1amw

ADP BINDING SITE IN THE HSP90 MOLECULAR CHAPERONE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAT SHOCK PROTEIN 90

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P02829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–214 片段:N-TERMINAL RESIDUES ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:under oil;pH 5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED UNDER OIL IN TERASAKI PLATES. THE DROPS CONTAINED 27MG/ML PROTEIN, 9.75%(W/V) PEGME 550, 65MM AMMONIUM SULFATE, 32.5MM SODIUM SUCCINATE PH5.0, 5MM ADP AND 5MM MAGNESIUM CHLORIDE., under oil 分辨率 1.85 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP82_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–214; UniProt 1–214

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1amw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1amw
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1amw
沉积日期 deposition_date1997-06-19
结构标题 titleADP BINDING SITE IN THE HSP90 MOLECULAR CHAPERONE
关键词 keywordsCHAPERONE, NUCLEOTIDE BINDING SITE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.93
零角强度 I(0) i010679500.00
分子量 molecular_weight24470.0 kDa
排除体积 excluded_volume30755 ų
包络体积 envelope_volume34703 ų
水化壳体积 shell_volume17093 ų
包络直径 envelope_diameter62.3
壳层 Rg shell_rg23.26
包络 Rg envelope_rg17.42
形状 Rg shape_rg16.91
总 Rg total_rg17.99
总原子数 total_atoms1721
残基数 n_residues213
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.6
Rg (实空间) rg_real17.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real1.0680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10680000.0000
解质量估计 total_estimate0.7942
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.9
偏度 Skewness skewness0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-0.275
角度范围 angular_range— – 0.4400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2312000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1amwa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamilyd.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family familyd.122.1.1 — Heat shock protein 90, HSP90, N-terminal domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1amwA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)