SAXSdb — 1afe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-THROMBIN (SMALL SUBUNIT)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HIRUGEN × 1 （P28501） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;2-[N'-(4-AMINO-BUTYL)-HYDRAZINOCARBONYL]-PYRROLIDINE-1-CARBOXYLIC ACID BENZYL ESTER ; × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 9–36； UniProt 328–363 作者链 H； PDB构建体 1–259； UniProt 364–622

HIRUGEN

物种未注明

UniProt P28501

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ALPHA-THROMBIN (SMALL SUBUNIT) × 1 （P00734） ALPHA-THROMBIN (LARGE SUBUNIT) × 1 （P00734） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;2-[N'-(4-AMINO-BUTYL)-HYDRAZINOCARBONYL]-PYRROLIDINE-1-CARBOXYLIC ACID BENZYL ESTER ; × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITHA_HIRME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–10； UniProt 55–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1afe
沉积日期 deposition_date	1997-03-06
结构标题 title	HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITION BY CBZ-PRO-AZALYS-ONP
关键词 keywords	;COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR), BLOOD COAGULATION, N-CARBOBENZOXY-PRO-ALFA-AZALYS-P-NITROPHENYLESTER, SERINE PROTEINASE INHIBITION, GLYCOSYLATED PROTEIN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1afe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1afe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1afe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.39 Å
Rg（电子密度）	18.15 Å
总 Rg	19.12 Å
原子数	2473
残基数	298
排除体积	43935 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1afe__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA-THROMBIN (SMALL SUBUNIT)
分子量 formula_weight	4096.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	2623

TFGSGEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYIDGR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ALPHA-THROMBIN (LARGE SUBUNIT)
分子量 formula_weight	29780.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQFGE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HIRUGEN
分子量 formula_weight	1363.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

DFEEIPEEYL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;2-[N'-(4-AMINO-BUTYL)-HYDRAZINOCARBONYL]-PYRROLIDINE-1-CARBOXYLIC ACID BENZYL ESTER ;
分子量 formula_weight	334.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1afe.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1afeH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1afeH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	71.130 Å
晶胞边长 b length_b	72.610 Å
晶胞边长 c length_c	72.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITION BY CBZ-PRO-AZALYS-ONP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-THROMBIN (SMALL SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HIRUGEN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1afe__assembly_1__model_1

1afe__assembly_1__model_1 | I(q)

1afe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITION BY CBZ-PRO-AZALYS-ONP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-THROMBIN (SMALL SUBUNIT)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HIRUGEN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1afe__assembly_1__model_1

1afe__assembly_1__model_1 | I(q)

1afe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)