当前蛋白身份：Q9UHD2
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4EFO Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 提交 2012-03-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
302–383（82 aa）
片段：ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；289 K；0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.204 |
| 4EFO Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 提交 2012-03-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
302–383（82 aa）
片段：ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；289 K；0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.204 |
| 4EUT Structure of BX-795 Complexed with Unphosphorylated Human TBK1 Kinase-ULD Domain 提交 2012-04-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–385（384 aa）
片段：Kinase-ULD Domain, UNP residues 2-385
链 B
2–385（384 aa）
片段：Kinase-ULD Domain, UNP residues 2-385
|
突变：D135N 突变：D135N | BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 IOD IODIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.5,
25% (w/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.257 |
| 4EUU Structure of BX-795 Complexed with Human TBK1 Kinase Domain Phosphorylated on Ser172 提交 2012-04-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–308（307 aa）
片段：Kinase Domain, UNP residues 2-308
链 B
2–308（307 aa）
片段：Kinase Domain, UNP residues 2-308
|
突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 IOD IODIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 (5.5-7.5), 2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.194 |
| 4IM0 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
片段：residues 1 to 657
|
突变：D135N | 1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |
| 4IM2 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
片段：residues 1 to 657
|
突变：D135N | BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.255 |
| 4IM2 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
片段：residues 1 to 657
|
突变：D135N | BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.255 |
| 4IM3 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
片段：residues 1 to 657
|
突变：D135N | BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 HG MERCURY (II) ION × 10 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4% MPD, 100 mM Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.34 Å R-free 0.279 |
| 4IW0 Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
|
突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.291 |
| 4IWO Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
|
突变：S172A | 1H4 N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.263 |
| 4IWP Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
|
突变：S172A | BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K
|
分辨率 3.06 Å R-free 0.335 |
| 4IWQ Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
|
突变：S172A | 1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.310 |
| 4IWQ Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
|
突变：S172A | 1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.310 |
| 5EOA Crystal structure of OPTN E50K mutant and TBK1 complex 提交 2015-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
677–729（53 aa）
片段：UNP RESIDUES 677-729
链 D
677–729（53 aa）
片段：UNP RESIDUES 677-729
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；291.5 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/V Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.267 |
| 5EOF Crystal structure of OPTN NTD and TBK1 CTD complex 提交 2015-11-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
677–729（53 aa）
片段：UNP RESIDUES 677-729
链 D
677–729（53 aa）
片段：UNP RESIDUES 677-729
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291.15 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v polyethylene glycol 4000
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.245 |
| 5EP6 The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1 提交 2015-11-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
677–729（53 aa）
片段：UNP RESIDUES 677-729
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.217 |
| 5EP6 The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1 提交 2015-11-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
677–729（53 aa）
片段：UNP RESIDUES 677-729
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.217 |
| 5W5V TBK1 co-crystal structure with amlexanox 提交 2017-06-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
|
未记录 | ANW 2-amino-7-(1-methylethyl)-5-oxo-5H-chromeno[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.290 |
| 6BNY TBK1 in complex with tetrazole analog of amlexanox 提交 2017-11-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
|
未记录 | E0M 2-amino-7-(propan-2-yl)-3-(1H-tetrazol-5-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridin-5-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000
|
分辨率 3.34 Å R-free 0.287 |
| 6BOD TBK1 in complex with ethyl ester analog of amlexanox 提交 2017-11-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
|
未记录 | E0P ethyl 2-amino-5-oxo-7-(propan-2-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.271 |
| 6BOE TBK1 in complex with amide-coupled tetrazole analog of amlexanox 提交 2017-11-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
|
未记录 | E0S 2-amino-5-oxo-7-(propan-2-yl)-N-(1H-tetrazol-5-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 8000
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.291 |
| 6CQ0 TBK1 in Complex with Dimethyl Amino Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
|
未记录 | F8M 2-amino-7-[3-(dimethylamino)propyl]-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.293 |
| 6CQ4 TBK1 in Complex with Cyclohexyl Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
|
未记录 | F8P 2-amino-7-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.272 |
| 6CQ5 TBK1 in Complex with Sulfone Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–657（657 aa）
|
未记录 | F8S 2-amino-7-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.275 |
| 6NT9 Cryo-EM structure of the complex between human TBK1 and chicken STING 提交 2019-01-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–729（729 aa）
链 B
1–729（729 aa）
|
突变：D135N 突变：D135N | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6O8B Crystal structure of STING CTD in complex with TBK1 提交 2019-03-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
链 B
2–657（656 aa）
|
突变：D135N, S172E 突变：D135N, S172E | BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 1% PEG3350
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.258 |
| 6RSR TBK1 in complex with compound 2 提交 2019-05-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
|
未记录 | KHT ~{N}-(cyclopropen-1-ylmethyl)-2-[[4-[[4-[3,3,3-tris(fluoranyl)propanoyl]piperazin-1-yl]methyl]pyridin-2-yl]amino]-1~{H}-benzimidazole-5-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；100 mM HEPES pH 7.5, 5-8% PEG 8000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.307 |
| 6RST TBK1 in complex with inhibitor compound 24 提交 2019-05-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
|
突变：S172E | KHQ 1-[4-[(1~{R})-1-[2-[[5-[1-(cyclopropylmethyl)pyrazol-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]amino]pyridin-4-yl]ethyl]piperazin-1-yl]-3,3,3-tris(fluoranyl)propan-1-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；100 mM HEPES pH 7.5 and 5-8% PEG 8000
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.303 |
| 6RSU TBK1 in complex with Inhibitor compound 35 提交 2019-05-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–657（656 aa）
|
未记录 | KJB 3,3,3-tris(fluoranyl)-1-[4-[(1~{R})-1-[2-[[(2~{S})-5-(5-propan-2-yloxypyrimidin-4-yl)-2,3-dihydro-1~{H}-benzimidazol-2-yl]amino]pyridin-4-yl]ethyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100 mM HEPES pH 7.5, 5-8% PEG 8000
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.351 |