当前蛋白身份：Q13541
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1WKW Crystal structure of the ternary complex of eIF4E-m7GpppA-4EBP1 peptide 提交 2004-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
47–66（20 aa）
片段：RESIDUES 47-66
|
未记录 | GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 4000, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.270 |
| 2JGB Structure of human eIF4E homologous protein 4EHP with m7GTP 提交 2007-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
50–66（17 aa）
片段：RESIDUES 50-66
|
未记录 | MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；20% PEG-3000, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.5 WITH 1MM M7GTP IN THE DROP
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.242 |
| 2JGC Structure of the human eIF4E homologous protein, 4EHP without ligand bound 提交 2007-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
50–66（17 aa）
片段：RESIDUES 50-66
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；20% PEG-3000, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.249 |
| 2V8W Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
50–63（14 aa）
片段：PHAS-I4E-BP1 BINDING PEPTIDE, RESIDUES 50-63
|
未记录 | MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.243 |
| 2V8W Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
50–63（14 aa）
片段：PHAS-I4E-BP1 BINDING PEPTIDE, RESIDUES 50-63
|
未记录 | MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.243 |
| 2V8X Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
50–63（14 aa）
片段：PHAS-I4E-BP1 BINDING PEPTIDE, RESIDUES 50-63
|
未记录 | MGQ 7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.259 |
| 2V8X Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
50–63（14 aa）
片段：PHAS-I4E-BP1 BINDING PEPTIDE, RESIDUES 50-63
|
未记录 | MGQ 7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.259 |
| 2V8Y Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
50–63（14 aa）
片段：PHAS-I4E-BP1 BINDING PEPTIDE, RESIDUES 50-63
|
未记录 | MGV P-FLUORO-7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 2V8Y Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
50–63（14 aa）
片段：PHAS-I4E-BP1 BINDING PEPTIDE, RESIDUES 50-63
|
未记录 | MGV P-FLUORO-7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 3HXG Crystal structure of Schistsome eIF4E complexed with m7GpppA and 4E-BP 提交 2009-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
51–67（17 aa）
片段：residues 51-67
|
未记录 | GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；279 K；100mM pH 6.5 Mops, 20% PEG4K, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.269 |
| 3HXI Crystal structure of Schistosome eIF4E complexed with m7GpppG and 4E-BP 提交 2009-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
51–67（17 aa）
片段：residues 51-67
|
未记录 | GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100mM pH 6.5 Mops, 20% PEG4K, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.272 |
| 3M93 Complex crystal structure of Ascaris suum eIF4E-3 with m7G cap 提交 2010-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
51–67（17 aa）
片段：UNP residues 51-67
|
未记录 | M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；20% MMG PEG 2000, 0.2 M (NH4)2SO4, and 100 mM Na-Critate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.294 |
| 3M94 Complex crystal structure of Ascaris suum eIF4E-3 with m2,2,7G cap 提交 2010-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
51–67（17 aa）
片段：UNP residues 51-67
|
未记录 | M7M N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1 ACE ACETYL GROUP × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；20% MMG PEG 2000, 0.2 M (NH4)2SO4 and 100 mM Na-Critate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.244 |
| 3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
47–66（20 aa）
片段：UNP residues 46-66
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
47–66（20 aa）
片段：UNP residues 46-66
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
47–66（20 aa）
片段：UNP residues 46-66
链 D
47–66（20 aa）
片段：UNP residues 46-66
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 20 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 4UED Complex of human eIF4E with the 4E binding protein 4E-BP1 提交 2014-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
50–83（34 aa）
片段：RESIDUES 50-83
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.03M EACH DIETHYLENE GLYCOL, TRIETHYLENE GLYCOL, TETRAETHYLENE GLYCOL, PENTAETHYLENE GLYCOL, 0.1M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.237 |
| 5BXV eIF4E complex 提交 2015-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
43–84（42 aa）
片段：unp residues 50-84
|
未记录 | MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；0.1 M Tris-HCl, and 22 % polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.195 |
| 5BXV eIF4E complex 提交 2015-06-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
43–84（42 aa）
片段：unp residues 50-84
|
未记录 | MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；0.1 M Tris-HCl, and 22 % polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.195 |
| 5EKV Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-11-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
51–64（14 aa）
片段：eIF4E binding sequence, UNP residues 51-64
|
未记录 | 5PQ 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1-3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding
|
分辨率 3.61 Å R-free 0.342 |
| 5EKV Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-11-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
51–64（14 aa）
片段：eIF4E binding sequence, UNP residues 51-64
|
未记录 | 5PQ 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1-3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding
|
分辨率 3.61 Å R-free 0.342 |
| 5NVN Crystal structure of the human 4EHP-4E-BP1 complex 提交 2017-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
50–83（34 aa）
|
未记录 | FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6
1.7 M sodium formate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.251 |
| 5NVN Crystal structure of the human 4EHP-4E-BP1 complex 提交 2017-05-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
50–83（34 aa）
|
未记录 | FMT FORMIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6
1.7 M sodium formate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.251 |
| 5WBJ Crystal structure of the arabidopsis thaliana Raptor in complex with the TOS peptide of human 4EBP1 提交 2017-06-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 T
99–118（20 aa）
片段：residues 99-118
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；tacsimate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.270 |
| 6BCU Cryo-EM structure of the activated RHEB-mTORC1 refined to 3.4 angstrom 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 X
1–118（118 aa）
链 Z
1–118（118 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6BCX mTORC1 structure refined to 3.0 angstroms 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 X
1–118（118 aa）
链 Z
1–118（118 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 8RCH CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, overall refinement 提交 2023-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 X
1–118（118 aa）
链 Z
1–118（118 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8RCK CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused on one protomer copy. 提交 2023-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 X
1–118（118 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8RCN CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused region of mTOR and RAPTOR on one protomer copy. 提交 2023-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 X
1–118（118 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9ED4 A composite map of mTORC1-Rag-Ragultor-4EBP1 on membrane 提交 2024-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 K
1–118（118 aa）
链 T
1–118（118 aa）
|
未记录 | GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |