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1b23

E. coli cysteinyl-tRNA and T. aquaticus elongation factor EF-TU:GTP ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ELONGATION FACTOR TU

Thermus aquaticus

UniProt Q01698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物数一致 链 P； UniProt 1–405 未记录 CYSTEINYL TRNA × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 CYS CYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；2.1 M (NH4)2SO4, 30 MM TRIS, 5 MM MES, 10 MM MGCL2, 10 MM DTT, 1 MM GDPNP PH 6.7, 4 DEG. C, HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K 分辨率 2.60 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1B23 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EFT THE CRYSTAL STRUCTURE OF ELONGATION FACTOR EF-TU FROM THERMUS AQUATICUS IN THE GTP CONFORMATION 提交 1993-08-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–405（405 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1OB5 T. aquaticus elongation factor EF-Tu complexed with the antibiotic enacyloxin IIa, a GTP analog, and Phe-tRNA 提交 2003-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–405（405 aa）
链 C 1–405（405 aa）
链 E 1–405（405 aa）
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ENX ENACYLOXIN IIA × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；1.8M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE,20 MM TRIS-MES, PH 6.4
分辨率 3.10 Å R-free 0.294
1TTT Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex 提交 1995-11-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–405（405 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8
分辨率 2.70 Å R-free 0.290
1TTT Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex 提交 1995-11-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–405（405 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8
分辨率 2.70 Å R-free 0.290
1TTT Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex 提交 1995-11-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 1–405（405 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8
分辨率 2.70 Å R-free 0.290
1TUI INTACT ELONGATION FACTOR TU IN COMPLEX WITH GDP 提交 1996-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–405（405 aa）
链 B 1–405（405 aa）
链 C 1–405（405 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.300

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EFTU_THEAQ
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1b23

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1b23
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1b23
沉积日期 deposition_date1998-12-04
结构标题 titleE. coli cysteinyl-tRNA and T. aquaticus elongation factor EF-TU:GTP ternary complex
关键词 keywordsTRANSLATION ELONGATION FACTOR, TRANSFER RNA, PROTEIN SYNTHESIS, GENE REGULATION-RNA COMPLEX; GENE REGULATION/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.76 Å
零角强度 I(0) i0122777000.00
分子量 molecular_weight69625.0 kDa
排除体积 excluded_volume79285 ų
包络体积 envelope_volume104640 ų
水化壳体积 shell_volume31711 ų
包络直径 envelope_diameter116.8 Å
壳层 Rg shell_rg34.14 Å
包络 Rg envelope_rg30.04 Å
形状 Rg shape_rg29.67 Å
总 Rg total_rg30.29 Å
总原子数 total_atoms4779
残基数 n_residues471
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.6 Å
Rg (实空间) rg_real30.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal122800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8107
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.2 Å
偏度 Skewness skewness0.658
峰度 Kurtosis kurtosis0.132
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9803000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.650; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.690; Smooth: 0.895
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1b23p1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.43.3 — Translation proteins
家族 Family familyb.43.3.1 — Elongation factors
结构域编号 domain_idd1b23p2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family familyb.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1b23p3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1b23P01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1b23P02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id1b23P03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)