–568（302 aa）
链 a
267–568（302 aa）
链 e
267–568（302 aa）
链 f
267–568（302 aa）
链 g
267–568（302 aa）
链 k
267–568（302 aa）
链 l
267–568（302 aa）
链 m
267–568（302 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.83 Å |