当前蛋白身份：Q92889
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1Z00 Solution structure of the C-terminal domain of ERCC1 complexed with the C-terminal domain of XPF 提交 2005-03-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
823–905（83 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；295.5 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate, 100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
1.5mM ERCC1-XPF U-15N,13C; 50mM phosphate buffer NA: 92% H2O, 8% D2O | 92% H2O, 8% D2O
NMR样品组成
1mM ERCC1-XPF U-15N; 50mM phosphate buffer NA: 92% H2O, 8% D2O | 92% H2O, 8% D2O
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分辨率未提供 |
| 2A1J Crystal Structure of the Complex between the C-Terminal Domains of Human XPF and ERCC1 提交 2005-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
837–898（62 aa）
片段：C-terminal domain
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未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；295 K；Sodium Citrate, Ammonium Sulfate, Sodium Chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.275 |
| 2A1J Crystal Structure of the Complex between the C-Terminal Domains of Human XPF and ERCC1 提交 2005-06-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
837–898（62 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；295 K；Sodium Citrate, Ammonium Sulfate, Sodium Chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.275 |
| 2AQ0 Solution structure of the human homodimeric dna repair protein XPF 提交 2005-08-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
823–905（83 aa）
片段：residues 823-905
链 B
823–905（83 aa）
片段：residues 823-905
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；293.6 K；离子强度（mmCIF原始值）400mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
1.2MM XPF U-15N,13C; 10mM phosphate; 400mM sodium chloride; 92 % h2o, 8% d2o | 92% H2O, 8% D2O
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分辨率未提供 |
| 2KN7 Structure of the XPF-single strand DNA complex 提交 2009-08-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
842–908（67 aa）
片段：residues in UNP 842-908
链 D
842–908（67 aa）
片段：residues in UNP 842-908
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.2；293.8 K；离子强度（mmCIF原始值）80-100；压力 ambient
NMR样品组成
80mM sodium phosphate-1, 2mM sodium chloride-2, 0.005-0.010mM AEBSF protease inhibitor-3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 2MUT Solution structure of the F231L mutant ERCC1-XPF dimerization region 提交 2014-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
834–916（83 aa）
片段：UNP residues 834-916
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；290 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成
0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 8 % D2O, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 92% H2O/8% D2O | 92% H2O/8% D2O
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分辨率未提供 |
| 6SXA XPF-ERCC1 Cryo-EM Structure, Apo-form 提交 2019-09-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–916（916 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8；20 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.01% CHAPS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.60 Å |
| 6SXB XPF-ERCC1 Cryo-EM Structure, DNA-Bound form 提交 2019-09-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–916（916 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8；20 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.01% CHAPS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 9PCP NER dual incision complex - NoG 提交 2025-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–916（916 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9PD3 NER dual incision complex - DuIS 提交 2025-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–916（916 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9PD4 NER dual incision complex - DuIM 提交 2025-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–916（916 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9QEC Cryo-EM structure of the XPF-ERCC1-XPA complex 提交 2025-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–916（916 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9QED Cryo-EM structure of the XPF-ERCC1-SLX4(330-555)-SLX4IP complex 提交 2025-03-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–916（916 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9QEE Cryo-EM structure of a DNA-bound XPF-ERCC1-SLX4(330-555)-SLX4IP complex 提交 2025-03-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–916（916 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |