当前蛋白身份：Q92547
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1WF6 The third BRCA1 C-terminus (BRCT) domain of Similar to S.pombe rad4+/cut5+ product 提交 2004-05-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
354–472（119 aa）
片段：BRCA1 C-turminus (BRCT) domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.06mM 13C/15N-labeled protein; 20mM d-TRIS, 200mM NaCl, 1mM d-DTT, and 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2XNH Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–287（287 aa）
片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-287
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | IOD IODIDE ION × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.8；0.1M TRIS-HCL PH 6.8, 0.5M KI, 5% (V/V) GLYCEROL, 22.5% (W/V), 10% PEG 3350
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分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 2XNK Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–290（290 aa）
片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL
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分辨率 2.60 Å R-free 0.266 |
| 2XNK Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–290（290 aa）
片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.266 |
| 2XNK Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-03 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–290（290 aa）
片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.266 |
| 2XNK Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1 提交 2010-08-03 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–290（290 aa）
片段：BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL
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分辨率 2.60 Å R-free 0.266 |
| 3AL2 Crystal Structure of TopBP1 BRCT7/8 提交 2010-07-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1264–1493（230 aa）
片段：BRCT7 and BRCT8, UNP residues 1264-1493
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Li2SO4, Tris-HCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.204 |
| 3AL3 Crystal Structure of TopBP1 BRCT7/8-BACH1 peptide complex 提交 2010-07-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1264–1493（230 aa）
片段：BRCT7 and BRCT8, UNP residues 1264-1493
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未记录 | FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Sodium formate, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
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分辨率 2.15 Å R-free 0.236 |
| 3JVE Crystal Structure of the Sixth BRCT Domain of TopBP1 提交 2009-09-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
893–996（104 aa）
片段：C-terminus (BRCT) domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；0.1M Tris-HCl pH 6.8, PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.34 Å R-free 0.173 |
| 3OLC Crystal structure of the N-terminal region of TopBP1 提交 2010-08-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 X
1–290（290 aa）
片段：N-terminal domain
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1M MES, 11%(w/v) PEG3350, 0.85M sodium nitrate, 2mM EDTA, 4mM DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
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分辨率 2.40 Å R-free 0.258 |
| 3PD7 Crystal Structure of the Sixth BRCT Domain of Human TopBP1 提交 2010-10-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
893–994（102 aa）
片段：Sixth BRCT domain, UNP residues 893-994
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.144 |
| 3PD7 Crystal Structure of the Sixth BRCT Domain of Human TopBP1 提交 2010-10-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
893–994（102 aa）
片段：Sixth BRCT domain, UNP residues 893-994
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.144 |
| 3UEN Crystal structure of TopBP1 BRCT4/5 domains 提交 2011-10-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
549–746（198 aa）
片段：BRCT domain
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未记录 | SCN THIOCYANATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 3350, NaSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.224 |
| 3UEO Crystal structure of TopBP1 BRCT4/5 domains in complex with a phospho-peptide 提交 2011-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
549–746（198 aa）
片段：BRCT domain
链 C
549–746（198 aa）
片段：BRCT domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 10000, Ammonium acetate, bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.234 |
| 3UEO Crystal structure of TopBP1 BRCT4/5 domains in complex with a phospho-peptide 提交 2011-10-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
549–746（198 aa）
片段：BRCT domain
链 D
549–746（198 aa）
片段：BRCT domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 10000, Ammonium acetate, bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.234 |
| 6RML Crystal structure of TOPBP1 BRCT0,1,2 in complex with a 53BP1 phosphopeptide 提交 2019-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–290（290 aa）
链 B
1–290（290 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；10% w/v PEG 20 000
20% v/v PEG MME 550
0.03 M of each ethylene glycol
0.1 M MES/imidazole pH 6.5
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分辨率 2.81 Å R-free 0.260 |
| 6RMM Crystal structure of TOPBP1 BRCT4,5 in complex with a 53BP1 phosphopeptide 提交 2019-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
548–741（194 aa）
链 B
548–741（194 aa）
链 C
548–741（194 aa）
链 D
548–741（194 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287.15 K；10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol
0.02 M of each carboxylic acid
0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5
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分辨率 3.53 Å R-free 0.234 |
| 7CMZ Crystal Structure of BRCT7/8 in Complex with the APS Motif of PHF8 提交 2020-07-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1264–1493（230 aa）
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未记录 | K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；289 K；Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic
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分辨率 1.70 Å R-free 0.215 |
| 9MAT TopBP1 BRCT 7-8 Domain 提交 2025-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1264–1493（230 aa）
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未记录 | MLA MALONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.3 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.207 |
| 9MAW Crystal structure of TOPBP1BRCT7-8 domain in complex with 1-Adamantaneacetic acid 提交 2025-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1264–1491（228 aa）
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未记录 | A1ENP 1-Adamantylacetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Citric acid, 2.4 M Ammonium sulfate pH 5.0
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分辨率 2.45 Å R-free 0.237 |