当前蛋白身份：Q92900
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2GJK Structural and functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
295–914（620 aa）
片段：helicase core domain(residues 295-914)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；295 K；50mM MES, 0.5-3% PEG4000, 0.005mM MgSO4, 10mM DTT, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 295K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.271 |
| 2GK6 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
295–914（620 aa）
片段：helicase core domain(residues 295-914)
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；295 K；100mM Tris, 8-13% PEG3350, 140mM (NH4)3PO4, 10% EG, 10mM DTT, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.272 |
| 2GK6 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
295–914（620 aa）
片段：helicase core domain(residues 295-914)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；295 K；100mM Tris, 8-13% PEG3350, 140mM (NH4)3PO4, 10% EG, 10mM DTT, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.272 |
| 2GK7 Structural and Functional insights into the human Upf1 helicase core 提交 2006-03-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
295–914（620 aa）
片段：helicase core domain(residues 295-914)
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未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.8；295 K；100mM Na/K Phosphate, 6-8% PEG3350, 10mM DTT, pH 5.8, EVAPORATION, temperature 295K
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分辨率 2.80 Å R-free 0.298 |
| 2IYK Crystal structure of the UPF2-interacting domain of nonsense mediated mRNA decay factor UPF1 提交 2006-07-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
115–272（158 aa）
片段：UPF2-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 115-272
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4EO/OH) (V/V), 50 MM AMMONIUM SULPHATE,50 MM BIS-TRIS PH 6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.259 |
| 2IYK Crystal structure of the UPF2-interacting domain of nonsense mediated mRNA decay factor UPF1 提交 2006-07-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
115–272（158 aa）
片段：UPF2-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 115-272
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4EO/OH) (V/V), 50 MM AMMONIUM SULPHATE,50 MM BIS-TRIS PH 6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.259 |
| 2WJV Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 提交 2009-06-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
115–914（800 aa）
片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.5-1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.3-6.5 AND 2% V/V GLYCEROL
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.248 |
| 2WJV Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 提交 2009-06-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
115–914（800 aa）
片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.5-1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.3-6.5 AND 2% V/V GLYCEROL
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.248 |
| 2WJY Crystal structure of the complex between human nonsense mediated decay factors UPF1 and UPF2 Orthorhombic form 提交 2009-06-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
115–914（800 aa）
片段：CH-DOMAIN AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 115-914
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6, 10% DIOXANE
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分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 2XZO Upf1 helicase - RNA complex 提交 2010-11-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
295–914（620 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 295-914
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未记录 | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 20 MM CACL2, 15% MPD
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.233 |
| 2XZP Upf1 helicase 提交 2010-11-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
295–914（620 aa）
片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 295-914
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 9 MLI MALONATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；50MM SODIUM CITRATE PH 6.0, 1.5M SODIUM MALONATE
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.214 |
| 6EJ5 A conserved structural element in the RNA helicase UPF1 regulates its catalytic activity in an isoform-specific manner 提交 2017-09-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
295–925（631 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；291 K；1.4 M sodium malonate, 50 mM sodium citrate pH 6.2
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分辨率 3.34 Å R-free 0.309 |
| 6Z3R Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ 提交 2020-05-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1085–1095（11 aa）
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未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 2.97 Å |
| 8RXB Human UPF1 CH domain in complex with SMG6 peptide 提交 2024-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
115–287（173 aa）
链 D
115–287（173 aa）
链 E
115–287（173 aa）
链 I
115–287（173 aa）
链 L
115–287（173 aa）
链 P
115–287（173 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；solution (28% (w/v) PEG 3500, 0.2M Lithium sulfate and 0.1 M Tris pH 7.8)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.295 |
| 9QWN Human UPF1 in complex with the histone stem loop RNA 提交 2025-04-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
115–914（800 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |