当前蛋白身份：Q13523
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4IAN Crystal Structure of apo Human PRPF4B kinase domain 提交 2012-12-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
657–1007（351 aa）
片段：kinase domain
链 B
657–1007（351 aa）
片段：kinase domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.288 |
| 4IFC Crystal Structure of ADP-bound Human PRPF4B kinase domain 提交 2012-12-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
657–1007（351 aa）
片段：kinase domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0
5 mM ADP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.256 |
| 4IFC Crystal Structure of ADP-bound Human PRPF4B kinase domain 提交 2012-12-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
657–1007（351 aa）
片段：kinase domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0
5 mM ADP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.256 |
| 4IIR Crystal Structure of AMPPNP-bound Human PRPF4B kinase domain 提交 2012-12-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
657–1007（351 aa）
片段：kinase domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0, 5 mM AMPPNP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 4IIR Crystal Structure of AMPPNP-bound Human PRPF4B kinase domain 提交 2012-12-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
657–1007（351 aa）
片段：kinase domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0, 5 mM AMPPNP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 4IJP Crystal Structure of Human PRPF4B kinase domain in complex with 4-{5-[(2-Chloro-pyridin-4-ylmethyl)-carbamoyl]-thiophen-2-yl}-benzo[b]thiophene-2-carboxylic acid amine 提交 2012-12-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
657–1007（351 aa）
片段：kinase domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 1EH 4-(5-{[(2-chloropyridin-4-yl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0 5 mM compound final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.265 |
| 4IJP Crystal Structure of Human PRPF4B kinase domain in complex with 4-{5-[(2-Chloro-pyridin-4-ylmethyl)-carbamoyl]-thiophen-2-yl}-benzo[b]thiophene-2-carboxylic acid amine 提交 2012-12-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
657–1007（351 aa）
片段：kinase domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 1EH 4-(5-{[(2-chloropyridin-4-yl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0 5 mM compound final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.265 |
| 6CNH Human PRPF4B in complex with Rebastinib 提交 2018-03-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
657–1005（349 aa）
片段：UNP residues 657-1005
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未记录 | 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；18% PEG Smear High, 0.1 M N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.206 |
| 6PJJ Human PRPF4B bound to benzothiophene inhibitor 224 提交 2019-06-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
657–1005（349 aa）
链 B
657–1005（349 aa）
链 C
657–1005（349 aa）
链 D
657–1005（349 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | OCJ 4-(5-{[(3-aminophenyl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.5, 0.1M Na/K phosphate, 15% PEG smear high, 10% etylene glycol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.240 |
| 6PK6 Human PRPF4B bound to benzothiophene inhibitor 329 提交 2019-06-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
657–1005（349 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 OND 4-(5-{[(2-aminophenyl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M CAPSO pH 9.5, 20% PEG 8,000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.216 |
| 6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–1007（1007 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 4Y
1–1007（1007 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 4Y
1–1007（1007 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–1007（1007 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.60 Å |
| 8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–1007（1007 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric（62） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–1007（1007 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 8Y6O Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U11 and tri-snRNP part 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–1007（1007 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.38 Å |