1b4d

AMIDOCARBAMATE INHIBITOR OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B)

物种未注明

UniProt P00489

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–842 未记录 CRA 1-DEOXY-1-METHOXYCARBAMIDO-BETA-D-GLUCO-2-HEPTULOPYRANOSONAMIDE × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 IMP INOSINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.7;289 K;CO-CRYSTALLIZED COMPLEX WAS OBTAINED FROM 0.01 M BES, PH 6.7, 0.003 M DTT, 0.001 M SPERMINE, 0.0001 M SODIUM EDTA, 0.02 % SODIUM AZIDE AND 0.01 M AMIDOCARBAMATE AT 16 DEGREES C. JUST BEFORE DATA COLLECTION, THE CRYSTALS WERE TRANSFERRED TO A FRESH SOLUTION OF THE ABOVE BUFFER CONTAINING 30% GLYCEROL FOR 30-60 SEC., temperature 289K 分辨率 2.00 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 229 个其他 PDB 条目、261 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHS2_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–842; UniProt 1–842

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1b4d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1b4d
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1b4d
沉积日期 deposition_date1998-12-18
结构标题 titleAMIDOCARBAMATE INHIBITOR OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE
关键词 keywordsGLYCOGEN PHOSPHORYLASE, INHIBITOR BINDING, AMIDOCARBAMATE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.10
零角强度 I(0) i0138769000.00
分子量 molecular_weight93610.0 kDa
排除体积 excluded_volume117330 ų
包络体积 envelope_volume136110 ų
水化壳体积 shell_volume40107 ų
包络直径 envelope_diameter96.3
壳层 Rg shell_rg35.99
包络 Rg envelope_rg27.45
形状 Rg shape_rg27.11
总 Rg total_rg27.90
总原子数 total_atoms6599
残基数 n_residues804
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.6
Rg (实空间) rg_real27.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real1.3880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal138800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8972
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.8
偏度 Skewness skewness0.203
峰度 Kurtosis kurtosis-0.470
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37530000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.957

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1b4da_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamilyc.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family familyc.87.1.4 — Oligosaccharide phosphorylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1b4dA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;
结构域编号 domain_id1b4dA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)