当前蛋白身份：Q8VDF2
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12DL Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs 提交 2026-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 BA
1–782（782 aa）
链 BB
1–782（782 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 24MC Structure of oocyte cytoplasmic lattices 提交 2026-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36） 与蛋白数一致 |
链 b
1–782（782 aa）
链 d
1–782（782 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 2ZKD Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
404–613（210 aa）
片段：UNP residues 404-613
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1M sodium citrate (pH5.6), 0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.185 |
| 2ZKD Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
404–613（210 aa）
片段：UNP residues 404-613
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1M sodium citrate (pH5.6), 0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.185 |
| 2ZKE Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
404–613（210 aa）
片段：UNP residues 404-613
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Bis-Tris-propane (pH7.5), 0.2M sodium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.275 |
| 2ZKF Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
404–613（210 aa）
片段：UNP residues 404-613
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Bis-Tris-propane (pH7.5), 0.2M sodium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.275 |
| 2ZKG Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 提交 2008-03-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
404–613（210 aa）
片段：UNP residues 404-613
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.217 |
| 2ZKG Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 提交 2008-03-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
404–613（210 aa）
片段：UNP residues 404-613
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.217 |
| 2ZKG Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 提交 2008-03-19 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
404–613（210 aa）
片段：UNP residues 404-613
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.217 |
| 2ZKG Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 提交 2008-03-19 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
404–613（210 aa）
片段：UNP residues 404-613
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.217 |
| 2ZO0 mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1 提交 2008-05-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
419–628（210 aa）
片段：SRA domain, residues 419-628
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.253 |
| 2ZO0 mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1 提交 2008-05-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
419–628（210 aa）
片段：SRA domain, residues 419-628
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.253 |
| 2ZO1 Mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 2 提交 2008-05-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
419–628（210 aa）
片段：SRA domain, residues 419-628
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.246 |
| 2ZO1 Mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 2 提交 2008-05-05 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
419–628（210 aa）
片段：SRA domain, residues 419-628
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.246 |
| 2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
419–628（210 aa）
片段：SRA domain, residues 419-628
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.291 |
| 2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
419–628（210 aa）
片段：SRA domain, residues 419-628
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.291 |
| 2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05 | Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 B
419–628（210 aa）
片段：SRA domain, residues 419-628
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.291 |
| 3F8I Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group P21 提交 2008-11-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
418–628（211 aa）
片段：YDG domain: UNP residues 419-628
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.268 |
| 3F8I Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group P21 提交 2008-11-12 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
418–628（211 aa）
片段：YDG domain: UNP residues 419-628
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.268 |
| 3F8J Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group C222(1) 提交 2008-11-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
417–628（212 aa）
片段：YDG domain: UNP residues 417-628
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4 M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.232 |
| 3FDE Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution 提交 2008-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
419–628（210 aa）
片段：YDG domain: UNP residues 419-628
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 NA SODIUM ION × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.186 |
| 3FDE Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution 提交 2008-11-25 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
419–628（210 aa）
片段：YDG domain: UNP residues 419-628
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 NA SODIUM ION × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.186 |
| 6M2V Crystal structure of UHRF1 SRA complexed with fully-mCHG DNA. 提交 2020-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
417–628（212 aa）
链 B
417–628（212 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1M Bis-Tris, pH 8.0, 0.2M NaCl, 12% PEG 3,350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.276 |
| 6VEE Solution structure of the TTD and linker region of mouse UHRF1 (NP95) 提交 2019-12-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
122–305（184 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TTD-linker, 50 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 5 mM TCEP, 2 mM beta-mercaptoethanol, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6VFO Solution structure of the PHD of mouse UHRF1 (NP95) 提交 2020-01-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
303–380（78 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] PHD, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM TCEP, 150 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7XGA NMR strucutre of chimeric protein for model of PHD-Stella complex 提交 2022-04-04 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
304–372（69 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR测量条件
pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
0.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9SFP Native cytoplasmic lattices from mouse oocytes 提交 2025-08-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric（54） 与蛋白数一致 |
链 d
1–782（782 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9W2M Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte 提交 2025-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 P
1–782（782 aa）
链 Q
1–782（782 aa）
链 p
1–782（782 aa）
链 q
1–782（782 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9XRL Structure of mouse cytoplasmic lattice (CPL) repeating unit 提交 2025-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric（73） 与蛋白数一致 |
链 AL
1–782（782 aa）
链 AR
1–782（782 aa）
链 x
1–782（782 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 13 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.74 Å |