SAXSdb — 1a6d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THERMOSOME (ALPHA SUBUNIT)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–545	未记录	THERMOSOME (BETA SUBUNIT) × 8 （P48425）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.60 Å R-free 0.298
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–545	未记录	THERMOSOME (BETA SUBUNIT) × 4 （P48425）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.60 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A6D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A6E THERMOSOME-MG-ADP-ALF3 COMPLEX 提交 1998-02-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–545（545 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 16 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
1A6E THERMOSOME-MG-ADP-ALF3 COMPLEX 提交 1998-02-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–545（545 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
1ASS APICAL DOMAIN OF THE CHAPERONIN FROM THERMOPLASMA ACIDOPHILUM 提交 1997-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 214–365（152 aa）片段：ALPHA-SUBUNIT, APICAL DOMAIN, SUBSTRATE-BINDING DOMAIN	未记录	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.5；pH 3.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1ASX APICAL DOMAIN OF THE CHAPERONIN FROM THERMOPLASMA ACIDOPHILUM 提交 1997-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 214–365（152 aa）片段：ALPHA SUBUNIT, APICAL DOMAIN, SUBSTRATE-BINDING DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.5；pH 3.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.272

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THSA_THEAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–545； UniProt 1–545

THERMOSOME (BETA SUBUNIT)

物种未注明

UniProt P48425

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–543	未记录	THERMOSOME (ALPHA SUBUNIT) × 8 （P48424）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.60 Å R-free 0.298
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–543	未记录	THERMOSOME (ALPHA SUBUNIT) × 4 （P48424）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.60 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A6D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A6E THERMOSOME-MG-ADP-ALF3 COMPLEX 提交 1998-02-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B 1–543（543 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 16 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
1A6E THERMOSOME-MG-ADP-ALF3 COMPLEX 提交 1998-02-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–543（543 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
1E0R Beta-apical domain of thermosome 提交 2000-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 214–367（154 aa）片段：SUBSTRATE-BINDING DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.1；pH 9.10	分辨率 2.80 Å R-free 0.318

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THSB_THEAC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–543； UniProt 1–543

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a6d
沉积日期 deposition_date	1998-02-24
结构标题 title	THERMOSOME FROM T. ACIDOPHILUM
关键词 keywords	THERMOPLASMA ACIDOPHILUM, GROUP II CHAPERONIN, CCT, TRIC, PROTEIN FOLDING, ATPASE, CHAPERONIN; CHAPERONIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.72 Å
零角强度 I(0) i0	183166000.00
分子量 molecular_weight	108270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135830 Å³
包络体积 envelope_volume	180140 Å³
水化壳体积 shell_volume	43762 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.87 Å
包络 Rg envelope_rg	34.09 Å
形状 Rg shape_rg	34.74 Å
总 Rg total_rg	35.14 Å
总原子数 total_atoms	9324
残基数 n_residues	1005
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.3 Å
Rg (实空间) rg_real	35.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	183200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8998
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.251
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.539
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.923

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	THERMOSOME (ALPHA SUBUNIT)
分子量 formula_weight	58323.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9324

MMTGQVPILVLKEGTQREQGKNAQRNNIEAAKAIADAVRTTLGPKGMDKMLVDSIGDIIISNDGATILKEMDVEHPTAKMIVEVSKAQDTAVGDGTTTAVVLSGELLKQAETLLDQGVHPTVISNGYRLAVNEARKIIDEIAEKSTDDATLRKIALTALSGKNTGLSNDFLADLVVKAVNAVAEVRDGKTIVDTANIKVDKKNGGSVNDTQFISGIVIDKEKVHSKMPDVVKNAKIALIDSALEIKKTEIEAKVQISDPSKIQDFLNQETNTFKQMVEKIKKSGANVVLCQKGIDDVAQHYLAKEGIYAVRRVKKSDMEKLAKATGAKIVTDLDDLTPSVLGEAETVEERKIGDDRMTFVMGCKNPKAVSILIRGGTDHVVSEVERALNDAIRVVAITKEDGKFLWGGGAVEAELAMRLAKYANSVGGREQLAIEAFAKALEIIPRTLAENAGIDPINTLIKLKADDEKGRISVGVDLDNNGVGDMKAKGVVDPLRVKTHALESAVEVATMILRIDDVIASKKSTPPSGQGGQGQGMPGGGMPEY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	THERMOSOME (BETA SUBUNIT)
分子量 formula_weight	58552.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIAGQPIFILKEGTKRESGKDAMKENIEAAIAISNSVRSSLGPRGMDKMLVDSLGDIVITNDGVTILKEMDVEHPAAKMMVEVSKTQDSFVGDGTTTAVIIAGGLLQQAQGLINQNVHPTVISEGYRMASEEAKRVIDEISTKIGADEKALLLKMAQTSLNSKSASVAKDKLAEISYEAVKSVAELRDGKYYVDFDNIQVVKKQGGAIDDTQLINGIIVDKEKVHPGMPDVVKDAKIALLDAPLEIKKPEFDTNLRIEDPSMIQKFLAQEENMLREMVDKIKSVGANVVITQKGIDDMAQHYLSRAGIYAVRRVKKSDMDKLAKATGASIVSTIDEISSSDLGTAERVEQVKVGEDYMTFVTGCKNPKAVSILVRGETEHVVDEMERSITDSLHVVASALEDGAYAAGGGATAAEIAFRLRSYAQKIGGRQQLAIEKFADAIEEIPRALAENAGLDPIDILLKLRAEHAKGNKTYGINVFTGEIEDMVKNGVIEPIRVGKQAIESATEAAIMILRIDDVIATKSSSSSSNPPKSGSSSESSED

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1a6da1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.129 — GroEL equatorial domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.129.1 — GroEL equatorial domain-like
家族 Family family	a.129.1.2 — Group II chaperonin (CCT, TRIC), ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1a6da2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.5 — GroEL apical domain-like
家族 Family family	c.8.5.2 — Group II chaperonin (CCT, TRIC), apical domain

结构域编号 domain_id	d1a6da3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.56 — GroEL-intermediate domain like
超家族 Superfamily superfamily	d.56.1 — GroEL-intermediate domain like
家族 Family family	d.56.1.2 — Group II chaperonin (CCT, TRIC), intermediate domain

结构域编号 domain_id	d1a6db1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.129 — GroEL equatorial domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.129.1 — GroEL equatorial domain-like
家族 Family family	a.129.1.2 — Group II chaperonin (CCT, TRIC), ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1a6db2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.5 — GroEL apical domain-like
家族 Family family	c.8.5.2 — Group II chaperonin (CCT, TRIC), apical domain

结构域编号 domain_id	d1a6db3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.56 — GroEL-intermediate domain like
超家族 Superfamily superfamily	d.56.1 — GroEL-intermediate domain like
家族 Family family	d.56.1.2 — Group II chaperonin (CCT, TRIC), intermediate domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1a6dA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	560 — GROEL; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GroEL-like equatorial domain

结构域编号 domain_id	1a6dA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	260 — GROEL; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TCP-1-like chaperonin intermediate domain

结构域编号 domain_id	1a6dA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GroEL

结构域编号 domain_id	1a6dB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	560 — GROEL; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GroEL-like equatorial domain

结构域编号 domain_id	1a6dB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	260 — GROEL; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TCP-1-like chaperonin intermediate domain

结构域编号 domain_id	1a6dB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GroEL

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	168.300 Å
晶胞边长 b length_b	168.300 Å
晶胞边长 c length_c	203.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2980

fit	/app/data/saxs_computation/a6/1a6d/1a6d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a6/1a6d/1a6d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a6/1a6d/1a6d.dat

THERMOSOME FROM T. ACIDOPHILUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THERMOSOME (ALPHA SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

THERMOSOME (BETA SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)