1an7

RIBOSOMAL PROTEIN S8 FROM THERMUS THERMOPHILUS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN S8

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–138 链 B； UniProt 3–138	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AN7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FJG STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH THE ANTIBIOTICS STREPTOMYCIN, SPECTINOMYCIN, AND PAROMOMYCIN 提交 2000-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 96 SCM SPECTINOMYCIN × 1 SRY STREPTOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, streptomycin, paromomycin, spectinomycin, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
1FKA STRUCTURE OF FUNCTIONALLY ACTIVATED SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT AT 3.3 A RESOLUTION 提交 2000-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：eicosameric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	WO2 OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；291 K；MPD, Spermidine, MgCl2, NH4Cl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.305
1HNW STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH TETRACYCLINE 提交 2000-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 96 TAC TETRACYCLINE × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277 K. MPD, NH4CL, KCL, CACL2, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5. 80 mM tetracycline soaked into preformed crystals., pH 6.50	分辨率 3.40 Å R-free 0.264
1HNX STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH PACTAMYCIN 提交 2000-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 96 PCY Pactamycin × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277 K. MPD, NH4CL, KCL, CACL2, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.50. 80 uM Pactamycin soaked into preformed crystals.	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
1HNZ STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH HYGROMYCIN B 提交 2000-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 96 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277 K. MPD, NH4CL, KCL, CACL2, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.50. 80 uM HYGROMYCIN B soaked into preformed crystals.	分辨率 3.30 Å R-free 0.261
1HR0 CRYSTAL STRUCTURE OF INITIATION FACTOR IF1 BOUND TO THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT 提交 2000-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 65 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；15% MPD, 25 mM magnesium Acetate, 200 mM KCl, 75 mM NH4Cl, 100 mM K-Cacodylate, pH 6.50. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277 K Initiation factor 1 soaked into pre-formed crystals.	分辨率 3.20 Å R-free 0.261
1I94 CRYSTAL STRUCTURES OF THE SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT WITH TETRACYCLINE, EDEINE AND IF3 提交 2001-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 75 WO2 OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE × 14 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；MPD, magnesium chloride, spermidine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K	分辨率 3.20 Å R-free 0.245
1I95 CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERMOPHILUS IN COMPLEX WITH EDEINE 提交 2001-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 75 WO2 OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE × 14 EDE EDEINE B × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；MPD, magnesium chloride, spermidine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K	分辨率 4.50 Å R-free 0.244
1I96 CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERMOPHILUS IN COMPLEX WITH THE TRANSLATION INITIATION FACTOR IF3 (C-TERMINAL DOMAIN) 提交 2001-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 75 WO2 OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE × 12 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；MPD, magnesium chloride, spermidine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K	分辨率 4.20 Å R-free 0.264
1I97 CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERMOPHILUS IN COMPLEX WITH TETRACYCLINE 提交 2001-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 75 WO2 OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE × 14 TAC TETRACYCLINE × 6 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；MPD, magnesium chloride, spermidine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K	分辨率 4.50 Å R-free 0.254
1IBK STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH THE ANTIBIOTIC PAROMOMYCIN 提交 2001-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 113 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K, pH 6.50	分辨率 3.31 Å R-free 0.282
1IBL STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH A MESSENGER RNA FRAGMENT AND COGNATE TRANSFER RNA ANTICODON STEM-LOOP BOUND AT THE A SITE AND WITH THE ANTIBIOTIC PAROMOMYCIN 提交 2001-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：24-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 125 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K, pH 6.50	分辨率 3.11 Å R-free 0.275
1IBM STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH A MESSENGER RNA FRAGMENT AND COGNATE TRANSFER RNA ANTICODON STEM-LOOP BOUND AT THE A SITE 提交 2001-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：24-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 120 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K, pH 6.50	分辨率 3.31 Å R-free 0.286
1J5E Structure of the Thermus thermophilus 30S Ribosomal Subunit 提交 2002-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 188 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 3.05 Å R-free 0.252
1N32 Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit bound to codon and near-cognate transfer RNA anticodon stem-loop mismatched at the first codon position at the a site with paromomycin 提交 2002-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 158 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, potassium-MES, sodium cacodylate, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.270
1N33 Structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit bound to codon and near-cognate transfer rna anticodon stem-loop mismatched at the second codon position at the a site with paromomycin 提交 2002-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 106 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, NH4Cl, KCl, CaCl2, magnesium acetate, potassium-MES, sodium cacodylate, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K	分辨率 3.35 Å R-free 0.284
1QD7 PARTIAL MODEL FOR 30S RIBOSOMAL SUBUNIT 提交 1999-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 G 3–137（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；VAPOUR DIFFUSION AT 277 K, MPD, VAPOR DIFFUSION	分辨率 5.50 Å
2F4V 30S ribosome + designer antibiotic 提交 2005-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 101 K POTASSIUM ION × 12 D2C (2S,4S,4AR,5AS,6S,11R,11AS,12R,12AR)-7-CHLORO-4-(DIMETHYLAMINO)-6,10,11,12-TETRAHYDROXY-1,3-DIOXO-1,2,3,4,4A,5,5A,6,11,11A,12,12A-DODECAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 1 AB9 (2R)-4-AMINO-N-{(1R,2S,3R,4R,5S)-5-AMINO-2-{2-[(2-AMINOETHYL)AMINO]ETHOXY}-4-[(2,6-DIAMINO-2,6-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY]-3-HYDROXYCYCLOHEXYL}-2-HYDROXYBUTANAMIDE × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.80 Å R-free 0.315
2HHH Crystal structure of kasugamycin bound to the 30S ribosomal subunit 提交 2006-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；MPD, MAGNESIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MES-KOH, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 3.35 Å R-free 0.289
3OTO Crystal Structure of the 30S ribosomal subunit from a KsgA mutant of Thermus thermophilus (HB8) 提交 2010-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 94 K POTASSIUM ION × 42 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；pH 6.5, hanging drop, temperature 277K	分辨率 3.69 Å R-free 0.231
4AQY Structure of ribosome-apramycin complexes 提交 2012-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 H 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 203 K POTASSIUM ION × 15 AM2 APRAMYCIN × 5 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；MPD, NH4CL, KCL, CACL2, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.235
4V4R Crystal structure of the whole ribosomal complex. 提交 2005-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric	链 AH 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 5.90 Å R-free 0.371
4V4S Crystal structure of the whole ribosomal complex. 提交 2005-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric	链 AH 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 6.76 Å R-free 0.356
4V4T Crystal structure of the whole ribosomal complex with a stop codon in the A-site. 提交 2005-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 AH 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 6.46 Å R-free 0.361
4V4Y Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex. 提交 2006-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric	链 AK 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 5.50 Å R-free 0.326
4V4Z 70S Thermus thermophilous ribosome functional complex with mRNA and E- and P-site tRNAs at 4.5A. 提交 2006-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric	链 AK 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.51 Å R-free 0.345
4V5L The structure of EF-Tu and aminoacyl-tRNA bound to the 70S ribosome with a GTP analog 提交 2010-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric	链 AH 1–138（138 aa）	未记录	PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.3；100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, AND 5.3% (W/V) PEG20K	分辨率 3.10 Å R-free 0.268
4V7J Structure of RelE nuclease bound to the 70S ribosome (precleavage state) 提交 2009-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链 Ah 1–138（138 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 532	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.1M Tris-HAc, 0.2M KSCN, 3-4.5% w/v PEG 20k, 3-4.5% PEG 550 monomethylether, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.247
4V7J Structure of RelE nuclease bound to the 70S ribosome (precleavage state) 提交 2009-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链未唯一映射参考区间未声明	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 532	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.1M Tris-HAc, 0.2M KSCN, 3-4.5% w/v PEG 20k, 3-4.5% PEG 550 monomethylether, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.247
4V8X Structure of Thermus thermophilus ribosome 提交 2013-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric	链 AH 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 352 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；0.1 M TRIS-HAC PH 7.2, 0.2 M KSCN, 4.1%-4.3% (W/V) PEG 20K AND 4.1%-4.3% (W/V) PEG 550MME	分辨率 3.35 Å R-free 0.261
4V8X Structure of Thermus thermophilus ribosome 提交 2013-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric	链未唯一映射参考区间未声明	未记录	MG MAGNESIUM ION × 355 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；0.1 M TRIS-HAC PH 7.2, 0.2 M KSCN, 4.1%-4.3% (W/V) PEG 20K AND 4.1%-4.3% (W/V) PEG 550MME	分辨率 3.35 Å R-free 0.261
4WR6 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with A-A mismatch in the first position in the A-site. 提交 2014-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-MERIC	链 7E 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 652 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
4WR6 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with A-A mismatch in the first position in the A-site. 提交 2014-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-MERIC	链 72 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 508 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
4WRA Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with A-A mismatch in the first position in the A-site and with antibiotic paromomycin. 提交 2014-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-MERIC	链 7E 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 661 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
4WRA Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with A-A mismatch in the first position in the A-site and with antibiotic paromomycin. 提交 2014-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-MERIC	链 72 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 497 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric	链 7E 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 708 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric	链 72 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 673 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 7E 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 699 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.10 Å R-free 0.193
4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric	链 72 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 646 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K	分辨率 3.10 Å R-free 0.193
6C5L Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during translation termination (T. thermophilus) 提交 2018-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric	链 AH 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；5 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 50 mM potassium chloride, 10 mM ammonium chloride, 6 mM BME	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
6C5L Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during translation termination (T. thermophilus) 提交 2018-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric	链 CH 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；5 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 50 mM potassium chloride, 10 mM ammonium chloride, 6 mM BME	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
6CFJ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with histidyl-CAM and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.8A resolution 提交 2018-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric	链 1h 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1492 K POTASSIUM ION × 2 EZG N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-histidinamide × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
6CFJ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with histidyl-CAM and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.8A resolution 提交 2018-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric	链 2h 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1113 K POTASSIUM ION × 2 EZG N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-histidinamide × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
6CFK Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with D-histidyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.7A resolution 提交 2018-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 1h 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1422 K POTASSIUM ION × 1 EZP N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-D-histidinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ARG ARGININE × 2 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME	分辨率 2.70 Å R-free 0.253
6CFK Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with D-histidyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.7A resolution 提交 2018-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 2h 1–138（138 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 940 K POTASSIUM ION × 1 EZP N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-D-histidinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME	分辨率 2.70 Å R-free 0.253

共 36 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS8_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 3–138 作者链 B； PDB构建体 1–136； UniProt 3–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1an7
沉积日期 deposition_date	1997-06-27
结构标题 title	RIBOSOMAL PROTEIN S8 FROM THERMUS THERMOPHILUS
关键词 keywords	RIBOSOMAL PROTEIN, RRNA-PROTEIN BINDING, PROTEIN-PROTEIN BINDING, THERMUS THERMOPHILUS; RIBOSOMAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.82 Å
零角强度 I(0) i0	16930700.00
分子量 molecular_weight	31211.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39373 Å³
包络体积 envelope_volume	47084 Å³
水化壳体积 shell_volume	19566 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.61 Å
包络 Rg envelope_rg	20.96 Å
形状 Rg shape_rg	20.80 Å
总 Rg total_rg	21.68 Å
总原子数 total_atoms	2200
残基数 n_residues	272
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.392
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.165
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3576000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1an7a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.140 — Ribosomal protein S8
超家族 Superfamily superfamily	d.140.1 — Ribosomal protein S8
家族 Family family	d.140.1.1 — Ribosomal protein S8

结构域编号 domain_id	d1an7b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.140 — Ribosomal protein S8
超家族 Superfamily superfamily	d.140.1 — Ribosomal protein S8
家族 Family family	d.140.1.1 — Ribosomal protein S8

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1an7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1an7A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1an7B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1an7B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	67.860 Å
晶胞边长 b length_b	67.860 Å
晶胞边长 c length_c	174.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1620
R_work r_work	0.1620
R_free r_free	0.2750

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN S8
分子量 formula_weight	15624.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2200

RIBOSOMAL PROTEIN S8 FROM THERMUS THERMOPHILUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN S8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/an/1an7/1an7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/an/1an7/1an7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/an/1an7/1an7.dat